t/SeqFeature/SubSeq.t

   1 use strict;
   2
   3 BEGIN {
   4     use lib '.';
   5     use Bio::Root::Test;
   6
   7     test_begin(-tests => 37);
   8
   9     use_ok 'Bio::PrimarySeq';
  10     use_ok 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  11 }
  12
  13 my ($subseq, $subseq_seq, $subsubseq, $subsubseq_seq, $template);
  14
  15
  16 # Basic SubSeq object
  17
  18 $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new();
  19 isa_ok $subseq, 'Bio::SeqFeature::SubSeq';
  20 isa_ok $subseq, 'Bio::SeqFeature::Generic';
  21 is $subseq->length, undef;
  22
  23
  24 # SubSeq with explicit sequence (sequence string)
  25
  26 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  27     -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT',
  28 );
  29 is $subseq->length, 20;
  30 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  31 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  32 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  33
  34
  35 # SubSeq with explicit sequence (sequence object)
  36
  37 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  38     -seq => Bio::PrimarySeq->new( -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' ),
  39 );
  40 is $subseq->length, 20;
  41 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  42 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  43 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  44
  45
  46 # SubSeq with explicit sequence and coordinates
  47
  48 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  49     -seq    => Bio::PrimarySeq->new( -seq => 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' ),
  50     -start  => 11,
  51     -end    => 40,
  52     -strand => -1
  53 );
  54 is $subseq->length, 30;
  55 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  56 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  57 is $subseq_seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT';
  58
  59
  60 # Subseq with implicit sequence
  61
  62 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'ATCGATCGATCCCCCAAAAAGGGGGTTTTTAGCTAGCTAT');
  63
  64 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  65     -start  => 11,
  66     -end    => 30,
  67     -strand => -1
  68 );
  69 is $subseq->length, 20;
  70
  71 ok $template->add_SeqFeature($subseq);
  72 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  73 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  74 is $subseq_seq->seq, 'AAAAACCCCCTTTTTGGGGG';
  75
  76
  77 # Subseq with implicit sequence
  78
  79 $template = Bio::Seq->new( -seq => 'ATCGATCGATCCCCCAAAAAGGGGGTTTTTAGCTAGCTAT');
  80
  81 ok $subseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  82     -start    => 11,
  83     -end      => 30,
  84     -strand   => -1,
  85     -template => $template,
  86 );
  87 is $subseq->length, 20;
  88 ok $subseq_seq = $subseq->seq;
  89 isa_ok $subseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
  90 is $subseq_seq->seq, 'AAAAACCCCCTTTTTGGGGG';
  91
  92
  93 # Sub SubSeq
  94
  95 ok $subsubseq = Bio::SeqFeature::SubSeq->new(
  96     -start    => 11,
  97     -end      => 15,
  98     -strand   => 1,
  99     -template => $subseq,
 100 );
 101 is $subsubseq->length, 5;
 102 ok $subsubseq_seq = $subsubseq->seq;
 103 isa_ok $subsubseq_seq, 'Bio::PrimarySeq';
 104 is $subsubseq_seq->seq, 'CCCCC';
 105
 106
 107 # One-liner
 108
 109 is( Bio::SeqFeature::SubSeq->new(-start=>11,-end=>30,-strand=>1,-template=>$template)->seq->seq, 'CCCCCAAAAAGGGGGTTTTT' );