t/Sigcleave.t

   1 ## Bioperl Test Harness Script for various modules
   2 ## $Id$
   3
   4 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   5 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   6
   7
   8 ## We start with some black magic to print on failure.
   9 BEGIN { $| = 1; print "1..4\n";
  10         use vars qw($loaded); }
  11 END {print "not ok 1\n" unless $loaded;}
  12
  13 use lib '../';
  14 use Bio::Tools::Sigcleave;
  15
  16 $loaded = 1;
  17 print "ok 1\n";    # 1st test passes.
  18
  19 ## End of black magic.
  20 ##
  21 ## Insert additional test code below but remember to change
  22 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  23 ## total number of tests that will be run.
  24
  25 sub test ($$;$) {
  26     my($num, $true,$msg) = @_;
  27     print($true ? "ok $num\n" : "not ok $num $msg\n");
  28 }
  29
  30 $protein = 'MTMDKSELVQKAKLAEQAERYDDMAAAMKAVTEQGHELSNEERNLLSVAYKNVVGARRSSWRVISSIEQKTERNEKKQQMGKEYREKIEAELQDICNDVLELLDKYLIPNATQPESKVFYLKMKGDYFRYLSEVASGDNKQTTVSNSQQAYQEAFEISKKEMQPTHPIRLGLALNFSVFYYEILNSPEKACSLAKTAFDEAIAELDTLNEESYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSENQGDEGDAGEGEN';
  31
  32 ## need this to escape the strict() warnings...
  33 $formatted_output = "";
  34 my %results;
  35
  36 # Build object
  37 test 2, $sigcleave_object = new Bio::Tools::Sigcleave(-id         =>'test_sigcleave_seq',
  38                                                       -type      =>'amino',
  39                                                       -threshold => 0,
  40                                                       -seq       =>$protein);
  41 # Test raw result accessor
  42 test 3, %results = $sigcleave_object->signals, "unable to get raw sigcleave results";
  43
  44 # Test formatted output method
  45 test 4, $formatted_output = $sigcleave_object->pretty_print, "unable to pretty print sigcleave results";
  46
  47 ##
  48 ## More tests
  49 ##
  50
  51
  52
  53
  54