t/Ontology.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 52,
  11                            -requires_module => 'Graph');
  12
  13         use_ok('Bio::OntologyIO');
  14         use_ok('Bio::Ontology::RelationshipType');
  15 }
  16
  17 my $IS_A    = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "IS_A" );
  18 my $PART_OF = Bio::Ontology::RelationshipType->get_instance( "PART_OF" );
  19
  20 my $parser = Bio::OntologyIO->new(
  21                       -format    => "soflat",
  22                       -file      => test_input_file('sofa.ontology'));
  23
  24 my $ont = $parser->next_ontology();
  25 ok ($ont);
  26 is ($ont->name, "Sequence Feature Ontology");
  27
  28 my @roots = $ont->get_root_terms();
  29 is (scalar(@roots), 1);
  30 is ($roots[0]->name(), "Sequence_Feature_Ontology");
  31 is ($roots[0]->identifier(), "SO:0000000");
  32
  33 my @terms = $ont->get_child_terms($roots[0]);
  34 is (scalar(@terms), 1);
  35 is ($terms[0]->name(), "sofa");
  36 @terms = $ont->get_child_terms($terms[0]);
  37 is (scalar(@terms), 1);
  38 is ($terms[0]->name(), "feature");
  39 my $featterm = $terms[0];
  40 @terms = $ont->get_child_terms($featterm);
  41 is (scalar(@terms), 10);
  42
  43 # oligonucleotide has two parents, see whether this is handled
  44 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  45 my ($term) = grep { $_->name() eq "oligonucleotide"; } @terms;
  46 ok $term;
  47 #TODO: {
  48 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  49         is($term->identifier(), "SO:0000696");
  50 #}
  51
  52 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
  53 is (scalar(@terms), 7);
  54 is (scalar(grep { $_->name() eq "remark"; } @terms), 1);
  55 is (scalar(grep { $_->name() eq "reagent"; } @terms), 1);
  56
  57 # processed_transcript has part-of and is-a children
  58 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  59 ($term) = grep { $_->name() eq "processed_transcript"; } @terms;
  60 ok $term;
  61
  62 #TODO: {
  63 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  64         is($term->identifier(), "SO:0000233");
  65 #}
  66
  67 @terms = $ont->get_child_terms($term);
  68 is (scalar(@terms), 4);
  69 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF);
  70 is (scalar(@terms), 2);
  71 @terms = $ont->get_child_terms($term, $IS_A);
  72 is (scalar(@terms), 2);
  73 @terms = $ont->get_child_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
  74 is (scalar(@terms), 4);
  75
  76 # now all descendants:
  77 @terms = $ont->get_descendant_terms($term);
  78 is (scalar(@terms), 13);
  79 @terms = $ont->get_descendant_terms($term, $PART_OF);
  80 is (scalar(@terms), 2);
  81 @terms = $ont->get_descendant_terms($term, $IS_A);
  82 is (scalar(@terms), 5);
  83 @terms = $ont->get_descendant_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
  84 is (scalar(@terms), 13);
  85
  86 # TF_binding_site has 2 parents and different relationships in the two
  87 # paths up (although the relationships to its two parents are of the
  88 # same type, namely is-a)
  89 @terms = $ont->get_descendant_terms($featterm);
  90 ($term) = grep { $_->name() eq "TF_binding_site"; } @terms;
  91 ok $term;
  92
  93 #TODO: {
  94 #       local $TODO = '$term->identifier()';
  95         is($term->identifier(), "SO:0000235");
  96 #}
  97
  98 @terms = $ont->get_parent_terms($term);
  99 is (scalar(@terms), 2);
 100 my ($pterm) = grep { $_->name eq "regulatory_region"; } @terms;
 101 ok $pterm;
 102 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF);
 103 is (scalar(@terms), 0);
 104 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $IS_A);
 105 is (scalar(@terms), 2);
 106 @terms = $ont->get_parent_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
 107 is (scalar(@terms), 2);
 108
 109 # now all ancestors:
 110 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term);
 111 is (scalar(@terms), 6);
 112 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term, $PART_OF);
 113 is (scalar(@terms), 0);
 114 @terms = $ont->get_ancestor_terms($pterm, $PART_OF);
 115 is (scalar(@terms), 1);
 116 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term, $IS_A);
 117 is (scalar(@terms), 5);
 118 @terms = $ont->get_ancestor_terms($pterm, $IS_A);
 119 is (scalar(@terms), 0);
 120 @terms = $ont->get_ancestor_terms($term, $PART_OF, $IS_A);
 121 is (scalar(@terms), 6);
 122
 123 # pull out all relationships
 124 my @rels = $ont->get_relationships();
 125 my @relset = grep { $_->object_term->name eq "sofa"; } @rels;
 126 is (scalar(@relset), 1);
 127 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "sofa"; } @rels;
 128 is (scalar(@relset), 1);
 129 @relset = grep { $_->object_term->name eq "feature"; } @rels;
 130 is (scalar(@relset), 10);
 131 @relset = grep { $_->subject_term->name eq "feature"; } @rels;
 132 is (scalar(@relset), 1);
 133 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 134 is (scalar(@relset), 4);
 135 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A" } @relset;
 136 is (scalar(@relset), 2);
 137
 138 # relationships for a specific term only
 139 ($term) = $ont->find_terms(-identifier => "SO:0000233");
 140 ok ($term);
 141 is ($term->identifier, "SO:0000233");
 142 is ($term->name, "processed_transcript");
 143 @rels = $ont->get_relationships($term);
 144 is (scalar(@rels), 5);
 145 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
 146 is (scalar(@relset), 3);
 147 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "SO:0000233"; } @rels;
 148 is (scalar(@relset), 4);