t/RemoteDB/GDB.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8         use Bio::Root::Test;
   9
  10         test_begin(-tests => 12,
  11                            -requires_modules => [qw(LWP::UserAgent
  12                                                                             HTML::Parser
  13                                                                                 HTTP::Request::Common)],
  14                            -requires_networking => 1);
  15
  16     use_ok('Bio::DB::GDB');
  17 }
  18
  19 my $verbose = test_debug();
  20
  21 my ($gdb, $marker, $info);
  22 # get a single seq
  23
  24 SKIP: {
  25     $marker = 'D1S234';
  26
  27     $gdb = Bio::DB::GDB->new(-verbose=>$verbose);
  28
  29     eval {
  30         $info = $gdb->get_info(-type=>'marker',
  31                       -id  => $marker);
  32     };
  33
  34     if( $@ || ! defined $info) {
  35         skip("Warning: Couldn't connect to GDB website!  Skipping all other tests",11);
  36     }
  37
  38     ok $gdb;
  39     ok $info;
  40     is $info->{gdbid}, 'GDB:188296', 'info was ' . $info->{gdbid};
  41     is $info->{primers}->[0], 'GCCCAGGAGGTTGAGG', 'info was ' . $info->{primers}->[0];
  42     is $info->{primers}->[1], 'AAGGCAGGCTTGAATTACAG', 'info was ' . $info->{primers}->[1];
  43     is $info->{'length'}, 226, 'info was '. $info->{'length'};
  44
  45     $marker = 'UT497';
  46     $info = undef;
  47     eval {
  48         $info = $gdb->get_info(-type=>'marker',
  49                          -id  => $marker);
  50     };
  51     if( $@ || ! defined $info) {
  52         skip("Warning: Couldn't connect to GDB website! Skipping all other tests",5);
  53     }
  54     ok $info;
  55     is $info->{gdbid}, 'GDB:198271', 'info was ' . $info->{gdbid};
  56     is $info->{primers}->[0], 'GGGTGACAGAACAAGACCT', 'info was ' . $info->{primers}->[0];
  57     is $info->{primers}->[1], 'ACCCATTAGCCTTGAACTGA', 'info was ' . $info->{primers}->[1];
  58     is $info->{'length'}, 155, 'info was '. $info->{'length'};
  59 }