t/SearchDist.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 3,
  11                            -requires_module => 'Bio::Ext::Align');
  12
  13         use_ok('Bio::SearchDist');
  14 }
  15
  16 my $dist = Bio::SearchDist->new();
  17
  18 isa_ok $dist, 'Bio::SearchDist';
  19
  20 my @scores;
  21 foreach my $i ( 1..5000 ) {
  22     my $score = rand(1300);
  23     #print STDERR "Got $score\n";
  24     $dist->add_score($score);
  25     push(@scores,$score);
  26 }
  27
  28 # this just checks that this routine runs ;)
  29 # as the distribution is not gaussian, it gives
  30 # non-sensical results
  31
  32 is $dist->fit_Gaussian(1200), 1;
  33
  34 # TODO? there are no useful tests here!