t/Sim4.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use lib 't/lib';
   7     use BioperlTest;
   8
   9     test_begin(-tests => 129);
  10
  11         use_ok('Bio::Tools::Sim4::Results');
  12         use_ok('Bio::SearchIO');
  13 }
  14
  15 my $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.rev'), -estisfirst=>0);
  16 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  17
  18
  19 my $exonset = $sim4->next_exonset;
  20 my @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  21
  22 is (scalar(@exons), 10);
  23
  24 my $exon = 1;
  25 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'HSHNCPA1';
  26 like($exons[$exon]->seq_id(), qr/human/);
  27 is $exons[$exon]->strand(), -1;
  28 is $exons[$exon]->start(), 1048;
  29 is $exons[$exon]->end(), 1117;
  30 is $exons[$exon]->score, 93;
  31 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 1198;
  32
  33
  34 $sim4 = Bio::Tools::Sim4::Results->new(-file=> test_input_file('sim4.for.for'), -estisfirst=>0);
  35 ok ( $sim4, 'new Sim4 results instance') ;
  36
  37 $exonset = $sim4->next_exonset;
  38 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  39
  40 is (scalar(@exons), 4);
  41
  42 $exon = 1;
  43 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  44 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  45 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  46 is $exons[$exon]->start(), 1377;
  47 is $exons[$exon]->end(), 1500;
  48 is $exons[$exon]->score, 99;
  49 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;
  50
  51 ok($sim4->next_exonset);
  52 @exons = $exonset->sub_SeqFeature();
  53
  54 is $exons[$exon]->est_hit()->seq_id(), 'hs_est';
  55 is $exons[$exon]->seq_id(), 'human';
  56 is $exons[$exon]->strand(), 1;
  57 is $exons[$exon]->est_hit->start(), 120;
  58 is $exons[$exon]->est_hit->end(), 243;
  59 is $exons[$exon]->score, 99;
  60 is $exons[$exon]->est_hit()->seqlength(), 479;
  61
  62
  63 # new SearchIO parser for Sim4
  64
  65 # parse align format 0
  66 my $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
  67                                -file   => test_input_file('crypto.sim4-0')
  68                                );
  69 my $r = $parser->next_result;
  70 is ($r->query_name, 'cn416');
  71 is ($r->query_length, 630);
  72
  73 my $hit = $r->next_hit;
  74 is ($hit->name, 'Contig147');
  75 is ($hit->description, 'Contig147.fa');
  76 is ($hit->length, 1086);
  77
  78 my $hsp = $hit->next_hsp;
  79 is ($hsp->query->start, 36);
  80 is ($hsp->query->end, 132);
  81 is ($hsp->query->strand, 1);
  82 is ($hsp->hit->start, 191);
  83 is ($hsp->hit->end, 286);
  84 is ($hsp->hit->strand, 1);
  85
  86 $hsp = $hit->next_hsp;
  87 is ($hsp->query->start, 133);
  88 is ($hsp->query->end, 191);
  89 is ($hsp->query->strand, 1);
  90 is ($hsp->hit->start, 343);
  91 is ($hsp->hit->end, 401);
  92 is ($hsp->hit->strand, 1);
  93
  94 # parse align format 3
  95 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
  96                             -file   => test_input_file('crypto.sim4-3')
  97                             );
  98 $r = $parser->next_result;
  99 is ($r->query_name, 'cn416');
 100 is ($r->query_length, 630);
 101 $hit = $r->next_hit;
 102 is ($hit->name, 'Contig147');
 103 is ($hit->description, 'Contig147.fa');
 104 is ($hit->length, 1086);
 105
 106 $hsp = $hit->next_hsp;
 107 is ($hsp->query->start, 36);
 108 is ($hsp->query->end, 132);
 109 is ($hsp->query->strand, 1);
 110 is ($hsp->hit->start, 191);
 111 is ($hsp->hit->end, 286);
 112 is ($hsp->hit->strand, 1);
 113
 114 $hsp = $hit->next_hsp;
 115 is ($hsp->query->start, 133);
 116 is ($hsp->query->end, 191);
 117 is ($hsp->query->strand, 1);
 118 is ($hsp->hit->start, 343);
 119 is ($hsp->hit->end, 401);
 120 is ($hsp->hit->strand, 1);
 121
 122 # parse align format 4
 123 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 124                             -file   => test_input_file('crypto.sim4-4')
 125                             );
 126 $r = $parser->next_result;
 127 is ($r->query_name, 'cn416');
 128 is ($r->query_length, 630);
 129
 130 $hit = $r->next_hit;
 131 is ($hit->name, 'Contig147');
 132 is ($hit->length, 1086);
 133
 134 $hsp = $hit->next_hsp;
 135 is ($hsp->query->start, 36);
 136 is ($hsp->query->end, 132);
 137 is ($hsp->query->strand, 1);
 138 is ($hsp->hit->start, 191);
 139 is ($hsp->hit->end, 286);
 140 is ($hsp->hit->strand, 1);
 141
 142 $hsp = $hit->next_hsp;
 143 is ($hsp->query->start, 133);
 144 is ($hsp->query->end, 191);
 145 is ($hsp->query->strand, 1);
 146 is ($hsp->hit->start, 343);
 147 is ($hsp->hit->end, 401);
 148 is ($hsp->hit->strand, 1);
 149
 150
 151 # do the other sim4 files
 152 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 153                             -file   => test_input_file('sim4.rev')
 154                             );
 155 $r = $parser->next_result;
 156 is ($r->query_name, '/nfs/disk21/birney/prog/wise2/example/human.rev');
 157 is ($r->query_length, 5368);
 158 $hit = $r->next_hit;
 159 is ($hit->name, 'HSHNCPA1');
 160 is ($hit->description, 'temp.cdna');
 161 is ($hit->length, 1198);
 162
 163 $hsp = $hit->next_hsp;
 164 is ($hsp->query->start, 486);
 165 is ($hsp->query->end, 503);
 166 is ($hsp->query->strand, 1);
 167 is ($hsp->hit->start, 10);
 168 is ($hsp->hit->end, 27);
 169 is ($hsp->hit->strand, -1);
 170
 171 $hsp = $hit->next_hsp;
 172 is ($hsp->query->start, 1048);
 173 is ($hsp->query->end, 1117);
 174 is ($hsp->query->strand, 1);
 175 is ($hsp->hit->start, 194);
 176 is ($hsp->hit->end, 265);
 177 is ($hsp->hit->strand, -1);
 178
 179 # do the other sim4 files fwd
 180 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 181                             -file   => test_input_file('sim4.for.for')
 182                             );
 183 $r = $parser->next_result;
 184 is ($r->query_name, 'human.genomic');
 185 is ($r->query_length, 5368);
 186 $hit = $r->next_hit;
 187 is ($hit->name, 'hs_est');
 188 is ($hit->description, 'est.for');
 189 is ($hit->length, 479);
 190
 191 $hsp = $hit->next_hsp;
 192 is ($hsp->query->start, 695);
 193 is ($hsp->query->end, 813);
 194 is ($hsp->query->strand, 1);
 195 is ($hsp->hit->start, 1);
 196 is ($hsp->hit->end, 119);
 197 is ($hsp->hit->strand, 1);
 198
 199 $hsp = $hit->next_hsp;
 200 is ($hsp->query->start, 1377);
 201 is ($hsp->query->end, 1500);
 202 is ($hsp->query->strand, 1);
 203 is ($hsp->hit->start, 120);
 204 is ($hsp->hit->end, 243);
 205 is ($hsp->hit->strand, 1);
 206
 207 # do the other sim4 files fwd rev
 208 $parser = Bio::SearchIO->new(-format => 'sim4',
 209                             -file   => test_input_file('sim4.for.rev')
 210                             );
 211 $r = $parser->next_result;
 212 is ($r->query_name, 'human.genomic');
 213 is ($r->query_length, 5368);
 214 $hit = $r->next_hit;
 215 is ($hit->name, 'REVCOMP');
 216 is ($hit->description, 'hn_est.rev');
 217 is ($hit->length, 479);
 218
 219 $hsp = $hit->next_hsp;
 220 is ($hsp->query->start, 695);
 221 is ($hsp->query->end, 813);
 222 is ($hsp->query->strand, 1);
 223 is ($hsp->hit->start, 1);
 224 is ($hsp->hit->end, 119);
 225 is ($hsp->hit->strand, -1);
 226
 227 $hsp = $hit->next_hsp;
 228 is ($hsp->query->start, 1377);
 229 is ($hsp->query->end, 1500);
 230 is ($hsp->query->strand, 1);
 231 is ($hsp->hit->start, 120);
 232 is ($hsp->hit->end, 243);
 233 is ($hsp->hit->strand, -1);