Changes

   1 ---------------------------------------------------------
   2 Revision history for BioPerl core modules
   3 ---------------------------------------------------------
   4 The comprehensive history and ongoing development of BioPerl:
   5
   6    http://github.com/bioperl/bioperl-live
   7
   8 Some of that history is also highlighted on our wiki:
   9
  10    http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
  11    http://www.bioperl.org/wiki/History_of_BioPerl
  12
  13 Bugs and requested features list:
  14
  15    https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl
  16
  17 CPAN releases are branched from 'master'.
  18 ---------------------------------------------------------
  19
  20 1.6.923
  21
  22     * Major Windows support updates! [fjossandon]
  23     * MAKER update to allow for stricter standard codon table [cjfields]
  24     * Better support for circular sequences [fjossandon]
  25     * Fixes for some complex location types [fjossandon]
  26     * Address CONTIG bug in GenBank format, bug #3448 [cjfields]
  27     * Fix bug #2978 related to BLAST report type [fjossandon]
  28     * Deobfuscator fixes [DaveMessina]
  29
  30 1.6.922
  31
  32     * Address CPAN test failures [cjfields]
  33     * Add BIOPROJECT support for Genbank files [hyphaltip]
  34     * Better regex support for HMMER3 output [bosborne]
  35
  36 1.6.921
  37
  38     * Minor update to address CPAN test failures
  39
  40 1.6.920
  41
  42     * Remove Bio::Biblio and related files [carandraug]
  43       - this cause version clashes with an independently-released
  44         version of Bio::Biblio
  45
  46 1.6.910
  47
  48     [New features]
  49
  50     * Hash randomization fixes for perl 5.18.x
  51       - Note: at least one module (Bio::Map::Physical) still has a failing test;
  52         this is documented in bug #3446 and has been TODO'd; we will be pulling
  53         Bio::Map and similar modules out of core into separate distributions in the
  54         1.7.x release series [cjfields]
  55
  56     [New features]
  57
  58     * Bio::Seq::SimulatedRead
  59         - New module to represent reads taken from other sequences [fangly]
  60     * Bio::Root::Root
  61         - Support of Clone::Fast as a faster cloning alternative [fangly]
  62     * Bio::Root::IO
  63         - Moved the format() and variant() methods from Bio::*IO modules to
  64           Bio::Root::IO [fangly]
  65         - Can now use format() to get the type of IO format in use [fangly]
  66     * Bio::Tools::IUPAC
  67         - New regexp() method to create regular expressions from IUPAC sequences
  68           [fangly]
  69     * Bio::SeqFeature::Primer and Bio::Seq::PrimedSeq:
  70         - Code refresh [fangly]
  71     * Bio::DB::Taxonomy
  72         - Added support for the Greengenes and Silva taxonomies [fangly]
  73     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
  74         - get_lineage_string() represents a lineage as a string [fangly]
  75         - add_trait() returns instead of reporting an error when the column
  76           number is exceeded in add_trait() [fangly]
  77         - Option to support tree leaves without trait [fangly]
  78         - Allow ID of 0 in trait files [fangly]
  79     * Bio::DB::Taxonomy::list
  80         - Misc optimizations [fangly]
  81         - Option -names of get_taxon() to help with ambiguous taxa [fangly]
  82     * Bio::DB::Taxonomy::*
  83         - get_num_taxa() returns the number of taxa in the database [fangly]
  84     * Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual
  85         - support indexing an arbitrary list of files [fangly]
  86         - user can supply an arbitrary index file name [fangly]
  87         - new option to remove index file at the end [fangly]
  88     * Bio::DB::Fasta
  89         - now handles IUPAC degenerate residues [fangly]
  90     * Bio::PrimarySeq and Bio::PrimarySeqI
  91         - speed improvements for large sequences [Ben Woodcroft, fangly]
  92     * Bio::PrimaryQual
  93         - tightened and optimized quality string validation [fangly]
  94     * Bio::SeqIO::fasta
  95         - new method and option 'block', to create FASTA output with space
  96           intervaled blocks (similar to genbank or EMBL) has been implemented.
  97         - package variables $WIDTH and $DEFAULT_SEQ_ID_TYPE have been removed
  98           in favour of the methods 'width' and 'preferred_id_type` respectively.
  99     * Bio::FeatureIO::*
 100         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 101     * Bio::SeqFeature::Annotated
 102         - moved from bioperl-live into the separate distribution Bio-FeatureIO
 103     * Bio::Cluster::SequenceFamily
 104         - improved performance when using get_members with overlapping multiple
 105           criteria
 106     * Bio::SearchIO::hmmer3
 107         - now supports nhmmer [bosborne]
 108
 109     [Bug fixes]
 110
 111     * [3302] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse
 112       multi-query hmmer output [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 113     * [3421] Fixes bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly parse an HSP
 114       with a line full of dashes [Francisco J. Ossandon, Paul Cantalupo]
 115     * [3298] Fix bug in Bio::SearchIO::blast.pm where algorithm version
 116       information was lost in a multi-result blast file [Paul Cantalupo]
 117     * [3343] Fix bug in Bio::SearchIO::blasttable.pm to correctly calculate
 118       total gaps [Paul Cantalupo]
 119     * [3375] Fix DBLINK parsing bug in Bio::SeqIO::genbank.pm [Paul Cantalupo]
 120     * [3376] Fix bug in Bio::SearchIO::hmmer2.pm to correctly handle case
 121       when end of domain indicator is split across lines [Paul Cantalupo]
 122     * [3240] Bio::AlignIO::stockholm now parses simple sequences [Bernd Web,
 123       cjfields]
 124     * [3237] Bio::DB::Fasta now allows blank lines between sequences, catches
 125       instances where blank lines are within sequences [cjfields]
 126     * Bio::DB::Fasta reports correct alphabet for files with multiple sequence
 127       types [fangly]
 128     * Bio::DB::Fasta rev-comps sequences other than DNA properly [fangly]
 129     * [3238] Fixes for Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg [Thomas Burkhard,
 130       cjfields]
 131     * Various fixes for Stockholm file indexing and processing [bosborne]
 132     * Fix edge case in FASTQ parsing where sequence of length 1 and qual of 0
 133       breaks parsing [cjfields]
 134     * Fix case where Bio::Seq::Meta* objects with no meta information could not
 135       be reverse-complemented [fangly]
 136     * Fix bug for fields without aliases in Bio::DB::Query::HIVQuery [fangly]
 137     * Fix Bio::PopGen::IO::phase: sort values lexically instead of numerically
 138       when unsure that values will be numerical [fangly]
 139     * Fix undef warnings in Bio::SeqIO::embl [fangly]
 140     * Fix undef warnings in Bio::DB::Fasta and Bio::DB::Qual [fangly]
 141     * Fix Bio::Tools::IUPAC should accept any sequence object [fangly]
 142     * Fix for 'Inappropriate ioctl' in Bio::DB::Store::berkeleydb3 [Olivier
 143       Sallou]
 144     * Bio::SeqFeature::Generic SeqfeatureI compliance: methods primary_tag,
 145       source_tag and display_name must return a string, not undef [fangly]
 146     * Bio::SimpleAlign and Bio::Seq compliance with Bio::FeatureHolderI
 147       add_SeqFeature takes a single argument [fangly]
 148     * Use cross-platform filenames and temporary directory in
 149       Bio::DB::Taxonomy::flatfile [fangly]
 150     * Fix bug in Bio::DB::Taxonomy::list where taxa with no ancestors were not
 151       properly identified as existing taxa in the database [fangly]
 152     * Fix issue where a Bio::DB::Taxonomy::list object could not be created
 153       without also passing a lineage to store [fangly]
 154     * Prevent passing a directory to the gi2taxid option (-g) of
 155       bp_classify_hits_kingdom.pl and remove an 'earlier declaration' warning
 156       [fangly]
 157     * Fixed bp_genbank2gff3.pl crash when missing source feature date [fangly]
 158     * Bio::PrimarySeq constructor -direct works for -seq or -ref_to_seq [fangly]
 159     * Bio::Cluster::SequenceFamily - checks if the sequence has a Bio::Species
 160       object before trying to access, and no longer returns repeated sequences.
 161
 162
 163 1.6.901 May 18, 2011
 164
 165     [Notes]
 166
 167     * Use of AcePerl is deprecated; Ace.pm isn't actively maintained, and
 168       modules using Ace will also be deprecated [lds, cjfields]
 169     * Minor bug fix release
 170     * Bio::SeqIO::gbxml tests require XML::SAX [hartzell]
 171     * Address Build.PL issues when DBI is not present [hartzell]
 172     * Skip gbxml.t and Interpro tests when modules not installed [cjfields]
 173     * Remove deprecated code for perl 5.14.0 compat [cjfields]
 174     * Due to schema changes and lack of support for older versions, support
 175       for NeXML 0.9 is only (very) partially implemented.
 176       See: https://redmine.open-bio.org/issues/3207
 177
 178     [Bug fixes]
 179
 180     * [3205] - small fix to Bio::Perl blast_sequence() to make compliant with
 181       docs [genehack, cjfields]
 182     * $VERSION for CPAN/cpanm-based installs was broken; force setting of
 183       module version from dist_version (probably not the best way to do this,
 184       but it seems to work) [rbuels, cjfields]
 185
 186
 187 1.6.900 April 14, 201
 188
 189     [Notes]
 190
 191     * This will probably be the last release to add significant features to
 192       core modules; subsequent releases will be for bug fixes alone.
 193       We are planning on a restructuring of core for summer 2011, potentially
 194       as part of the Google Summer of Code.  This may become BioPerl 2.0.
 195     * Version bump represents 'just prior to v 1.7'.  We may have point
 196       releases to deal with bugs, with increments of 1.6.901, 1.6.902, etc.
 197       This code essentially is what is on the github master branch.
 198
 199     [New features]
 200
 201     * Core code updated for perl 5.12.x [cjfields, Charle Tilford]
 202     * Bio::Tree refactor
 203         - major overhaul of Bio::Tree code by Greg Jordan, fixes several bugs
 204         - removal of Scalar::Util::weaken code, which was causing odd headaches
 205           with premature GC, memory leaks with perl 5.10.0, etc [cjfields]
 206     * Bio::DB::SeqFeature bug fixes for GBrowse2 compatibility [lds, scottcain,
 207           many others]
 208     * Bio::SeqIO::msout, Bio::SeqIO::mbsout - parsers for ms and mbs
 209           [Warren Kretzschmar]
 210     * Bio::SeqIO::gbxml
 211         - bug 2515 - new contribution [Ryan Golhar, jhannah]
 212     * Bio::Assembly::IO
 213         - support for reading Maq, Sam and Bowtie files [maj]
 214         - support for reading 454 GS Assembler (Newbler) ACE files [fangly]
 215         - bug 2483: support for writing ACE files [Joshua Udall, fangly]
 216         - bug 2599: support DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 217         - bug 2726: reading/writing granularity: whole scaffold or one contig
 218           at a time [Joshua Udall, fangly]
 219     * Bio::OntologyIO
 220         - Added parsing of xrefs to OBO files, which are stored as secondary
 221             dbxrefs of the cvterm [Naama Menda]
 222         - General Interpro-related code refactors [dukeleto, rbuels, cjfields]
 223     * PAML code updated to work with PAML 4.4d [DaveMessina]
 224
 225     [Bug fixes]
 226
 227     * [3198] - sort tabular BLAST hits by score [DaveMessina]
 228     * [3196] - fix invalid metadata produced by latest Module::Build [cjfields]
 229     * [3190] - RemoteBlast GAPCOSTS regex fix [Ali Walsh, cjfields]
 230     * [3185] - Bio::Tools::SeqStats->get_mol_wt now gives correct MW
 231                [cjfields]
 232     * [3178] - fix tr/// issue in Bio::Range [Andrew Conley, cjfields]
 233     * [3172] - Bio::DB::Fasta - catch possibly bad FASTA files [cjfields]
 234     * [3164] - TreeFunctionsI syntax  bug [gjuggler]
 235     * [3163] - AssemblyIO speedup [fangly]
 236     * [3160] - Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter output [Paul Cantalupo,
 237                hyphaltip]
 238     * [3159] - add SwissPfam support to bp_index.PLS [hyphaltip]
 239     * [3158] - fix EMBL file mis-parsing [cjfields]
 240     * [3157] - Bio::Restriction::Analysis 'sizes' method fixed [Marc Perry,
 241                cjfields]
 242     * [3153] - fix SeqIO::swiss TagTree issues [Charles Tilford, cjfields]
 243     * [3148] - URL change for UniProt [cjfields]
 244     * [3145] - AXT off-by-1 error [Aaron Goodman, cjfields]
 245     * [3136] - HMMer3 parser fixes [kblin]
 246     * [3126] - catch description [Toshihiko Akiba]
 247     * [3122] - Catch instances where non-seekable filehandles were being
 248                seek'd w/o checking for status [Stefan Kirov, Roy Chaudhuri]
 249     * [3121] - Bio::OntologyIO cannot parse the full InterPro XML file
 250                [dukeleto, rbuels, cjfields]
 251     * [3120] - bp_seqfeature_gff3.pl round-trip fixes [genehack, David Breimann,
 252                jhannah]
 253     * [3116,3117] - perl 5.12.x warnings fixed [cjfields, Charles Tilford]
 254     * [3110] - Better 'namespace' support for bp_seqfeature_load.PLS [dbolser,
 255                cjfields]
 256     * [3107] - BLAST alignment column_from_residue_number() [cjfields]
 257     * [3104] - Bio::Species single node hierarchies [Charles Tilford, cjfields]
 258     * [3092, 3090] - parsing of BLAST HSP stats [Razi Khaja, cjfields]
 259     * [3089] - HSPTableWriter missing methods [Robson de Souza, cjfields]
 260     * [3086] - EMBL misparsing long tags [kblin, cjfields]
 261     * [3085] - CommandExts and array of files [maj, hyphaltip]
 262     * [3077] - Bio::SimpleAlign slice() now correctly computes seq coordinates
 263                for alignment slices [Ha X. Dang, cjfields]
 264     * [3076] - XMFA alignment strand wrong [Ha X., cjfields]
 265     * [3073] - fix parsing of GenBank files from RDP [cjfields]
 266     * [3068] - FASTQ parse failure with trailing 0 [cjfields]
 267     * [3064] - All-gap midline BLAST report issues [cjfields]
 268     * [3063] - BLASt report RID [Razi Khaja, cjfields]
 269     * [3058] - SearchIO::fasta parsing [DaveMessina, cjfields]
 270     * [3053] - LOCUS line formatting [M. Wayne, cjfields]
 271     * [3039] - correct Newick output root node branch length [gjuggler,
 272                DaveMessina]
 273     * [3038] - SELEX alignment error [Bernd, cjfields]
 274     * [3033] - PrimarySeq ID setting [Bernd, maj]
 275     * [3032] - Fgenesh errors [Wes Barris, hyphaltip]
 276     * [3034] - AlignIO::clustal output [Bernd, DaveMessina]
 277     * [3031] - Parse algorithm ref for BLAST [Razi Khaja, cjfields]
 278     * [3028] - Bio::TreeIO::nexus and FigTree compat [Kevin Balbi, cjfields]
 279     * [3025] - Bio::SeqIO::embl infinite loop [Adam Sjøgren, cjfields]
 280     * [3040, 3023, 2974, 2921, 2753, 2636, 2482] - PAML parser fixed, works with
 281                PAML 4.4d [DaveMessina]
 282     * [3015, 3022] - Bio::Restriction withrefm regexp [Emmanuel Quevillon,
 283                DaveMessina]
 284     * [3020] - GFF3Loader alias attribute [Nathan Weeks, cjfields]
 285     * [3018, 3019, 3021] - gmap_f9 parsing [Kiran Mukhyala, cjfields]
 286     * [3017] - using threads with Bio::DB::GenBank [cjfields]
 287     * [3012] - Bio::Root::HTTPget fixes [maj, cjfields]
 288     * [3011] - namespace support for SF::Store::DBI::Pg [Adam Witney, cjfields]
 289     * [3002] - Bio::DB::EUtilities NCBI policy updates [cjfields]
 290     * [3001] - seq identifier '0' dropped with FASTA [Michael Kuhn, maj]
 291     * [2984] - let LocatableSeq decide on length of phylip aln [Adam Witney,
 292                cjfields]
 293     * [2983] - fix score/percent ID mixup [Alexie Papanicolaou]
 294     * [2977] - TreeIO issues [DaveMessina]
 295     * [2959] - Bio::SeqUtils->revcom_with_features [Roy Chaudhuri, maj]
 296     * [2944] - Bio::Tools::GFF score [cjfields]
 297     * [2942] - correct MapTiling output [maj]
 298     * [2939] - PDB residue insertion codes [John May, maj]
 299     * [2930] - PrimarySeqI term symbol [Adam Sjøgren, maj]
 300     * [2928] - GuessSeqFormat raw [maj]
 301     * [2926] - Bio:Tools::TandemRepeatsFinder seq_id [takadonet, cjfields]
 302     * [2922] - open() directive issue [cjfields]
 303     * [2915] - GenBank parser infinite loop [Francisco Ossandon, cjfields]
 304     * [2901] - DNAStatistics div by zero error [Janet Young, cjfields]
 305     * [2899] - SeqFeature::Store host issues [lstein, dbolser]
 306     * [2897] - Add a "mask_below_threshold" method to Seq::Quality [dbolser,
 307                cjfields]
 308     * [2881] - .scf files don't' roundtrip [Adam Sjøgren, cjfields]
 309     * [2876] - CDD search with RemoteBlast [Malcolm Cook]
 310     * [2863] - Root::IO::_initialize_io causes crash [rbuels, maj, DaveMessina]
 311     * [2845] - Bio::Seq::Quality gives seq with no ID [Tristan Lefebure, cjfields]
 312     * [2843] - FeatureIO BED to GFF fails w/ no phase [cassjm cjfields]
 313     * [2773] - Bio::Tree::Node premature GC [Morgan Price, cjfields]
 314     * [2764] - add ID Tracker helper for SwissProt [heikki, cjfields]
 315     * [2758] - Bio::AssemblyIO ace problems [fangly]
 316     * [2744] - Bio::LocatableSeq::end [Bernd, cjfields]
 317     * [2726] - ace file IO [Josh, fangly]
 318     * [2700] - Refactor Build.PL [cjfields]
 319     * [2673] - addition of simple Root-based clone() method [cjfields]
 320     * [2648] - Bio::Assembly::Scaffold->get_all_seq_ids [dbolser, fangly]
 321     * [2599] - support for DBLINK annotation in GenBank files [cjfields]
 322     * [2594] - Bio::Species memory leak [cjfields]
 323     * [2515] - GenBank XML parser [jhannah]
 324     * [2499] - Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics [hyphaltip]
 325     * [2483] - Bio::Assembly::IO::ace write_assembly implemented [fangly]
 326     * [2350] - ID consistency btwn Bio::SeqI, Bio::Align::AlignI [fangly,
 327                cjfields]
 328     * [1572] - no docs Bio::Location::Simple/Atomic::trunc [hyphaltip]
 329
 330     [Deprecated]
 331
 332     * Bio::Expression modules - these were originally designed to go with the
 333       bioperl-microarray suite of tools, however they have never been completed
 334       and so have been removed from the distribution.  The original code has
 335       been moved into the inactive bioperl-microarray suite. [cjfields]
 336
 337     [Other]
 338
 339     * Repository moved from Subversion (SVN) to
 340       http://github.com/bioperl/bioperl-live [cjfields]
 341     * Bug database has moved to Redmine (https://redmine.open-bio.org)
 342     * Bio::Micrarray - the tools developed for ReSeq chip analysis by Marian
 343       Thieme have been moved to their own distribution (Bio-Microarray).
 344       [cjfields]
 345
 346 1.6.1   Sept. 29, 2009 (point release)
 347     * No change from last alpha except VERSION and doc updates [cjfields]
 348
 349 1.6.0_6 Sept. 27, 2009 (sixth 1.6.1 alpha)
 350     * Fix for silent OBDA bug related to FASTA validation [cjfields]
 351
 352 1.6.0_5 Sept. 27, 2009 (fifth 1.6.1 alpha)
 353     * Possible fix for RT 49950 (Strawberry Perl installation) [cjfields]
 354     * [RT 50048] - removed redundant VERSION, which was borking CPANPLUS
 355       [cjfields]
 356     * BioPerl.pod -> BioPerl.pm (Perl Best Practices) [cjfields]
 357
 358 1.6.0_4 Sept. 25, 2009 (fourth 1.6.1 alpha)
 359     * WinXP test fixes [cjfields, maj]
 360     * BioPerl.pod added for descriptive information, fixes CPAN indexing
 361       [cjfields]
 362     * Minor doc fixes [cjfields]
 363
 364 1.6.0_3 Sept. 22, 2009 (third 1.6.1 alpha)
 365     * Fix tests failing due to merging issues [cjfields]
 366     * More documentation updates for POD parsing [cjfields]
 367
 368 1.6.0_2 Sept. 22, 2009 (second 1.6.1 alpha)
 369     * Bio::Root::Build
 370         - fix YAML meta data generation [cjfields]
 371
 372 1.6.0_1 Sept. 15, 2009 (first 1.6.1 alpha)
 373     * Bio::Align::DNAStatistics
 374         - fix divide by zero problem [jason]
 375     * Bio::AlignIO::*
 376         - bug 2813 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 377     * Bio::AlignIO::stockholm
 378         - bug 2796 - fix faulty logic to detect end-of-stream [cjfields]
 379     * Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum
 380         - function to score contig spectrum [fangly]
 381     * Bio::DB::EUtilities
 382         - small updates [cjfields]
 383     * Bio::DB::Fasta
 384         - berkeleydb database now autoindexes wig files and locks correctly
 385           [lstein]
 386     * Bio::DB::HIV
 387         - various small updates for stability; tracking changes to LANL
 388           database interface [maj]
 389     * Bio::DB::SeqFeature (lots of updates and changes)
 390         - add Pg, SQLite, and faster BerkeleyDB implementations [lstein, scain]
 391         - bug 2835 - patch [Dan Bolser]
 392         - bug RT 44535 - patch FeatureFileLoader [Cathy Gresham]
 393     * Bio::DB::SwissProt
 394         - bug 2764 - idtracker() method [cjfields, courtesy Neil Saunders]
 395     * Bio::Factory::FTLocationFactory
 396         - mailing list bug fix [cjfields]
 397     * Bio::LocatableSeq
 398         - performance work on column_from_residue_number [hartzell]
 399     * Bio::Matrix::IO::phylip
 400         - bug 2800 - patch to fix phylip parsing [Wei Zou]
 401     * Bio::Nexml
 402         - Google Summer of Code project from Chase Miller - parsers for Nexml
 403           file format [maj, chmille4]
 404     * Bio::PopGen
 405         - Make Individual, Population, Marker objects AnnotatableI [maj]
 406         - simplify LD code [jason]
 407     * Bio::RangeI
 408         - deal with empty intersection [jason]
 409     * Bio::Restriction
 410         - significant overhaul of Bio::Restriction system: complete support for
 411           external and non-palindromic cutters. [maj]
 412     * Bio::Root::Build
 413         - CPANPLUS support, no automatic installation [sendu]
 414     * Bio::Root::IO
 415         - allow IO::String (regression fix) [cjfields]
 416         - catch unintentional undef values [cjfields]
 417         - throw if non-fh is passed to -fh [maj]
 418     * Bio::Root::Root/RootI
 419         - small debugging and core fixes [cjfields]
 420     * Bio::Root::Test
 421         - bug RT 48813 - fix for Strawberry Perl bug [kmx]
 422     * Bio::Root::Utilities
 423         - bug 2737 - better warnings [cjfields]
 424     * Bio::Search
 425         - tiling completely refactored, HOWTO added [maj]
 426           NOTE : Bio::Search::Hit::* classes do not use this code directly; we
 427           will deprecate usage of the older tiling code in the next BioPerl
 428           release
 429         - small fixes [cjfields]
 430     * Bio::SearchIO
 431         - Infernal 1.0 output now parsed [cjfields]
 432         - new parser for gmap -f9 output [hartzell]
 433         - bug 2852 - fix infinite loop in some output [cjfields]
 434         - blastxml output now passes all TODO tests [cjfields]
 435         - bug 2346, 2850 - psl and exonerate parsing fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 436         - RT 44782 - GbrowseGFF writer now catches evalues [Allen Day]
 437         - bug 2575 - add two columns of additional output to HSPTableWriter [cjfields]
 438     * Bio::Seq::LargePrimarySeq
 439         - delete tempdirs [cjfields]
 440         - bug fixes [rbuels, jhannah, bvecchi, YAPC hackathon]
 441     * Bio::Seq::Quality
 442         - extract regions based on quality threshold value [Dan Bolser, heikki]
 443         - bug 2847 - resolve threshold issue (rbuels, jhannah, bvecchi)
 444     * Bio::SeqFeature::Lite
 445         - various Bio::DB::SeqFeature-related fixes [lstein]
 446     * Bio::SeqFeature::Tools::TypeMapper
 447         - additional terms for GenBank to SO map [scain]
 448     * Bio::SeqIO::chadoxml
 449         - bug 2785 - patch to get this working for bp_seqconvert [cjfields]
 450     * Bio::SeqIO::embl
 451         - support for CDS records [dave_messina, Sylvia]
 452     * Bio::SeqIO::fastq
 453         - complete refactoring to handle all FASTQ variants, perform validation,
 454           write output. API now conforms with other Bio* parsers and the rest of
 455           Bio::SeqIO (e.g. write_seq() creates fastq output, not fasta output).
 456           [cjfields]
 457     * Bio::SeqIO::genbank
 458         - bug 2784 - fix DBSOURCE issue [Phillip Garland]
 459         - bug RT 44536 - support for UniProt/UniProtKB tests [cjfields]
 460     * Bio::SeqIO::largefasta
 461         - parser returns a Bio::Seq::LargePrimarySeq [jhannah]
 462     * Bio::SeqIO::raw
 463         - add option for 'single' and 'multiple'
 464     * Bio::SeqIO::scf
 465         - bug 2881 - fix scf round-tripping [Adam Søgren]
 466     * Bio::SeqUtils
 467         - bug 2766, 2810 - copy over tags from features, doc fixes [David
 468           Jackson]
 469     * Bio::SimpleAlign
 470         - bug 2793 - patch for add_seq index issue [jhannah, maj]
 471         - bug 2801 - throw if args are required [cjfields]
 472         - bug 2805 - uniq_seq returns SimpleAlign and hash ref of sequence types
 473           [Tristan Lefebure, maj]
 474         - bug fixes from YAPC hackathon [rbuels, jhannah, bvecchi]
 475         - fix POD and add get_SeqFeatures filter [maj]
 476     * Bio::Tools::dpAlign
 477         - add support for LocatableSeq [ymc]
 478         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 479     * Bio::Tools::EUtilities
 480         - fix for two bugs from mail list [Adam Whitney, cjfields]
 481         - add generic ItemContainerI interface for containing same methods
 482           [cjfields]
 483     * Bio::Tools::HMM
 484         - fix up code, add more warnings [cjfields]
 485         - to be moved to a separate distribution [cjfields, rbuels]
 486     * Bio::Tools::Primer3
 487         - bug 2862 - fenceposting issue fixed [maj]
 488     * Bio::Tools::Run::RemoteBlast
 489         - tests for remote RPS-BLAST [mcook]
 490     * Bio::Tools::SeqPattern
 491         - bug 2844 - backtranslate method [rbuels, jhannah, bvecchi]
 492     * Bio::Tools::tRNAscanSE
 493         - use 'gene' and 'exon' for proper SO, ensure ID is unique [jason]
 494     * Bio::Tree::*
 495         - bug 2456 - fix reroot_tree(), added create_node_on_branch() [maj]
 496     * Bio::Tree::Statistics
 497         - several methods for calculating Fitch-based score, internal trait
 498           values, statratio(), sum of leaf distances [heikki]
 499     * Bio::Tree::Tree
 500         - bug 2869 - add docs indicating edge case where nodes can be
 501           prematurely garbage-collected [cjfields]
 502         - add as_text() function to create Tree as a string in specified format
 503           [maj]
 504     * Bio::Tree::TreeFunctionsI
 505         - bug 2877 - fix bug where bootstrap assigned to the wrong node [Tristan
 506           Lefebure, maj]
 507     * Bio::TreeIO::newick
 508         - fix small semicolon issue [cjfields]
 509     * scripts
 510         - update to bp_seqfeature_load for SQLite [lstein]
 511         - hivq.pl - commmand-line interface to Bio::DB::HIV [maj]
 512         - fastam9_to_table - fix for MPI output [jason]
 513         - gccalc - total stats [jason]
 514     * General Stuff
 515         - POD cleanup re: FEEDBACK section [maj, cjfields]
 516         - cleanup or fix dead links [cjfields]
 517         - Use of no_* methods (indicating 'number of something') is deprecated
 518           in favor of num_* [cjfields]
 519         - lots of new tests for the above bugs and refactors [everyone!]
 520         - new template for Komodo text editor [cjfields]
 521
 522 1.6.0 Winter 2009
 523     * Feature/Annotation rollback
 524         - Problematic changes introduced prior to the 1.5 release have been
 525           rolled back. These changes led to subtle bugs involving operator
 526           overloading and interface methods.
 527         - Behavior is very similar to that for BioPerl 1.4, with tag values
 528           being stored generically as simple scalars. Results in a modest
 529           speedup.
 530     * Bio::Graphics
 531         - Split into a separate distribution on CPAN, primarily so development
 532           isn't reliant on a complete BioPerl release.
 533         - Bio::Graphics::Pictogram has been renamed to Bio::Draw::Pictogram but
 534           is only available via Subversion (via bioperl-live main trunk)
 535     * Bio::Root::Test
 536         - Common test bed for all BioPerl modules
 537     * Bio::Root::Build
 538         - Common Module::Build-based subclass for all BioPerl modules
 539     * Bio::DB::EUtilities
 540         - Complete refactoring to split up parsing (Bio::Tools::EUtilities),
 541           parameter handling (Bio::Tools::EUtilities::EUtilParameters),
 542           and user agent request posting and retrieval
 543     * Test implementation and reorganization
 544         - Tests have been reorganized into groups based on classes or use
 545           cases.
 546         - Automated test coverage is now online:
 547           http://www.bioperl.org/wiki/Test_Coverage
 548         - After this release, untested modules will be moved into a
 549           separate developer distribution until tests can be derived.
 550           Also, new modules to be added are expected to have a test suite
 551           and adequate test coverage.
 552
 553 1.5.2 Developer release
 554
 555     Full details of changes since 1.5.1 are available online at:
 556     http://www.bioperl.org/wiki/Change_log
 557     The following represents a brief overview of the most important changes.
 558
 559     o Bio::Map
 560       - Overhaul. Brand new system fully allows markers to have multiple
 561         positions on multiple maps, and to have relative positions. Should be
 562         backward compatible.
 563
 564     o Bio::Taxonomy
 565       - This module and all the modules in the Taxonomy directory now
 566         deprecated in favour of Bio::Taxon and Bio::Tree::Tree
 567
 568     o Bio::DB::Taxonomy
 569
 570       - Taxonomy.pm
 571         * get_Taxonomy_Node() eventually to be deprecated, renamed get_taxon().
 572
 573         * New methods ancestor(), each_Descendent() and _handle_internal_id().
 574
 575         * Allows for different database modules to create Bio::Taxon objects
 576           with the same internal id when the same taxon is requested from each.
 577
 578       - flatfile.pm
 579         * get_Children_Taxids() is deprecated, superceded by each_Descendent().
 580
 581         * No longer includes the fake root node 'root'; there are multiple roots
 582           now (10239, 12884, 12908, 29384 and 131567). Consistent with entrez.pm
 583
 584       - entrez.pm
 585         * get_node() has new option -full
 586
 587         * Caches data retrieved from website
 588
 589     o Bio::Species
 590       - Now a Bio::Taxon. Carries out the species name -> specific name munging
 591         that Bio::DB::Taxonomy modules and SeqIO modules used to do, for
 592         backward compatability in species() method.
 593
 594     o Bio::Search and Bio::SearchIO
 595       - Overhaul. The existing system has been sped up via some minor changes
 596         (mostly gain-of-function to the API). Bio::PullParserI is introduced
 597         as a potential eventual replacment for the existing system, though as
 598         yet only a Hmmpfam parser exists written using it.
 599
 600
 601 1.5.1 Developer release
 602
 603     o Major problem with how Annotations were written out with
 604       Bio::Seq is fixed by reverting to old behavior for
 605       Bio::Annotation objects.
 606
 607     o Bio::SeqIO
 608
 609      - genbank.pm
 610        * bug #1871; REFLOOP' parsing loop, I changed the pattern to
 611          expect at l east 9 spaces at the beginning of a line to
 612          indicate line wrapping.
 613
 614        * Treat multi-line SOURCE sections correctly, this defect broke
 615          both common_name() and classification()
 616
 617        * parse swissprot fields in genpept file
 618
 619        * parse WGS genbank records
 620
 621      - embl.pm
 622         * Changed regexp for ID line. The capturing parentheses are
 623           the same, the difference is an optional repeated-not-semi-
 624           colon expression following the captured \S+. This means the
 625           regexp works when the division looks like /PRO;/ or when the
 626           division looks like /ANG ;/ - the latter is from EMBL
 627           repbase
 628
 629         * fix ID line parsing: the molecule string can have spaces in
 630           it. Like: "genomic DNA"
 631
 632      - swiss.pm: bugs  #1727, #1734
 633
 634      - entrezgene.pm
 635         * Added parser for entrezgene ASN1 (text format) files.
 636           Uses Bio::ASN1::EntrezGene as a low level parser (get it from CPAN)
 637
 638     o Bio::AlignIO
 639
 640      -  maf.pm coordinate problem fixed
 641
 642     o Bio::Taxonomy and Bio::DB::Taxonomy
 643
 644      - Parse NCBI XML now so that nearly all the taxonomy up-and-down
 645        can be done via Web without downloading all the sequence.
 646
 647     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast supports more options and complies
 648       to changes to the NCBI interface. It is reccomended that you
 649       retrieve the data in XML instead of plain-text BLAST report to
 650       insure proper parsing and retrieval of all information as NCBI
 651       fully expects to change things in the future.
 652
 653     o Bio::Tree and Bio::TreeIO
 654
 655       - Fixes so that re-rooting a tree works properly
 656
 657       - Writing out nhx format from a newick/nexus file will properly output
 658         bootstrap information.  The use must move the internal node labels over
 659         to bootstraps.
 660          for my $node ( grep { ! $_->is_Leaf } $tree->get_nodes ) {
 661             $node->bootstrap($node->id);
 662             $node->id('');
 663          }
 664       - Nexus parsing is much more flexible now, does not care about
 665         LF.
 666
 667       - Cladogram drawing module in Bio::Tree::Draw
 668
 669       - Node height and depth now properly calculated
 670
 671       - fix tree pruning algorithm so that node with 1 child gets merged
 672
 673     o Graphics tweaks.  Glyph::xyplot improved.  Many other small-medium sized
 674       bugs and improvements were added, see Gbrowse mailing list for most of
 675       these.
 676
 677     o Bio::DB::GFF partially supports GFF3.  See information about
 678       gff3_munge flag in scripts/Bio-DB-GFF/bulk_load_gff.pl.
 679
 680     o Better location parsing in Bio::Factory::FTLocationFactory -
 681       this is part of the engine for parsing EMBL/GenBank feature table
 682       locations.  Nested join/order-by/complement are allowed now
 683
 684     o Bio::PrimarySeqI->translate now takes named parameters
 685
 686     o Bio::Tools::Phylo::PAML - parsing RST (ancestral sequence
 687       reconstruction) is now supported.  Parsing different models and
 688       branch specific parametes are now supported.
 689
 690     o Bio::Factory::FTLocationFactory - parse hierarchical locations
 691       (joins of joins)
 692
 693     o Bio::Matrix::DistanceMatrix returns arrayrefs instead of arrays
 694       for getter/setter functions
 695
 696     o Bio::SearchIO
 697
 698       - blast bug #1739; match scientific notation in score
 699         and possible e+ values
 700
 701       - blast.pm reads more WU-BLAST parameters and parameters, match
 702         a full database pathname,
 703
 704       - Handle NCBI WEB and newer BLAST formats specifically
 705         (Query|Sbjct:) match in alignment blocks can now be (Query|Sbjct).
 706
 707       - psl off-by-one error fixed
 708
 709       - exonerate parsing much improved, CIGAR and VULGAR can be parsed
 710         and HSPs can be constructed from them.
 711
 712       - HSPs query/hit now have a seqdesc field filled out (this was
 713         always available via $hit->description and
 714         $result->query_description
 715
 716       - hmmer.pm can parse -A0 hmmpfam files
 717
 718       - Writer::GbrowseGFF more customizeable.
 719
 720     o Bio::Tools::Hmmpfam
 721       make e-value default score displayed in gff, rather than raw score
 722       allow parse of multiple records
 723
 724
 725 1.5 Developer release
 726
 727     o Bio::Align::DNAStatistics and Bio::Align::ProteinStatistics
 728       provide Jukes-Cantor and Kimura pairwise distance methods,
 729       respectively.
 730
 731     o Bio::AlignIO support for "po" format of POA, and "maf";
 732       Bio::AlignIO::largemultifasta is a new alternative to
 733       Bio::AlignIO::fasta for temporary file-based manipulation of
 734       particularly large multiple sequence alignments.
 735
 736     o Bio::Assembly::Singlet allows orphan, unassembled sequences to
 737       be treated similarly as an assembled contig.
 738
 739     o Bio::CodonUsage provides new rare_codon() and probable_codons()
 740       methods for identifying particular codons that encode a given
 741       amino acid.
 742
 743     o Bio::Coordinate::Utils provides new from_align() method to build
 744       a Bio::Coordinate pair directly from a
 745       Bio::Align::AlignI-conforming object.
 746
 747     o Bio::DB::Biblio::eutils is a class for querying NCBI's Eutils.
 748       Send a Pubmed, Pubmed Central, Entrez, or other query to NCBI's
 749       web service using standard Pubmed query syntax, and retrieve
 750       results as XML.
 751
 752     o Bio::DB::GFF has various sundry bug fixes.
 753
 754     o Bio::FeatureIO is a new SeqIO-style subsystem for
 755       writing/reading genomic features to/from files.  I/O classes
 756       exist for BED, GTF (aka GFF v2.5), and GFF v3.  Bio::FeatureIO
 757       classes only read/write Bio::SeqFeature::Annotated objects.
 758       Notably, the GFF v3 class requires features to be typed into the
 759       Sequence Ontology.
 760
 761     o Bio::Graph namespace contains new modules for manipulation and
 762       analysis of protein interaction graphs.
 763
 764     o Bio::Graphics has many bug fixes and shiny new glyphs.
 765
 766     o Bio::Index::Hmmer and Bio::Index::Qual provide multiple-file
 767       indexing for HMMER reports and FASTA qual files, respectively.
 768
 769     o Bio::Map::Clone, Bio::Map::Contig, and Bio::Map::FPCMarker are
 770       new objects that can be placed within a Bio::Map::MapI-compliant
 771       genetic/physical map; Bio::Map::Physical provides a new physical
 772       map type; Bio::MapIO::fpc provides finger-printed clone mapping
 773       import.
 774
 775     o Bio::Matrix::PSM provide new support for postion-specific
 776       (scoring) matrices (e.g. profiles, or "possums").
 777
 778     o Bio::Ontology::Ontology and Bio::Ontology::Term objects can now
 779       be instantiated without explicitly using Bio::OntologyIO.  This
 780       is possible through changes to Bio::Ontology::OntologyStore to
 781       download ontology files from the web as necessary.  Locations of
 782       ontology files are hard-coded into
 783       Bio::Ontology::DocumentRegistry.
 784
 785     o Bio::PopGen includes many new methods and data types for
 786       population genetics analyses.
 787
 788     o New constructor to Bio::Range, unions().  Given a list of
 789       ranges, returns another list of "flattened" ranges --
 790       overlapping ranges are merged into a single range with the
 791       mininum and maximum coordinates of the entire overlapping group.
 792
 793     o Bio::Root::IO now supports -url, in addition to -file and -fh.
 794       The new -url argument allows one to specify the network address
 795       of a file for input.  -url currently only works for GET
 796       requests, and thus is read-only.
 797
 798     o Bio::SearchIO::hmmer now returns individual Hit objects for each
 799       domain alignment (thus containing only one HSP); previously
 800       separate alignments would be merged into one hit if the domain
 801       involved in the alignments was the same, but this only worked
 802       when the repeated domain occured without interruption by any
 803       other domain, leading to a confusing mixture of Hit and HSP
 804       objects.
 805
 806     o Bio::Search::Result::ResultI-compliant report objects now
 807       implement the "get_statistics" method to access
 808       Bio::Search::StatisticsI objects that encapsulate any
 809       statistical parameters associated with the search (e.g. Karlin's
 810       lambda for BLAST/FASTA).
 811
 812     o Bio::Seq::LargeLocatableSeq combines the functionality already
 813       found in Bio::Seq::LargeSeq and Bio::LocatableSeq.
 814
 815     o Bio::SeqFeature::Annotated is a replacement for
 816       Bio::SeqFeature::Generic.  It breaks compliance with the
 817       Bio::SeqFeatureI interface because the author was sick of
 818       dealing with untyped annotation tags.  All
 819       Bio::SeqFeature::Annotated annotations are Bio::AnnotationI
 820       compliant, and accessible through Bio::Annotation::Collection.
 821
 822     o Bio::SeqFeature::Primer implements a Tm() method for primer
 823       melting point predictions.
 824
 825     o Bio::SeqIO now supports AGAVE, BSML (via SAX), CHAOS-XML,
 826       InterProScan-XML, TIGR-XML, and NCBI TinySeq formats.
 827
 828     o Bio::Taxonomy::Node now implements the methods necessary for
 829       Bio::Species interoperability.
 830
 831     o Bio::Tools::CodonTable has new reverse_translate_all() and
 832       make_iupac_string() methods.
 833
 834     o Bio::Tools::dpAlign now provides sequence profile alignments.
 835
 836     o Bio::Tools::GFF now parses GFF version 2.5 (a.k.a. GTF).
 837
 838     o Bio::Tools::Fgenesh, Bio::Tools::tRNAscanSE are new report
 839       parsers.
 840
 841     o Bio::Tools::SiRNA includes two new rulesets (Saigo and Tuschl)
 842       for designing small inhibitory RNA.
 843
 844     o Bio::Tree::DistanceFactory provides NJ and UPGMA tree-building
 845       methods based on a distance matrix.
 846
 847     o Bio::Tree::Statistics provides an assess_bootstrap() method to
 848       calculate bootstrap support values on a guide tree topology,
 849       based on provided bootstrap tree topologies.
 850
 851     o Bio::TreeIO now supports the Pagel (PAG) tree format.
 852
 853 1.4 branch
 854
 855 1.4.1
 856
 857   o Improvements to Bio::AlignIO::nexus for parsing TreeBase nexus files
 858
 859   o Bio::Graphics will work with gd1 or gd2
 860
 861   o Bio::SearchIO
 862    - hmmer.pm Better hmmpfam parsing, fix bug for small number of alignment outputs
 863      (RF lines alone)
 864    - blast.pm Parse multi-line query fields properly
 865    - small speed improvements to blasttable.pm and others
 866
 867   o Bio::DB::Taxonomy has better support for hierarchy traversal so that
 868     Bio::Taxonomy::Node can be as simple as Bio::Species object while still
 869     supporting more complex queries
 870
 871
 872 1.4. Stable major release
 873
 874 Since initial 1.2.0, 3000 separate changes have been made to make this release.
 875
 876    o installable scripts
 877
 878    o global module version from Bio::Root:Version
 879
 880    o Bio::Graphics
 881       - major improvements; SVG support
 882
 883    o Bio::Popgen
 884      - population genetics
 885      - support several population genetics types of questions.
 886      - Tests for statistical neutrality of mutations
 887        (Fu and Li's D/F, Tajima's D) are in Bio::PopGen::Statistics.
 888        Tests of population structure (Wright's F-statistic: Fst) is in
 889        Bio::PopGen::PopStats. Calculating composite linkage
 890        disequilibrium (LD) is available in Bio::PopGen::Statistics as
 891        well.
 892      - Bio::PopGen::IO for reading in prettybase (SeattleSNPs)
 893        and csv (comma delimited formatted) data.
 894
 895      - a directory for implementing population simulations has
 896        been added Bio::PopGen::Simulation and 2 simulations - a
 897        Coalescent and a simple single-locus multi-allele genetic drift
 898        simulation have been provided.  This replaces the code in
 899        Bio::Tree::RandomTree which has been deprecated until proper
 900        methods for generating random phylogenetic trees are
 901        implemented.
 902
 903    o Bio::Restriction
 904       - new restrion analysis modules
 905
 906    o Bio::Tools::Analysis
 907       - web based DNA and Protein analysis framework and several
 908         implementations
 909
 910    o Bio::Seq::Meta
 911      - per residue annotable sequences
 912
 913    o Bio::Matrix
 914       - Bio::Matrix::PSM - Position Scoring Matrix
 915       - Bio::Matrix::IO has been added for generalized parsing of
 916         matrix data.  Matrix::IO::scoring and Matrix::IO::phylip are
 917         initial implementations for parsing BLOSUM/PAM and Phylip
 918         Distance matricies respectively.  A generic matrix
 919         implementation for general use was added in
 920         Bio::Matrix::Generic.
 921
 922    o Bio::Ontology
 923      - major changes
 924
 925    o Bio:Tree
 926
 927    o Bio::Tools::SiRNA, Bio::SeqFeature::SiRNA
 928      - small inhibitory RNA
 929
 930    o Bio::SeqFeature::Tools
 931      - seqFeature mapping tools
 932      - Bio::SeqFeature::Tools::Unflattener.pm
 933        -- deal with mapping GenBank feature collections into
 934           Chado/GFF3 processable feature sets (with SO term mappings)
 935
 936    o Bio::Tools::dpAlign
 937      - pure perl dynamic programming sequence alignment
 938      - needs Bioperl-ext
 939
 940    o new Bio::SearchIO formats
 941      - axt and psl:  UCSC formats.
 942      - blasttable: NCBI -m 8 or -m 9 format from blastall
 943
 944    o new Bio::SeqIO formats
 945      - chado, tab, kegg, tigr, game
 946      - important fixes for old modules
 947
 948    o Bio::AlignIO: maf
 949
 950    o improved Bio::Tools::Genewise
 951
 952    o Bio::SeqIO now can recongnize sequence formats automatically from
 953      stream
 954
 955    o new parsers in Bio::Tools:
 956       Blat, Geneid, Lagan, Mdust, Promoterwise, PrositeScan,
 957
 958    o Bio::DB::Registry bugs fixed
 959      - BerkeleyDB-indexed flat files can be used by the OBDA system
 960      - Multiple seqdatabase.ini locations in OBDA_SEARCH_PATH are all
 961        used by the OBDA system
 962
 963    o several new HOWTOs
 964      - SimpleWebAnalysis, Trees, Feature Annotation, OBDA Access, Flat
 965        Databases
 966
 967    o hundreds of new and improved files
 968
 969
 970    o
 971    o Bio::Tree::AlleleNode has been updated to be a container of
 972      an Bio::PopGen::Individual object for use in the Coalescent simulations.
 973
 974
 975 1.2 Branch
 976
 977 1.2.3 Stable release update
 978     o Bug #1475 - Fix and add speedup to spliced_seq for remote location
 979                   handling.
 980     o Bug #1477 - Sel --> Sec abbreviation fixed
 981     o Fix bug #1487 where paring in-between locations when
 982       end < start caused the FTLocationFactory logic to fail.
 983     o Fix bug #1489 which was not dealing with keywords as an
 984       arrayref properly (this is fixed on the main trunk because
 985       keywords returns a string and the array is accessible via
 986       get_keywords).
 987     o Bio::Tree::Tree memory leak (bug #1480) fixed
 988       Added a new initialization option -nodelete which
 989       won't try and cleanup the containing nodes if this
 990       is true.
 991      o Bug with parsing labeled nodes with Bio::TreeIO::newick fixed
 992        this was only present on the branch for the 1.2.1 and 1.2.2 series
 993        - Also merged main trunk changes to the branch which make
 994          newick -> nhx round tripping more effective (storing branch length
 995          and bootstrap values in same locate for NodeNHX and Node
 996          implementations.)  Fixes to TreeIO parsing for labeled internal
 997          also required small changes to TreeIO::nhx.  Improved
 998          tests for this module as well.
 999     o Bio::SearchIO
1000       - Fixed bugs in BLAST parsing which couldn't parse NCBI
1001         gapped blast properly (was losing hit significance values due to
1002         the extra unexpeted column).
1003       - Parsing of blastcl3 (netblast from NCBI) now can handle case of
1004         integer overflow (# of letters in nt seq dbs is > MAX_INT)
1005         although doesn't try to correct it - will get the negative
1006         number for you.  Added a test for this as well.
1007       - Fixed HMMER parsing bug which prevented parsing when a hmmpfam report
1008         has no top-level family classification scores but does have scores and
1009         alignments for individual domains.
1010       - Parsing FASTA reports where ungapped percent ID is < 10 and the
1011         regular expression to match the line was missing the possibility of
1012         an extra space.  This is rare, which is why we probably did not
1013         catch it before.
1014       - BLAST parsing picks up more of the statistics/parameter fields
1015         at the bottom of reports.  Still not fully complete.
1016       - SearchIO::Writer::HTMLResultWriter and TextResultWriter
1017         were fixed to include many improvements and added flexiblity
1018         in outputting the files.  Bug #1495 was also fixed in the process.
1019      o Bio::DB::GFF
1020       - Update for GFF3 compatibility.
1021       - Added scripts for importing from UCSC and GenBank.
1022       - Added a 1.2003 version number.
1023      o Bio::Graphics
1024       - Updated tutorial.
1025       - Added a 1.2003 version number.
1026      o SeqIO::swiss Bug #1504 fixed with swiss writing which was not
1027        properly writing keywords out.
1028      o Bio::SeqIO::genbank
1029       - Fixed bug/enhancement #1513 where dates of
1030         the form D-MMM-YYYY were not parsed.  Even though this is
1031         invalid format we can handle it - and also cleanup the date
1032         string so it is properly formatted.
1033       - Bug/enhancement #1517 fixed so that SEGMENT line can be parsed
1034         and written with Genbank format.  Similarly bug #1515 is fixed to
1035         parse in the ORIGIN text.
1036      o Bio::SeqIO::fasta, a new method called preferred_id_type allows you
1037        to specify the ID type, one of (accession accession.version
1038        display primary).  See Bio::SeqIO::preferred_id_type method
1039        documentation for more information.
1040      o Unigene parsing updated to handle file format changes by NCBI
1041
1042 1.2.2 Stable release update
1043
1044     o A series of bug fixes of the Bio::OntologyIO dagflat-related parsers:
1045       - auto-discover ontology name
1046       - bug in parsing relationships when certain characters are in the term
1047       - fixed hard-coded prefix for term identifiers
1048       - various smaller issues
1049
1050     o Fixed bug in Bio::Annotation::OntologyTerm of not implementing all
1051       of Bio::Ontology::TermI
1052
1053     o brought the OBDA Registry code up to latest specs
1054
1055     o Bio::DB::GenBank
1056       - eutils URL change
1057       - accession number retrieval fixed
1058
1059     o Bio::SearchIO::blast - fix bug #1443 (missing last hits), parse megablast
1060
1061     o Bio::SearchIO::Writer::(HTML|Text)ResultWriter fix bugs #1458,
1062       #1459 which now properly report alignment start/end info
1063       for translated BLAST/FASTA searches.
1064
1065     o Bio::TreeIO::newick can parse labeled internal nodes
1066
1067     o Bio::Tools::BPbl2seq can properly report strand info for HSPs
1068       for BLASTX if if you provide -report_type => 'BLASTX' when
1069       initializing a BPbl2seq object.  Bioperl 1.3 will have better
1070       support for bl2seq in the SearchIO system.
1071
1072     o Bio::Root::IO support a -noclose boolean flag which will not
1073       close a filehandle upon object cleanup - useful when sharing
1074       a filehandle among objects.  Additionally code added s.t.
1075       STDOUT/STDIN/STDERR will never be closed by Root::IO cleanup.
1076
1077     o Bio::Tools::Genemark bug #1435 fixed which was missing last prediction
1078
1079     o Bio::SeqIO::genbank
1080       - bug #1456 fixed which generated extra sequence lines
1081       - write moltype correctly for genpept
1082
1083 1.2.1 Stable release update
1084
1085     o Inclusion of WrapperBase, a needed component for StandAloneBlast
1086
1087     o Addition from main trunk of Ontology objects, principly to allow
1088       BioSQL releases against 1.2.1
1089
1090     o Fixes and cleanup of Bio::Coordinate modules
1091
1092     o A fix to Bio::Index::EMBL allowing  retrieval of entries using
1093       the primary accession number
1094
1095     o Other bug fixes, including bpindex GenBank fix
1096
1097     o Bio::SeqIO::genbank bug #1389 fixed
1098
1099 1.2  Stable major release
1100
1101     o More functionality added to Bio::Perl, the newbie module
1102
1103     o Bug fixes in Bio::TreeIO::newick fixes bug introduced in 1.0.2
1104       Support for New Hampshire Extended (NHX) format parsing.
1105
1106     o Bio::Tools added support for parsing Genomewise, Pseudowise, Est2Genome,
1107       Tmhmm, SignalP, Seg, RepeatMasker, FootPrinter, and a lightweight
1108       Hmmpfam parser.
1109
1110     o New ontology parsing Bio::Ontology
1111
1112     o Bug fixes in Bio::SearchIO for HMMer parsing, support for
1113       multi-report (mlib) fasta reports, support for waba and exonerate.
1114
1115     o Bio::ClusterIO for parsing Unigene clusters
1116
1117     o Bio::Assembly added for representing phrap and ace assembly clusters.
1118
1119     o Rudimentary support for writing Chado XML (see
1120       GMOD project: www.gmod.org for more information)
1121
1122     o Bio::Coordinate for mapping between different coordinate systems such
1123       as protein -> cDNA -> Exon -> DNA and back.  Useful for mapping
1124       features into different coordinate systems.
1125
1126     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept now support Entrez queries
1127       with the get_Stream_by_query method and supports the latest
1128       NCBI eutils interface.
1129
1130     o Bugs fixed in Bio::SeqFeature::Collection an in-memory fast
1131       object for extracting subsets of features : currently only
1132       supports extraction by location.
1133
1134 1.1.1 Developer release
1135
1136     o Deprecated modules are now listed in the DEPRECATED file
1137
1138     o New HowTo documents located in doc/howto describing
1139       a domain of Bioperl.
1140
1141     o Note that bugs are now stored at redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
1142       and all old bugs are searchable through the bugzilla interface.
1143
1144     o Several reported bugs in Bio::Tools::Sigcleave and Bio::SimpleAlign
1145       have been addressed.
1146
1147     o Support for Genewise parsing in Bio::Tools::Genewise
1148
1149     o Start of Ontology framework with Bio::Ontology
1150
1151     o Speedup to the Bio::Root::Root object method _rearrange.
1152       A global _load_module method was implemented to simplify the
1153       dynamic loading of modules ala Bio::SeqIO::genbank.  This
1154       method is now used by all the XXIO (AlignIO,TreeIO,SearchIO,SeqIO,
1155       etc).
1156
1157     o Several performance improvements to sequence parsing in Bio::SeqIO.
1158       Attempt to speedup by reducing object creation overhead.
1159
1160     o Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept use the NCBI's approved
1161       method for sequence retrieval with their E-utils CGI scripts.
1162       More work to support Entrez queries to their fullest is planned
1163       before 1.2 release.
1164
1165     o Numerous fixes to Bio::SearchIO and sequence parsing (swissprot)
1166
1167 1.1 Developer release
1168
1169     o Bio::Tools::Run has been broken off into a new pkg bioperl-run,
1170       this separation removes some of the complexity in our test suite
1171       and separates the core modules in bioperl from those that need
1172       external programs to run.
1173
1174     o With latest ExtUtils::MakeMaker module installed SGI/IRIX should
1175       not run into trouble running the makefile
1176
1177     o Bio::Location and Bio::SeqIO::FTHelper are fixed to properly
1178       read,create,and write locations for grouped/split locations
1179       (like mRNA features on genomic sequence).
1180
1181     o Bio::Tools::Phlyo added for wrappers for parsing Molphy (protml)
1182       and PAML (codeml,aaml, etc) parsing.
1183
1184     o Bio::Tree:: objects expanded to handle testing monophyly,
1185       paraphyly, least common ancestor, etc.
1186
1187     o Bio::Coordinate for mapping locations from different coordinate spaces
1188
1189     o Bio::SearchIO::waba added for parsing WABA, Bio::SearchIO::hmmer
1190       added for parsing hmmpfam and hmmsearch output.
1191
1192     o Bio::SearchIO::Writer::TextResultWriter for outputting
1193       a pseudo-blast textfile format
1194
1195
1196 1.0.2 Bug fix release
1197
1198     o Note: The modules Bio::DB::GenBank and Bio::DB::GenPept provided
1199       in this release will not work after December 2002 when NCBI
1200       shuts off the old Entrez cgi scripts.  We have already fixed
1201       on our main development branch and the functionality will be
1202       available in the next stable bioperl release (1.2) slated for
1203       Fall 2002.
1204
1205     o Numerous parsing bugs in Bio::SearchIO::fasta found through
1206       testset by Robin Emig.  These were fixed as was the get_aln
1207       method in Bio::Search::HSP::GenericHSP to handle the extra
1208       context sequence that is provided with a FastA alignment.
1209
1210     o Migrating differences between Bio::Search::XX::BlastXX to
1211       Bio::Search::XX::GenericXX objects.  This included mechanism
1212       to retrieve whole list of HSPs from Hits and whole list of Hits from
1213       Results in addition to the current next_XX iterator methods that
1214       are available.  Added seq_inds() method to GenericHSP which identifies
1215       indexes in the query or hit sequences where conserved,identical,gaps,
1216       or mismatch residues are located (adapted from Steve Chervitz's
1217       implementation in BlastHSP).
1218
1219     o Bio::DB::GFF bugs fixed and are necessary for latest GBrowse release.
1220       Bio::DB::GFF::RelSegment is now Bio::SeqI compliant.
1221
1222     o Bio::Graphics glyph set improved and extended for GBrowse release
1223
1224     o Bio::Tree::Tree get_nodes implementation improvement thanks
1225       to Howard Ross notice performance problem when writing out
1226       unbalanced trees.
1227
1228     o Bio::Location::Fuzzy::new named parameter -loc_type became
1229       -location_type, Bio::Location::Simple::new named parameter
1230       -seqid becamse -seq_id.
1231
1232     o Fixed major Bio::AlignIO::emboss parsing bug on needle output,
1233       was mis-detecting that gaps should be placed at the beginning of
1234       the alignment when the best alignment starts internally in the
1235       sequence.
1236
1237 1.0.1 Bug fix release
1238
1239     o Minor bug fixes to Bio::DB:GFF.  Glyph sets improved.
1240
1241     o Parser fixes in SearchIO blast, fasta for more complete WU BLAST
1242       and mixed (3.3 - 3.4) versions of FASTA.
1243
1244     o Small API change to add methods for completeness across
1245       implementations of Bio::Search objects.  These new methods
1246       in the interface are implemented by the GenericXX object as well
1247       as the BlastXX objects.
1248         * Bio::Search::Result::ResultI
1249          - hits() method returns list of all Hits (next_hit is an
1250            iterator method)
1251
1252         * Bio::Search::Hit::HitI
1253          - hsps() method returns list of all HSPs (next_hsp is an
1254            iterator method)
1255
1256     o The Bio::SearchIO::Writer classes have been fixed to handle results
1257        created from either psiblast (Search::BlastXX objects) or
1258        blast|fasta|blastxml objects (Search::GenericXX objects).  More work
1259        has to be done here to make it work properly and will nee major
1260        API changes.
1261
1262     o Bugs in Bio::Tools::HMMER fixed, including
1263        * #1178 - Root::IO destructor wasn't being called
1264        * #1034 - filter_on_cutoff now behaves properly
1265
1266     o Bio::SeqFeature::Computation initialization args fixed and
1267       tests added.
1268
1269     o Tests are somewhat cleaner, flat.t now properly cleans up after itsself,
1270
1271     o Updated FAQ with more example based answers to typical questions
1272
1273     o Bug #1202 was fixed which would improperly join together qual values
1274       parsed by Bio::SeqIO::qual when a trailing space was not present before
1275       the newline.
1276
1277 1.0.0 Major Stable Release
1278
1279   This represents a major release of bioperl with significant
1280   improvements over the 0.7.x series of releases.
1281
1282     o Bio::Tools::Blast is officially deprecated.  Please see
1283       Bio::SearchIO for BLAST and FastA parsing.
1284
1285     o The methods trunc() and subseq() in Bio::PrimarySeqI now accepts
1286       Bio::LocationI objects as well as start/end.
1287
1288     o Bio::Biblio contains modules for Bibliographic data.
1289       Bio::DB::Biblio contains the query modules.  Additionally one can
1290       parse medlinexml from the ebi bibliographic query service (BQS)
1291       system and Pubmed xml from NCBI.  See Martin Senger's
1292       documentation in Bio::Biblio for more information.
1293
1294     o Bio::DB::Registry is a sequence database registry part of
1295       Open Bioinformatics Database Access.  See
1296       http://obda.open-bio.org for more information.
1297
1298     o File-based and In-Memory Sequence caching is provided by
1299       Bio::DB::InMemoryCache and Bio::DB::FileCache which acts like a
1300       local database.
1301
1302     o Bio::Graphics for rendering sequences as PNG,JPG, or GIFs has
1303       been added by Lincoln Stein.
1304
1305     o XEMBL SOAP service access in provided in Bio::DB::XEMBL.
1306
1307     o A FAQ has been started and is included in the release to provide
1308       a starting point for frequent questions and issues.
1309
1310 0.9.3 Developer's release
1311
1312     o Event based parsing system improved (SearchIO).  With parsers for
1313       XML Blast (blastxml), Text Blast (blast), and FASTA results (fasta).
1314       Additionally a lazy parsing system for text and html blast reports was
1315       added and is called psiblast (name subject to change in future releases).
1316
1317     o Bio::Search objects improved and standardized with associated Interfaces
1318       written.  The concept of a search "Hit" was standardized to be called
1319       "hit" consistently and the use of "subject" was deprecated in all active
1320       modules.
1321
1322     o Bio::Structure added (since 0.9.1) for Protein structure objects
1323       and PDB parser to retrieve and write these structures from data files.
1324
1325     o Several important Bio::DB::GFF bug fixes for handling features that
1326       are mapped to multiple reference points.  Updated mysql adaptor
1327       so as to be able to store large (>100 megabase) chunks of DNA into
1328       Bio::DB::GFF databases.
1329
1330 0.9.2 Developer's release
1331
1332     o Bio::Search and Bio::SearchIO system introduced for event based
1333       parsing of Blast,Fasta reports Bio::SearchIO supports ncbi BLAST
1334       in text and XML and FASTA reports in standard output format.
1335
1336     o Bio::Tree and Bio::TreeIO for phylogenetic trees.  A Random tree
1337       generator is included in Bio::TreeIO::RandomTrees and a
1338       statistics module for evaluating.
1339
1340     o Bio::DB::GFF, Lincoln Stein's GFF database suitable as a DB
1341       server for DAS servers.
1342
1343     o Bio::Tools::BPlite is provides more robust parsing of BLAST
1344       files.  The entire BPlite system migrated to using Bio::Root::IO
1345       for the data stream.
1346
1347     o Bio::Tools::Alignment for Consed and sequence Trimming
1348       functionality.
1349
1350     o Bio::Structure for Protein structure information and parsing
1351
1352     o Bio::DB::GenBank/Bio::DB::GenPept updated to new NCBI Entrez
1353       cgi-bin entry point which should be more reliable.
1354
1355     o Bio::Map and Bio::MapIO for biological map navigation and a
1356       framework afor parsing them in.  Only preliminary work here.
1357
1358     o Interface for executing EMBOSS programs locally in Bio::Factory::EMBOSS
1359       Future work will integrate Pise and allow submission of analysis on
1360       remote servers.
1361
1362     o Bio::AnnotationCollectionI and Bio::Annotation::Collection
1363       introduced as new objects for handling Sequence Annotation
1364       information (dblinks, references, etc) and is more robust that
1365       previous system.
1366
1367     o Bio::Tools::FASTAParser introduced.
1368
1369     o Scripts from the bioperl script submission project and new
1370       scripts from bioperl authors are included in "scripts" directory.
1371
1372     o Factory objects and interfaces are being introduced and are more
1373       strictly enforced.
1374
1375     o Bio::Root::Root introduced as the base object while
1376       Bio::Root::RootI is now simply an interface.
1377
1378     o Bio::DB::RefSeq provides database access to copy of the NCBI
1379       RefSeq database using the EBI dbfetch script.
1380
1381 0.9.0 Developer's release
1382
1383     o perl version at least 5.005 is now required instead of perl 5.004
1384
1385     o Bio::Tools::Run::RemoteBlast is available for running remote
1386       blast jobs at NCBI.
1387
1388     o Bio::Tools::BPbl2seq was fixed to handle multiple HSPs.
1389
1390     o Bio::SeqFeature::GeneStructure migrated to Bio::SeqFeature::Gene.
1391       Also added are related modules UTR3, UTR5, Exon, Intron,
1392       Promotor, PolyA and Transcript.
1393
1394     o Speedup of translate method in PrimarySeq
1395
1396     o Bio::SimpleAlign has new methods: location_from_column(), slice(),
1397       select(), dot(), get_seq_by_pos(), column_from_residue_number()
1398
1399     o Various fixes to Variation toolkit
1400
1401     o Bio::DB::EMBL provides database access to EMBL sequence data.
1402       Bio::DB::Universal provides a central way to point to indexes
1403       and dbs in a single interface.
1404
1405     o Bio::DB::GFF - a database suitable for running DAS servers locally.
1406
1407     o Bio::Factory::EMBOSS is still in design phase as is
1408       Bio::Factory::ApplicationFactoryI
1409
1410     o Dia models for bioperl design are provided in the models/ directory
1411
1412 0.7.2 Bug fix release
1413
1414     o documentation fixes in many modules - SYNOPSIS code verified
1415       to be runnable in many (but not all modules)
1416
1417     o corrected MANIFEST file from 0.7.1 release
1418
1419     o Bug fix in Bio::SeqIO::FTHelper to properly handle
1420       split locations
1421
1422     o Bio::SeqIO::genbank
1423         * Correct parsing and writing of genbank format with protein data
1424         * moltype and molecule separation
1425
1426     o Bio::SeqIO::largefasta fix to avoid inifinite loops
1427
1428     o Bio::SimpleAlign fixed to correctly handle consensus
1429       sequence calculation
1430
1431     o Bio::Tools::HMMER supports hmmer 2.2g
1432
1433     o Bio::Tools::BPlite to support report type specific parsing.  Most
1434       major changes are not on the 0.7 branch.
1435
1436     o Bio::Tools::Run::StandAloneBlast exists_blast() fixed and works
1437       with File::Spec
1438
1439     o Bio::Variation::AAChange/RNAChange corrected labels and mutated alleles
1440         in several types of mutations:
1441         1.) AA level: deletion, complex
1442         2.) AA level: complex, inframe
1443         3.) RNA level: silent
1444
1445     o  BPbl2seq parsing of empty reports will not die, but will return
1446        a valid, empty, Bio::SeqFeature::SimilarityFeature for
1447        $report->query() and $report->subject() methods.  So an easy
1448        way to test if report was empty is to see if
1449        $report->query->seqname is undefined.
1450
1451 0.7.1 Bug fix release
1452
1453     o Better parsing of genbank/EMBL files especially fixing bugs
1454       related to Feature table parsing and locations on remote
1455       sequences.  Additionally, species name parsing was better.
1456
1457     o Bio::SeqIO::genbank can parse now NCBI produced genbank database
1458       which include a number of header lines.
1459
1460     o More strict genbank and EMBL format writing (corrected number of
1461       spaces where appropriate).
1462
1463     o Bio::Tools::BPlite can better parse BLASTX reports - see BUGS
1464       for related BPlite BUGS that are unresolved in this release.
1465
1466     o Bio::DB::GenBank, Bio::DB::GenPept have less problems
1467       downloading sequences from NCBI via HTTP.  Bio::DB::SwissProt can
1468       use expasy mirrors or EBI dbfetch cgi-script.
1469
1470     o A moderate number of documentation improvements were made as
1471       well to provide a better code synopsis in each module.
1472
1473
1474 0.7  Large number of changes, including refactoring of the
1475      Object system, new parsers, new functionality and
1476      all round better system. Highlights are:
1477
1478
1479      o Refactored root of inheritance: moved to a lightweight Bio::Root::RootI;
1480        Bio::Root::IO for I/O and file/handle capabilities.
1481
1482      o Imported BPlite modules from Ian Korf for BLAST
1483        parsing. This is considered the supported BLAST parser;
1484        Bio::Tools::Blast.pm will eventually phase out due to lack of support.
1485
1486      o Improved Sequence Feature model. Added complete location
1487        modelling (with fuzzy and compound locations).  See
1488        Bio::LocationI and the modules under Bio/Location.  Added
1489        support in Genbank/EMBL format parsing to completely parse
1490        feature tables for complex locations.
1491
1492      o Moved special support for databanks etc to specialized modules under
1493        Bio/Seq/. One of these supports very large sequences through
1494        a temporary file as a backend.
1495
1496      o Explicit Gene, Transcript and Exon SeqFeature objects, supporting
1497        CDS retrieval and exon shuffling.
1498
1499      o More parsers: Sim4, Genscan, MZEF, ESTScan, BPbl2seq, GFF
1500
1501      o Refactored Bio/DB/GenBank+GenPept. There is now also DB/SwissProt and
1502        DB/GDB (the latter has platform-specific limitations).
1503
1504      o New analysis parser framework for HT sequence annotation (see
1505        Bio::SeqAnalysisParserI and Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory)
1506
1507      o New Alignment IO framework
1508
1509      o New Index modules (Swissprot)
1510
1511      o New modules for running Blast within perl
1512        (Bio::Tools::Run::StandAloneBlast). Added modules for running
1513        Multiple Sequence Alignment tools ClustalW and TCoffee
1514        (Bio::Tools::Run::Alignment).
1515
1516      o New Cookbook-style tutorial (see bptutorial.pl). Improved
1517        documentation across the package.
1518
1519      o Much improved cross platform support. Many known incompatibilities
1520        have been fixed; however, NT and Mac do not work across the entire
1521        setup (see PLATFORMS).
1522
1523      o Many bug fixes, code restructuring, etc. Overall stability and
1524        maintainability benefit a lot.
1525
1526      o A total of 957 automatic tests
1527
1528
1529 0.6.2
1530
1531    There are very few functionality changes but a large
1532    number of software improvements/bug fixes across the package.
1533
1534    o The EMBL/GenBank parsing are improved.
1535
1536    o The Swissprot reading is improved. Swissprot writing
1537      is disabled as it doesn't work at all. This needs to
1538      wait for 0.7 release
1539
1540    o BLAST reports with no hits are correctly parsed.
1541
1542    o Several other bugs of the BLAST parser (regular expressions, ...)
1543      fixed.
1544
1545    o Old syntax calls have been replaced with more modern syntax
1546
1547    o Modules that did not work at all, in particular the Sim4
1548      set have been removed
1549
1550    o Bio::SeqFeature::Generic and Bio::SeqFeature::FeaturePair
1551      have improved compliance with interface specs and documentation
1552
1553    o Mailing list documentation updated throughout the distribution
1554
1555    o Most minor bug fixes have happened.
1556
1557    o The scripts in /examples now work and have the modern syntax
1558      rather than the deprecated syntax
1559
1560
1561 0.6.1  Sun April 2 2000
1562
1563    o Sequences can have Sequence Features attached to them
1564         - The sequence features can be read from or written to
1565           EMBL and GenBank style flat files
1566
1567    o Objects for Annotation, including References (but not
1568      full medline abstracts), Database links and Comments are
1569      provided
1570
1571    o A Species object to represent nodes on a taxonomy tree
1572      is provided
1573
1574    o The ability to parse HMMER and Sim4 output has been added
1575
1576    o The Blast parsing has been improved, with better PSI-BLAST
1577      support and better overall behaviour.
1578
1579    o Flat file indexed databases provide both random access
1580      and sequential access to their component sequences.
1581
1582    o A CodonTable object has been written with all known
1583      CodonTables accessible.
1584
1585    o A number of new lightweight analysis tools have been
1586      added, such as molecular weight determination.
1587
1588     The 0.6 release also has improved software engineering
1589
1590    o The sequence objects have been rewritten, providing more
1591      maintainable and easier to implement objects. These
1592      objects are backwardly compatible with the 0.05.1 objects
1593
1594    o Many objects are defined in terms of interfaces and then
1595      a Perl implementation has been provided. The interfaces
1596      are found in the 'I' files (module names ending in 'I').
1597
1598      This means that it is possible to wrap C/CORBA/SQL access
1599      as true "bioperl" objects, compatible with the rest of
1600      bioperl.
1601
1602    o The SeqIO system has been overhauled to provide better
1603      processing and perl-like automatic interpretation of <>
1604      over arguments.
1605
1606    o Many more tests have been added (a total of 172 automatic
1607      tests are now run before release).
1608
1609
1610
1611 0.05.1 Tue Jun 29 05:30:44 1999
1612         - Central distribution now requires Perl 5.004. This was
1613           done to get around 5.003-based problems in Bio/Index/*
1614           and SimpleAlign.
1615         - Various bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules
1616           including better exception handling and PSI-Blast
1617           support. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1618         - Fixed the Parse mechanism in Seq.pm to use readseq.
1619           Follow the instructions in README for how to install
1620           it (basically, you have to edit Parse.pm).
1621         - Improved documentation of Seq.pm, indicating where
1622           objects are returned and where strings are returned.
1623         - Fixed uninitialized warnings in Bio::Root::Object.pm
1624           and Bio::Tools::SeqPattern.pm.
1625         - Bug fixes for PR#s: 30,31,33-35,41,42,44,45,47-50,52.
1626
1627 0.05  Sun Apr 25 01:14:11 1999
1628         - Bio::Tools::Blast modules have less memory problems
1629           and faster parsing. Webblast uses LWP and supports
1630           more functionality. See Bio/Tools/Blast/CHANGES for more.
1631         - The Bio::SeqIO system has been started, moving the
1632           sequence reformatting code out of the sequence object
1633         - The Bio::Index:: system has been started, providing
1634           generic index capabilities and specifically works for
1635           Fasta formatted databases and EMBL .dat formatted
1636           databases
1637         - The Bio::DB:: system started, providing access to
1638           databases, both via flat file + index (see above) and
1639           via http to NCBI
1640         - The scripts/ directory, where industrial strength scripts
1641           are put has been started.
1642         - Many changes - a better distribution all round.
1643
1644 0.04.4  Wed Feb 17 02:20:13 1999
1645         - Bug fixes in the Bio::Tools::Blast modules and postclient.pl
1646           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1647         - Fixed a bug in Bio::Tools::Fasta::num_seqs().
1648         - Beefed up the t/Fasta.t test script.
1649         - Small fix in Bio::Seq::type() (now always returns a string).
1650         - Changed Bio::Root::Utilities::get_newline_char() to
1651           get_newline() since it could return more than one char.
1652         - Added $NEWLINE and $TIMEOUT_SECS to Bio::Root::Global.
1653         - Changed default timeout to 20 seconds (was 3).
1654         - Moved lengthy modification notes to the bottom of some files.
1655         - Fixed SimpleAlign write_fasta bug.
1656         - Beefed up SimpleAlign.t test
1657
1658 0.04.3  Thu Feb  4 07:48:53 1999
1659         - Bio::Root::Object.pm and Global.pm now detect when
1660           script is run as a CGI and suppress output that is only
1661           appropriate when running interactively.
1662         - Bio::Root::Err::_set_context() adds name of script ($0).
1663         - Added comments in Bio::Tools::WWW.pm and Bio::Root::Utilities.pm
1664           regarding the use of the static objects via the qw(:obj) tag.
1665         - Fixed the ambiguous reverse calls in Seq.pm and UnivAln.pm to
1666           CORE::reverse, avoiding Perl warnings.
1667         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules (version 0.074) and
1668           example scripts (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1669         - examples/seq/seqtools.pl no longer always warns about using
1670           -prot or -nucl command-line arguments; only when using the
1671           -debug argument.
1672         - Methods added to Bio::Root::Utilities: create_filehandle(),
1673           get_newline_char(), and taste_file() to generalize filehandle
1674           creation and autodetect newline characters in files/streams
1675           (see bug report #19).
1676         - Bio::Root::IOManager::read() now handles timeouts and uses
1677           Utilities::create_filehandle().
1678         - Bio::Tools::Fasta.pm uses Utilities::get_newline_char() instead
1679           of hardwiring in "\n".
1680         - Bug fixes in the Bio::SimpleAlign and Bio::Tools::pSW
1681
1682 0.04.2  Wed Dec 30 02:27:36 1998
1683         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.073
1684           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1685         - Changed reverse calls in Bio/Seq.pm and Bio/UnivAln.pm
1686           to CORE::reverse (prevents ambiguous warnings with 5.005).
1687         - Appending '.tmp.bioperl' to temporary files created by
1688           Bio::Root::Utilities::compress() or uncompress() to
1689           make it easy to identify & cleanup these files as needed.
1690         - Developers: Created CVS branch release-0-04-bug from
1691           release-0-04-1. Before making bug fixes to the 0.04.1 release,
1692           be sure to cvs checkout this branch into a clean area.
1693
1694 0.04.1  Wed Dec 16 05:39:15 1998
1695         - Bug fixes in Bio::Tools::Blast modules, version 0.072
1696           (see Bio::Tools::Blast::CHANGES).
1697         - Compile/SW/Makefile.PL now removes *.o and *.a files
1698           with make clean.
1699
1700 0.04  Tue Dec  8 07:49:19 1998
1701         - Lots of new modules added including:
1702            * Ewan Birney's Bio::SimpleAlign.pm, Bio::Tools::AlignFactory.pm,
1703              and Bio/Compile directory containing XS-linked C code for
1704              creating Smith-Waterman sequence alignments from within Perl.
1705            * Steve Chervitz's Blast distribution has been incorporated.
1706            * Georg Fuellen's Bio::UnivAln.pm for multiple alignment objects.
1707         - Bio/examples directory for demo scripts for all included modules.
1708         - Bio/t directory containing test suit for all included modules.
1709         - For changes specific to the Blast-related modules prior to
1710           incorporation in this central distribution, see the CHANGES
1711           file in the Bio/Tools/Blast directory.
1712
1713 0.01  Tue Sep  8 14:23:22 1998
1714         - original version from central CVS tree; created by h2xs 1.18