t/Correlate.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     use lib 't/lib';
   7         use BioperlTest;
   8
   9         test_begin(-tests => 17);
  10
  11     use_ok('Bio::Phenotype::Correlate');
  12     use_ok('Bio::Species');
  13 }
  14
  15 my $mouse = Bio::Species->new();
  16
  17 $mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
  18
  19 my $co = Bio::Phenotype::Correlate->new( -name        => "4(Tas1r3)",
  20                                          -description => "mouse correlate of human phenotype MIM 605865",
  21                                          -species     => $mouse,
  22                                          -type        => "homolog",
  23                                          -comment     => "type=homolog is putative" );
  24
  25 isa_ok($co, "Bio::Phenotype::Correlate" );
  26
  27 ok( $co->to_string() );
  28
  29 is( $co->name(), "4(Tas1r3)" );
  30 is( $co->description(), "mouse correlate of human phenotype MIM 605865" );
  31 is( $co->species()->binomial(), "Mus musculus" );
  32 is( $co->type(), "homolog" );
  33 is( $co->comment(), "type=homolog is putative" );
  34
  35 $co->init();
  36
  37 is( $co->name(), "" );
  38 is( $co->description(), "" );
  39 is( $co->type(), "" );
  40 is( $co->comment(), "" );
  41
  42 is( $co->name( "A" ), "A" );
  43 is( $co->description( "B" ), "B" );
  44 is( $co->type( "C" ), "C" );
  45 is( $co->comment( "D" ), "D" );