BUGS

   1 # $Id: BUGS,v 1.7 2006-11-16 10:51:50 sendu Exp $
   2
   3 Known Bugs
   4
   5 Bugs are tracked at this URL:
   6 https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
   7
   8 Bioperl 1.6 series
   9 =============
  10
  11 Though a stable release, some bugs and enhancements remain for this series
  12 that will be addressed in future point releases. For a full list please see:
  13
  14 https://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/
  15
  16 Bug     Summary (additional info)
  17
  18 2247    Have Bio::SearchIO::blast methods available for other BLAST parsers
  19         (enhancement request)
  20 2332    Software for analysis of redundant fragments of affys human mitochip v2
  21         (API hasn't stabilized, may appear in a 1.6 point release)
  22 2439    multiple results HTMLResultWriter.pm and non-redundant entries in SearchIO
  23         (partially implemented)
  24 2463    bp_seqconvert.pl & Bio::SeqIO code cleanup and user friendly interface
  25         (enhancement request)
  26 2476    "Undefined sub-sequence" when processing tblastx output
  27         (related to HSP tiling)
  28 2482    paml4 mlc file fails to parse
  29         (may require refactoring Bio::Tools::Phylo::PAML)
  30 2492    Method "pi" in package Bio::PopGen::Statistics
  31         (awaiting comment from Jason)
  32 2513    creating a Bio::SeqFeature::Annotation object downloads the entire so.obo
  33         (should allow local copies)
  34 2594    Bio::Species memory leak
  35         (fix implemented, but additional leaks likely remain)
  36 2673    original fields not inherited by seq objects in alignment slices
  37         (request for bequest/bequeath behavior for attribute carryover)
  38 2686    WU-BLAST XML support
  39         (partially implemented, but issues remain)
  40 2691    Bio::Microarray::Tools::ReseqChip depends on CPAN module Statistics::Frequency
  41         (related to bug 2332 above)
  42 2696    global verbosity does not propagate to new objects post-set
  43         (requires more specific implementation details)
  44 2700    Refactor Build.PL
  45         (some of the behind-the-scenes stuff is a little klunky)
  46 2702    Scripts recopied upon each call to './Build test'
  47         (minor bug)
  48 2703    Bio::Tools::GuessSeqFormat guesses SELEX as PHYLIP
  49         (minor bug that mistakes format)
  50 2707    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast does not quote shell metacharacters in
  51         filenames, but Bio::SearchIO::blast does
  52         (bug within StandAloneBlast)
  53 2715    LocatableSeq symbols are globally set
  54         (bug related to sequence symbol issues; rarely surfaces but needs addressing)
  55
  56
  57 Bioperl 1.5.2
  58 =============
  59
  60 There are no known installation bugs in 1.5.2 per se, but issues with
  61 external programs may cause problems. See the following URL for details:
  62 http://www.bioperl.org/wiki/Release_1.5.2#Notes
  63
  64
  65 Bioperl 1.2
  66 ===========
  67
  68  * The StandAloneBlast.t test is failing on cygwin installations (and
  69    nowhere else). We suspect something to do with temporary file
  70    opening. Fixed in 1.4 (set TMPDIR).
  71
  72
  73 Bioperl 0.9.0
  74 =============
  75
  76  * Bio::Tools::Blast continues to cause problems for some people.  As
  77    it is not actively maintained there are a slew of reported bugs for
  78    it that have not been fixed.
  79
  80  * Bio::Tools::Run::Alignment::TCoffee - t_coffee binary does not get
  81    all parameters it needs when aligning (two) two DNA sequences
  82    (jitterbug #966).
  83
  84  * Bio::Tools::Run::ClustalW and t/ClustalW will report errors for
  85    clustalw versions 1.8x due to a bug in clustalw.
  86
  87  * Bio::DB::GenBank continues to have intermittent errors.  Bio::DB::GDB
  88    is also unreliable at times and one can safely ignore errors from
  89    these during a make test.
  90    Bio::DB::GenBank is unable to download whole contig files as well
  91    as NCBI ref seqs like NT_* numbers unless the -format flag is
  92    passed in and specified as 'fasta' in the constructor.
  93    get_Stream_by_batch() also has intermittent errors which are being
  94    tracked down.
  95
  96
  97 Bioperl 0.7.2
  98 =============
  99
 100  * NCBI has changed some of the cgi scripts for retrieving sequences
 101    online which as resulted in some of the DB methods from not working
 102    consistently.  We are addressing these in the 0.9.x and 1.0 series
 103    of releases.  We recommend using the Bio::DB::EMBL object that is
 104    part of the later releases.
 105
 106    Additionally RefSeq Contigs are not properly downloaded, please see
 107    the bioperl list archives for information about potential
 108    workarounds and ongoing development effort to address these.
 109
 110
 111 Bioperl 0.7.1
 112 =============
 113
 114  * Bio::Tools::BPlite does not parse and set frame properly for
 115    tblastx reports (Jitterbug bug # 978).
 116
 117  * Bio::Tools::BPlite interface needs to be updated to fix parsing
 118    more than bl2seq report report (Jitterbug bug #940), this has been
 119    fixed on the main code trunk and will be part of the next major
 120    bioperl release.
 121
 122  * If File::Temp is not installed, tempdirs are not cleaned up
 123    properly.  This is fixed on main code trunk with the introduction
 124    of rmtree method in Bio::Root::IO, however, it is best to install
 125    File::Temp when running 0.7 branch code.
 126
 127  * Bio::Tools::Blast does not allow users to run blast, instead use
 128    Bio::Tools::Run::StandAloneBlast to run local blasts.  To submit
 129    jobs to a remote blast server like NCBI a module
 130    Bio::Tools::Run::RemoteBlast has been written but is part of the
 131    main trunk code and must be obtained through CVS until the next
 132    major bioperl release.
 133
 134
 135 Bioperl 0.7
 136 ===========
 137
 138  * Bio::Tools::BPlite doc error lists
 139    code synopsis code as
 140      my $parser = new BPlite(\*FH);
 141    should be
 142      my $parser = new Bio::Tools::BPlite(\*FH);
 143