BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.7 2006-11-16 10:51:50 sendu Exp $
   2
   3 Known Bugs
   4
   5 Bugs are tracked at this URL:
   6 http://bugzilla.bioperl.org/
   7
   8 Bioperl 1.6.0
   9 =============
  10
  11 Though a stable release, a few bugs and enhancements remain for this series
  12 that will be addressed in future point releases:
  13
  14 Bug     Description
  15
  16 2247    Have Bio::SearchIO::blast methods available for other BLAST parsers
  17 2332    Software for analysis of redundant fragments of affys human mitochip v2
  18 2365    Add support for making the image background transparent
  19 2439    multiple results HTMLResultWriter.pm and non-redundant entries in SearchIO
  20 2456    reroot function (Bio::Tree::TreeFunctionsI) shifts bootstrap values
  21 2463    bp_seqconvert.pl & Bio::SeqIO code cleanup and user friendly interface
  22 2476    "Undefined sub-sequence" when processing tblastx output
  23 2482    paml4 mlc file fails to parse
  24 2492    Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics
  25 2513    creating a Bio::SeqFeature::Annotation object downloads the entire so.obo
  26 2545    bioperl nightly build script svn failure on lock
  27 2594    Bio::Species memory leak
  28 2633    Incorrect identity calculation in Bio::SearchIO::fasta
  29 2673    original fields not inherited by seq objects in alignment slices
  30 2686    WU-BLAST XML support
  31 2691    Bio::Microarray::Tools::ReseqChip  depends on CPAN module Statistics::Frequency
  32 2696    global verbosity does not propagate to new objects post-set
  33 2700    [TODO] Refactor Build.PL
  34 2702    [TODO] scripts recopied upon each call to './Build test'
  35 2703    Bio::Tools::GuessSeqFormat guesses SELEX as PHYLIP
  36 2713    [TODO] Update core Infernal parsing to v1.0, add related tests to bioperl-run
  37 2715    [TODO] LocatableSeq symbols are globally set (should be localized)
  38
  39 Bioperl 1.5.2
  40 =============
  41
  42 There are no known installation bugs in 1.5.2 per se, but issues with
  43 external programs may cause problems. See the following URL for details:
  44 http://www.bioperl.org/wiki/Release_1.5.2#Notes
  45
  46
  47 Bioperl 1.2
  48 ===========
  49
  50  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
  51    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
  52    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
  53
  54
  55 Bioperl 0.9.0
  56 =============
  57
  58  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  59    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  60    it that have not been fixed.
  61
  62  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  63    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  64    (jitterbug #966).
  65
  66  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  67    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  68
  69  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  70    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  71    these during a make test.
  72    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  73    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  74    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  75    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  76    tracked down.
  77
  78
  79 Bioperl 0.7.2
  80 =============
  81
  82  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
  83    online which as resulted in some of the DB methods from not working
  84    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
  85    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
  86    part of the later releases.
  87
  88    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
  89    the bioperl list archives for information about potential
  90    workarounds and ongoing development effort to address these.
  91
  92
  93 Bioperl 0.7.1
  94 =============
  95
  96  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
  97    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
  98
  99  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
 100    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
 101    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
 102    bioperl release.
 103
 104  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
 105    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
 106    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
 107    File::Temp when running 0.7 branch code.
 108
 109  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
 110    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
 111    jobs to a remote blast server like NCBI a module
 112    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
 113    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
 114    major bioperl release.
 115
 116
 117 Bioperl 0.7
 118 ===========
 119
 120  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
 121    code synopsis code as
 122      my $parser = new BPlite(\*FH);
 123    should be
 124      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
 125