t/lasergene.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 12);
  11
  12         use_ok('Bio::SeqIO');
  13 }
  14
  15 my $verbose = test_debug();
  16
  17 #
  18 # Positive tests
  19 #
  20
  21 my $io = Bio::SeqIO->new(
  22   -format => 'lasergene',
  23   -verbose => $verbose,
  24   -file => test_input_file('test.lasergene')
  25 );
  26
  27 ok($io);
  28
  29 my $seq;
  30
  31 ok($seq = $io->next_seq);
  32 is($seq->length, 12*3);
  33 is($seq->subseq(1,12), 'ATCGATCGATCG');
  34
  35 ok($seq = $io->next_seq);
  36 is($seq->length, 200);
  37
  38 ok($seq = $io->next_seq);
  39 is($seq->length, 70*5+12);
  40
  41 ok(not defined $io->next_seq);
  42
  43 #
  44 # Negative tests
  45 #
  46
  47 $io = Bio::SeqIO->new(
  48   -format => 'lasergene',
  49   -verbose => $verbose,
  50   -file => test_input_file('test.fasta') # not lasergene!
  51 );
  52
  53 ok($io);
  54
  55 eval {
  56   $io->next_seq;
  57 };
  58 like($@, qr/unexpected end of file/i);