t/SeqIO/SeqBuilder.t

   1 # -*-Perl-*- Test Harness script for Bioperl
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib '.';
   8     use Bio::Root::Test;
   9     test_begin(-tests => 137);
  10     use_ok('Bio::SeqIO');
  11 }
  12
  13 my $verbosity = test_debug;
  14
  15 my ($seqio, $seq); # predeclare variables for strict
  16
  17 # default mode
  18 ok $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  19                             '-format' => 'GenBank');
  20 $seqio->verbose($verbosity);
  21
  22 my $numseqs = 0;
  23 my @loci = qw(U63596 U63595 M37762 NT_010368 L26462);
  24 my @numfeas = (3,1,6,3,26);
  25
  26 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  27     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  28     ok $seq->annotation->get_Annotations;
  29     is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  30     ok $seq->species->binomial;
  31     ok $seq->seq;
  32     ok $seq->desc;
  33     ok $seq->id;
  34 }
  35 is $numseqs, 5;
  36
  37 # minimalistic mode
  38 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  39                          '-format' => 'GenBank');
  40 ok $seqio;
  41 $seqio->verbose($verbosity);
  42 ok my $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
  43 isa_ok $seqbuilder, "Bio::Factory::ObjectBuilderI";
  44 $seqbuilder->want_none;
  45 $seqbuilder->add_wanted_slot('display_id','accession_number','desc');
  46
  47 $numseqs = 0;
  48
  49 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  50     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  51     is scalar(grep { ! ($_->tagname eq "keyword" ||
  52                         $_->tagname eq "date_changed" ||
  53                         $_->tagname eq "secondary_accession"); }
  54                $seq->annotation->get_Annotations), 0;
  55     if ($numseqs <= 3) {
  56         is scalar($seq->top_SeqFeatures), 0;
  57     }
  58     else {
  59         is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  60     }
  61     is $seq->species, undef;
  62     is $seq->seq, undef;
  63     ok $seq->desc;
  64     ok $seq->id;
  65     # switch on features for the last 2 seqs
  66     $seqbuilder->add_wanted_slot('features') if $numseqs == 3;
  67 }
  68 is $numseqs, 5;
  69
  70 # everything but no sequence, and no features
  71 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
  72                          '-format' => 'GenBank');
  73 ok $seqio;
  74 $seqio->verbose($verbosity);
  75 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
  76 # want-all is default
  77 $seqbuilder->add_unwanted_slot('seq','features');
  78
  79 $numseqs = 0;
  80
  81 while ($seq = $seqio->next_seq) {
  82     is $seq->accession_number, $loci[$numseqs++];
  83     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations);
  84     if ($numseqs <= 3) {
  85         is scalar($seq->top_SeqFeatures), 0;
  86     }
  87     else {
  88         is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$numseqs-1];
  89     }
  90     ok $seq->species->binomial;
  91     is $seq->seq, undef;
  92     ok $seq->desc;
  93     ok $seq->id;
  94     # switch on features for the last 2 seqs
  95     if ($numseqs == 3) {
  96         $seqbuilder->add_unwanted_slot(
  97             grep { $_ ne 'features'; } $seqbuilder->remove_unwanted_slots
  98         );
  99     }
 100 }
 101 is $numseqs, 5;
 102
 103 # skip sequences less than 100bp or accession like 'NT_*'
 104 $seqio = Bio::SeqIO->new('-file' => test_input_file('test.genbank'),
 105                          '-format' => 'GenBank');
 106 ok $seqio;
 107 $seqio->verbose($verbosity);
 108 $seqbuilder = $seqio->sequence_builder;
 109 # we could have as well combined the two conditions into one, but we want to
 110 # test the implicit AND here
 111 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 112     my $h = shift;
 113     return 0 if($h->{'-length'} < 100);
 114     return 1;
 115 });
 116 $seqbuilder->add_object_condition(sub {
 117     my $h = shift;
 118     return 0 if($h->{'-display_id'} =~ /^NT_/);
 119     return 1;
 120 });
 121
 122 $numseqs = 0;
 123 my $i = 0;
 124
 125 while ($seq = $seqio->next_seq) {
 126     $numseqs++;
 127     is $seq->accession_number, $loci[$i];
 128     ok scalar($seq->annotation->get_Annotations);
 129     is scalar($seq->top_SeqFeatures), $numfeas[$i];
 130     ok $seq->species->binomial;
 131     ok $seq->seq;
 132     ok $seq->desc;
 133     ok $seq->id;
 134     $i += 2;
 135 }
 136 is $numseqs, 3;