t/Mutator.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't/lib';
   8     use BioperlTest;
   9
  10     test_begin(-tests => 24,
  11                            -requires_module => 'IO::String');
  12
  13         use_ok('Bio::LiveSeq::Mutator');
  14         use_ok('Bio::LiveSeq::IO::BioPerl');
  15         use_ok('Bio::Variation::IO');
  16 }
  17
  18 $a = Bio::LiveSeq::Mutator->new();
  19 ok $a;
  20
  21 is $a->numbering, 'coding';
  22 ok $a->numbering('coding 1');
  23 is $a->numbering, 'coding 1';
  24
  25 my $mt = Bio::LiveSeq::Mutation->new();
  26 ok $mt->seq('g');
  27 $mt->pos(100);
  28 ok ($a->add_Mutation($mt));
  29 my @each = $a->each_Mutation;
  30 is( (scalar @each), 1 );
  31 my $mt_b = pop @each;
  32 is($mt_b->seq, 'g');
  33 my $filename=test_input_file('ar.embl');
  34 my $loader=Bio::LiveSeq::IO::BioPerl->load('-file' => "$filename");
  35 my $gene_name='AR'; # was G6PD
  36
  37 my $gene=$loader->gene2liveseq('-gene_name' => $gene_name);
  38 ok($gene);
  39 ok $a->gene($gene);
  40
  41 my $results = $a->change_gene();
  42 ok($results);
  43
  44 # bug 1701 - mutations on intron/exon boundaries where codon is split
  45
  46 $loader = Bio::LiveSeq::IO::BioPerl->load( -db   => 'EMBL',
  47                                 -file => test_input_file('ssp160.embl.1')
  48                         );
  49 # move across intron/exon boundaries, check expected mutations
  50 my @positions = (3128..3129,3188..3189);
  51 my @bases = (qw(C C T T));
  52 my @expected = (qw(T683T T684P T684I T684T));
  53 my $ct = 0;
  54
  55 for my $pos (@positions) {
  56     # reset gene
  57     my $gene = $loader->gene2liveseq( -gene_name => 'ssp160');
  58     my $mutation = Bio::LiveSeq::Mutation->new( -seq => $bases[$ct],
  59                                                 -pos => $pos,
  60                           );
  61     my $mutate = Bio::LiveSeq::Mutator->new( -gene      => $gene,
  62                                              -numbering => 'entry',
  63                            );
  64
  65     $mutate->add_Mutation( $mutation );
  66
  67     my $results = $mutate->change_gene();
  68
  69     ok(defined($results));
  70     is($expected[$ct], $results->trivname);
  71     $ct++;
  72 }
  73
  74 my $s;
  75 my $io = IO::String->new($s);
  76 my $out = Bio::Variation::IO->new('-fh'   => $io,
  77                   '-format' => 'flat'
  78                   );
  79 ok($out->write($results));
  80 ok ($s=~/DNA/ && $s=~/RNA/ && $s=~/AA/);