t/EMBL_DB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8         use BioperlTest;
   9
  10         test_begin(-tests => 16,
  11                            -requires_modules => [qw(IO::String HTTP::Request::Common)],
  12                            -requires_networking => 1);
  13
  14         use_ok('Bio::DB::EMBL');
  15 }
  16
  17 my $verbose = test_debug();
  18
  19 my ($db,$seq,$seqio);
  20 # get a single seq
  21
  22 $seq = $seqio = undef;
  23
  24 SKIP: {
  25     ok defined($db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose=>$verbose));
  26     ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J00522')));
  27     is( $seq->length, 408);
  28     ok defined ($db->request_format('fasta'));
  29
  30     eval {ok(defined($seq = $db->get_Seq_by_acc('J02231')))};
  31         skip('could not connect to embl',2) if $@;
  32     is( $seq->id, 'embl|J02231|J02231');
  33     is( $seq->length, 200);
  34     ok( defined($db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose=>$verbose,
  35                                         -retrievaltype => 'tempfile')));
  36     eval {ok(defined($seqio = $db->get_Stream_by_id(['BUM'])))};
  37         skip('could not connect to embl',2) if $@;
  38     undef $db; # testing to see if we can remove gb
  39     ok( defined($seq = $seqio->next_seq()));
  40     is( $seq->length, 200);
  41 }
  42
  43 $seq = $seqio = undef;
  44
  45 SKIP: {
  46     $db = Bio::DB::EMBL->new(-verbose => $verbose,
  47                             -retrievaltype => 'tempfile',
  48                             -format => 'fasta'
  49                             );
  50     eval{ok( defined($seqio = $db->get_Stream_by_acc(['J00522 AF303112 J02231'])))};
  51         skip('could not connect to embl',3) if $@;
  52     my %seqs;
  53     # don't assume anything about the order of the sequences
  54     while ( my $s = $seqio->next_seq ) {
  55                 my ($type,$x,$name) = split(/\|/,$s->display_id);
  56                 $seqs{$x} = $s->length;
  57     }
  58     is($seqs{'J00522'},408);
  59     is($seqs{'AF303112'},1611);
  60     is($seqs{'J02231'},200);
  61 }