t/GbrowseGFF.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 3);
  11
  12     use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $in = Bio::SearchIO->new(-format => 'blast',
  16                             -file   => test_input_file('brassica_ATH.WUBLASTN'));
  17 my $out = Bio::SearchIO->new(-output_format  => 'GbrowseGFF',
  18                             -prefix => 'Sequence',
  19                             -output_cigar   => 1,
  20                             -output_signif  => 1,
  21                             -file           => ">".test_output_file());
  22 ok($out);
  23 while( my $r = $in->next_result ) {
  24     ok($out->write_result($r));
  25 }