t/SeqIO/pln.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7         use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9
  10     test_begin(-tests => 4,
  11                            -requires_module => 'Bio::SeqIO::staden::read');
  12
  13     use_ok('Bio::SeqIO::pln');
  14 }
  15
  16 my $verbose = test_debug();
  17
  18 my $io = Bio::SeqIO->new(-format => 'pln',
  19                          -verbose => $verbose,
  20                          -file => test_input_file('test.pln'));
  21 ok(my $seq = $io->next_seq);
  22 isa_ok($seq, 'Bio::Seq::Quality');
  23 is($seq->seq, "GATGATTCCGGCTTCGGACGACTCTAGAGGATCCCCATTTTTATAGTTTTTATCTTGTAATAGATGTTTAGATTTTTCGTTGTAATTATTTTCTTTATTGTTGAAATTAGTATCTCTGGGTAATTTATCATATTCTCTGGAAAATGATTTACTATCACTAGATACTTCATAAGATTTATAATCTTTATTATGAAAATCATCTCTATTTTTCAAATTATTATTATATCTATCAAAGTTTCTGTCTTCATTATATCTATTAGCATATCTATCTTTATCTTTATCCCTATCACTATATCTATCATATGGTTCATCTTGTTCAACCGATCAGACTCGATTCGCCATCGCCTCTAACGGATGGCCGCTCCCCCTCTCATACCTCGCTCCCCTCGACATCCCCCGTCTCGCCACCCTATCCGCCCCCTTCATCACCCCCCCTTATCCACACCCTCACCCCCCGCATCGCGCACCCACGACCACCCGAAGAACCGCCCTTACTCCCAAGTACGCCCCGACCTCCATCACCCTATGCGGTACCACTCCCACCACACCCAGTCCTACTTTCGCCCGCACATCGGCCCCGCTTCAGACAGCTCCCAACTACGCAACCCACGCTTGTTCTTGTTCACACTCGAATACTCGAATCTCTCATTACTCCGCGGACTCCGCCGCACCTGTGCACCATTAACTGTGTAGCGCCTGAACCGGCACCTCTGATTACCACTTCCTCCACCAGCACAGTCCTATTACCGCATGTCGCTCTGCTAAGACAGTGCAAGACTCTGCGGTCGCTCTGACCCGCATCCGCCAGGGCACCTCTCACCCTCGCTGGCCACCCCGCCCCCCTCTCCCTGCCCCTTCATTCCCCCAAACCGCTTTCAACGGGACACACCCCTCCGCGGCGGACCACAACTCGCCGTCGGCCACCACTCACACCTTCCCTCCTCCTTCCCCCACATCACGCCAACCCCGTGGGACGGCTCTCCCGCGGCTACGACGCGCAACCCCCCCTCGCCGCTTCCCCCCCAACTTCCCACGGGCTCCCCTCCGCCCCTTACCCGCGAGGAGCTTCACCCGCGAACCACCTCCCCCCTTTCCCAACAGCACCG");