clean up XMFA parsing, allow spaces in parsing (ende++, from IRC)
[bioperl-live.git] / t / MitoProt.t
blobb174f0525536d131d86f7f7e0cf4d999e87ba850
1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2 # $Id$
4 use strict;
6 BEGIN {
7     use lib 't/lib';
8     use BioperlTest;
9     
10     test_begin(-tests => 10,
11                            -requires_modules => [qw(IO::String LWP::UserAgent)],
12                            -requires_networking => 1);
13         
14         use_ok 'Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot';
15         use_ok 'Bio::PrimarySeq';
16         use_ok 'Bio::WebAgent';
19 my $verbose = test_debug();
21 ok my $tool = Bio::WebAgent->new(-verbose =>$verbose);
23 my $seq = Bio::PrimarySeq->new(-seq => 'MSADQRWRQDSQDSFGDSFDGDSFFGSDFDGDS'.
24                                'DFGSDFGSDGDFGSDFGDSFGDGFSDRSRQDQRS',
25                                -display_id => 'test2');
27 ok $tool = Bio::Tools::Analysis::Protein::Mitoprot->new( -seq=>$seq);
28 SKIP: {
29         ok $tool->run();
30         skip('Server terminated with an error, skipping tests', 4) if $tool->status eq 'TERMINATED_BY_ERROR';
31         ok my $raw = $tool->result('');
32         ok my $parsed = $tool->result('parsed');
33         is ($parsed->{'charge'}, -13);
34         ok my @res = $tool->result('Bio::SeqFeatureI');