t/RestrictionAnalysis.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     use lib 't/lib';
   9     use BioperlTest;
  10
  11     test_begin(-tests => 172);
  12
  13     use_ok('Bio::Restriction::Enzyme');
  14     use_ok('Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut');
  15     use_ok('Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite');
  16     use_ok('Bio::Restriction::EnzymeCollection');
  17     use_ok('Bio::Restriction::Analysis');
  18     use_ok('Bio::SeqIO');
  19 }
  20
  21 #
  22 # Bio::Restriction::Enzyme
  23 #
  24
  25 my ($re, $seq, $iso, %meth, $microbe, $source, @vendors, @refs, $name);
  26 ok $re=Bio::Restriction::Enzyme->new(-enzyme=>'EcoRI', -site=>'G^AATTC');
  27 isa_ok($re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
  28 is $re->cut, 1;
  29 ok ! $re->cut(0);
  30 is $re->complementary_cut, 6;
  31 ok $re->cut(1);
  32
  33 is $re->complementary_cut,5;
  34 is $re->site,'G^AATTC';
  35 ok $seq = $re->seq;
  36 isa_ok($seq, 'Bio::PrimarySeqI');
  37 is $seq->seq, 'GAATTC';
  38 is $re->string,'GAATTC';
  39 is $re->revcom, 'GAATTC';
  40 is $re->recognition_length, 6;
  41 is $re->cutter, 6;
  42 is $re->palindromic, 1;
  43 is $re->overhang, "5'";
  44 is $re->overhang_seq, 'AATT';
  45 is $re->is_ambiguous, 0;
  46
  47 ok $re->compatible_ends($re);
  48
  49 ok $re->isoschizomers('BamHI', 'AvaI'); # not really true :)
  50
  51 is my @isos=$re->isoschizomers, 2;
  52 is $isos[0],'BamHI';
  53 ok $re->purge_isoschizomers;
  54 is scalar($re->isoschizomers), 0;
  55 ok $re->methylation_sites(2,5); # not really true :)
  56 ok %meth = $re->methylation_sites;
  57 is $meth{2}, 5;
  58 ok $re->purge_methylation_sites;
  59 is scalar($re->methylation_sites), 0;
  60
  61
  62 ok $re->microbe('E. coli');
  63 ok $microbe = $re->microbe;
  64 is $microbe, "E. coli";
  65 ok $re->source("Rob"); # not really true :)
  66
  67 ok $source = $re->source;
  68 is $source, "Rob";
  69
  70 ok !$re->vendor;
  71 ok $re->vendors('NEB'); # my favorite
  72 ok @vendors = $re->vendors;
  73 is $vendors[0], "NEB";
  74 $re->purge_vendors;
  75 is scalar($re->vendors), 0;
  76
  77 ok $re->references('Rob et al');
  78 ok @refs = $re->references;
  79 is $refs[0], "Rob et al";
  80 $re->purge_references;
  81 is scalar($re->references), 0;
  82
  83 ok $re->name('BamHI');
  84 ok $name = $re->name;
  85 is $name, "BamHI";
  86
  87 is $re->is_prototype, 0;
  88 ok $re->is_prototype(1);
  89 is $re->is_prototype, 1;
  90
  91 is $re->prototype_name, $re->name;
  92 ok ! $re->is_prototype(0);
  93 is $re->prototype_name('XxxI'), 'XxxI';
  94 is $re->prototype_name, 'XxxI';
  95
  96
  97 is $re->cutter, 6;
  98 ok $re->seq->seq('RCATGY');
  99 is $re->cutter, 5;
 100
 101 ok my $re2 = $re->clone;
 102 isnt $re, $re2;
 103 is $re->name, $re2->name;
 104
 105 ok $re = Bio::Restriction::Enzyme->new(-enzyme=>'AciI',
 106                                                                                 -site=>'C^CGC');
 107 is $re->palindromic, 0;
 108 is $re->is_palindromic, 0;
 109
 110 #
 111 # Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite
 112 #
 113
 114 ok $re=Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite->new(-enzyme=>'TaqII',
 115                                               -site=>'GACCGA',
 116                                               -cut=>17,
 117                                               -complementary_cut=>15
 118                                              );
 119 ok $re2=Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite->new(-enzyme=>'TaqII',
 120                                                 -site=>'CACCCA',
 121                                                 -cut=>17,
 122                                                 -complementary_cut=>15
 123                                                );
 124 isa_ok( $re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 125 isa_ok( $re2, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 126 ok $re->others($re2);
 127 ok $re2->others($re);
 128
 129 is $re->others, 1;
 130 is $re2->others, 1;
 131
 132 ok my $re3 = $re->clone;
 133 isnt $re, $re3;
 134 is $re->name , $re3->name; # wouldn't this be a circular reference???
 135 #print Dumper $re, $re3;exit;
 136
 137 #
 138 # Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut
 139 #
 140 #Hin4I has four cut sites [(8/13)GAYNNNNNVTC(13/8)],
 141
 142 ok $re = Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut->new(-enzyme=>'Hin4I',
 143                                               -site=>'GAYNNNNNVTC',
 144                                               -cut=>-8,
 145                                               -complementary_cut=>-13
 146                                              );
 147 ok $re2 = Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut->new(-enzyme=>'Hin4I',
 148                                                -site=>'GAYNNNNNVTC',
 149                                                -cut=>13,
 150                                                -complementary_cut=>8
 151                                               );
 152 isa_ok($re, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 153 isa_ok($re2, 'Bio::Restriction::EnzymeI');
 154 ok $re->others($re2);
 155 ok $re2->others($re);
 156
 157 ok $re3 = $re->clone;
 158 isnt $re, $re3;
 159 is $re->name, $re3->name;
 160 #print Dumper $re, $re3;exit;
 161
 162 #
 163 # Bio::Restriction::EnzymeCollection
 164 #
 165
 166 my ($collection, $enz, $new_set);
 167
 168 ok $collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty=>1);
 169 is $collection->each_enzyme, 0;
 170 # default set
 171 $collection = Bio::Restriction::EnzymeCollection->new;
 172 is $collection->each_enzyme, 532;
 173 is $collection->each_enzyme, 532;
 174
 175 ok $enz = $collection->get_enzyme('AclI');
 176 isa_ok($enz, 'Bio::Restriction::Enzyme');
 177 is my @enzymes=$collection->available_list, 532;
 178
 179 ok $new_set = $collection->blunt_enzymes;
 180 isa_ok($enz, 'Bio::Restriction::Enzyme');
 181 is $new_set->each_enzyme, 114;
 182
 183 #map {print $_->name, ": ", $_->cutter, "\n"; } $collection->each_enzyme;
 184
 185 ok $new_set = $collection->cutters(8);
 186 is $new_set->each_enzyme, 17;
 187
 188 ok $new_set=$collection->cutters(-start => 8, -end => 8);
 189 is $new_set->each_enzyme, 17;
 190
 191 ok $new_set=$collection->cutters(-start => 6, -end => 8);
 192 is $new_set->each_enzyme, 293;
 193
 194 ok $new_set=$collection->cutters(-start => 6, -end => 8,  -exclusive => 1);
 195 is $new_set->each_enzyme, 10;
 196
 197
 198 #
 199 # Restriction::Analysis
 200 #
 201
 202
 203 ok my $seqio=Bio::SeqIO->new(-file=>test_input_file('dna1.fa'),
 204                          -format=>'fasta');
 205 ok $seq=$seqio->next_seq;
 206
 207 ok my $ra = Bio::Restriction::Analysis->new(-seq=>$seq);
 208 ok my $uniq = $ra->unique_cutters;
 209
 210 # test most objects
 211 is $ra->unique_cutters->each_enzyme, 42, 'number of unique cutters';
 212 is $ra->fragments('RsaI'), 2, 'number of RsaI fragments';
 213 is $ra->max_cuts, 9, 'number of maximum cutters';
 214 is $ra->zero_cutters->each_enzyme, 477, 'number of zero cutters';
 215 is $ra->cutters->each_enzyme, 55, 'number of cutters';
 216 is $ra->cutters(3)->each_enzyme, 8, 'number of 3x cutters';
 217 is $ra->fragments('MseI'), 4, '4 MseI fragments';
 218 is $ra->cuts_by_enzyme('MseI'), 3, '3 MseI cut sites';
 219
 220 #my $z = $ra->cutters(3);
 221 #my $out=Bio::Restriction::IO->new;
 222 #$out->write($z);
 223
 224
 225 is $ra->fragments('PspEI'), 2, 'expected 2 PspEI fragments';
 226 is $ra->cuts_by_enzyme('PspEI'), 1;
 227 is $ra->cuts_by_enzyme('XxxI'), undef;
 228
 229
 230 is my @ss = $ra->sizes('PspEI'), 2, 'expected 2 sizes for PspEI';
 231 is $ss[0] + $ss[1], $seq->length;
 232
 233 is $ra->fragments('MwoI'), 1, 'not circular expected 1 fragments for MwoI as it doesnt cut';
 234
 235 # circularise the sequence, regenerate the cuts and test again
 236 # note that there is one less fragment now!
 237 ok $seq->is_circular(1);
 238
 239 # we need to regenerate all the cuts
 240 ok $ra->cut;
 241
 242 is $ra->fragments('RsaI'), 1, 'number of RsaI fragments';
 243 is $ra->fragments('MseI'), 3, '3 circular MseI fragments';
 244 is $ra->cuts_by_enzyme('MseI'), 3, '3 circular MseI cut sites';
 245 is $ra->fragments('AciI'), 1, 'number for AciI a non-palindromic enzyme';
 246
 247 is $ra->fragments('MwoI'), 1, '1 fragment for MwoI as it cuts across the circ point';
 248
 249 ok my @rb=($collection->get_enzyme("AluI"), $collection->get_enzyme("MseI"), $collection->get_enzyme("MaeIII"));
 250
 251 # test multiple digests
 252 ok my $rbc=Bio::Restriction::EnzymeCollection->new(-empty=>1);
 253 ok $rbc->enzymes(@rb);
 254 ok $ra->cut('multiple', $rbc);
 255 is $ra->fragments('multiple_digest'),7, '7 fragments in the multiple digest';
 256 is my @pos=$ra->positions('multiple_digest'),7, '7 positions in the multiple digest';
 257 is my @ssm = $ra->sizes('multiple_digest'),7, '7 sizes in the multiple digest';
 258 my $check_len;
 259 map {$check_len+=$_}@ssm;
 260 is $check_len, $seq->length;
 261
 262 # now test the non-palindromic part
 263 # HindI is a non palindromic enzyme that cuts 9 times
 264 is $ra->positions('HindI'), 9, ' expected 9 cuts for HindI';
 265
 266 # now we need to test the fragment maps
 267 # lets do this for HindI
 268 is my @fm=$ra->fragment_maps('HindI'), 9, 'expect 9 fragment maps for HindI';
 269 foreach my $fm (@fm) {
 270  is exists $fm->{'seq'}, 1, "sequence for ".$fm->{'seq'};
 271  is exists $fm->{'start'}, 1, "start at ".$fm->{'start'};
 272  is exists $fm->{'end'}, 1, "end at ".$fm->{'end'};
 273 }
 274
 275 # bug 2139
 276
 277 eval {$re = Bio::Restriction::Enzyme->new(
 278         -name    => 'Invalid',
 279         -site    => 'G^AATTE' );};
 280
 281 ok $@;
 282 like($@, qr(Unrecognized characters in site), 'bug 2139');