Merge pull request #254 from bioperl/hyphaltip-bug253-patch-1
[bioperl-live.git] / t / AlignIO / psi.t
blob91402401c573996e7dcbd69e8dd0b7e820bd175b
1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2 # $Id: psi.t 14971 2008-10-28 16:08:52Z cjfields $
4 use strict;
6 BEGIN {
7         use lib '.';
8     use Bio::Root::Test;
9     
10     test_begin(-tests => 5);
11         
12         use_ok('Bio::AlignIO::psi');
15 my $DEBUG = test_debug();
17 my ($str,$aln,$strout,$status);
19 # PSI format  
20 $str  = Bio::AlignIO->new(
21     '-file'     => test_input_file("testaln.psi"),
22     '-format'   => 'psi');
23 isa_ok($str,'Bio::AlignIO');
24 $aln = $str->next_aln();
25 isa_ok($aln,'Bio::Align::AlignI');
26 is($aln->get_seq_by_pos(1)->get_nse, 'QUERY/1-798');
27 is($aln->num_sequences, 56);