bug 1825
[bioperl-live.git] / t / FootPrinter.t
blob1db56c17781a67c31302b72c06fda56d46976314
1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
2 # $Id$
4 use strict;
6 BEGIN {
7     use lib 't/lib';
8         use BioperlTest;
9         
10         test_begin(-tests => 27);
11         
12         use_ok('Bio::Tools::FootPrinter');
15 my $inputfilename= test_input_file('footprinter.out');
16 my $parser = Bio::Tools::FootPrinter->new(-file => $inputfilename);
17 my @sub;
18 my @species = qw(TETRAODON CHICKEN MOUSE HAMSTER HUMAN PIG);
19 while (my $feat = $parser->next_feature){
20     is($feat->seq_id, shift @species);
21     foreach my $sub ($feat->sub_SeqFeature){
22       push @sub,$sub;
23     }
26 is $sub[0]->seq_id, 'TETRAODON-motif1';
27 is $sub[0]->start,352;
28 is $sub[0]->end,362;
29 is $sub[0]->seq->seq,'tacaggatgca';
30 is $sub[1]->seq_id, 'TETRAODON-motif2';
31 is $sub[1]->start,363;
32 is $sub[1]->end,373;
33 is $sub[1]->seq->seq,'ccatatttgga';
35 is $sub[2]->seq_id, 'CHICKEN-motif1';
36 is $sub[2]->start,363;
37 is $sub[2]->end,373;
38 is $sub[2]->seq->seq,'cacaggatgta';
40 is $sub[3]->seq_id, 'CHICKEN-motif2';
41 is $sub[3]->start,376;
42 is $sub[3]->end,386;
43 is $sub[3]->seq->seq,'ccatataagga';
45 is $sub[4]->seq_id, 'MOUSE-motif1';
46 is $sub[4]->start,234;
47 is $sub[4]->end,243;
48 is $sub[4]->seq->seq,'cacaggatgt';