t/RemoteDB/SeqVersion.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(    #-tests => 10,
  11         -requires_modules => [qw(LWP::UserAgent HTML::TableExtract)]
  12     );
  13
  14     use_ok('Bio::DB::SeqVersion');
  15 }
  16
  17 my $DEBUG = $ENV{BIOPERLDEBUG} || 0;
  18
  19 ok my $query = Bio::DB::SeqVersion->new( -type => 'gi' );
  20
  21 SKIP: {
  22     test_skip( -tests => 8, -requires_networking => 1 );
  23
  24     throws_ok { $query->get_history('DODGY_ID_WHICH_SHOULD_FAIL') }
  25     qr/ID likely does not exist/i, 'throw on bad ID';
  26
  27     my $latest_gi = $query->get_recent(2);
  28     is($latest_gi, 2, 'get_recent');
  29     is($query->get_status(2), 'live');
  30
  31     my @all_gis = $query->get_all(2);
  32     cmp_ok(@all_gis, '>=', 8, 'get_all');
  33     is($query->get_status(2), 'live');
  34
  35     $latest_gi = $query->get_recent('A00002');
  36     is($latest_gi, 2, 'get_recent, string');
  37     is($query->get_status('A00002'), 'live');
  38
  39     $latest_gi = $query->get_recent(27478738);
  40     is($latest_gi, 42659163, 'get_recent, integer');
  41     is($query->get_status(27478738), 'suppressed');
  42
  43     # check that default type is "gi"
  44     ok $query = Bio::DB::SeqVersion->new();
  45     ok my $ref = $query->get_history(3245);
  46     is($ref->[0]->[0], 578167, 'get_history');
  47     is($query->get_status('3245'), 'suppressed');
  48 }
  49
  50 done_testing();