t/StructIO.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9
  10 BEGIN {
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test; };
  15     if( $@ ) {
  16         use lib 't';
  17     }
  18     use Test;
  19     plan tests => 9;
  20 }
  21 use Bio::Structure::Entry;
  22 use Bio::Structure::IO;
  23 use Bio::Root::IO;
  24 ok(1);
  25
  26 # testing PDB format
  27
  28 my $pdb_file = Bio::Root::IO->catfile("t","data","pdb1bpt.ent"); # BPTI
  29 my $structio = Bio::Structure::IO->new(-file => $pdb_file, -format => 'PDB');
  30 ok(1);
  31 my $struc = $structio->next_structure;
  32 ok(1);
  33 ok(ref($struc), "Bio::Structure::Entry");
  34
  35 # some basic checks, Structure objects are tested in Structure.t
  36 my ($chain) = $struc->chain;
  37 ok($struc->residue, 97);
  38 my ($atom) = $struc->get_atom_by_serial(367);
  39 ok($atom->id, "NZ");
  40 ok($struc->parent($atom)->id, "LYS-46");
  41 my ($ann) = $struc->annotation->get_Annotations("author");
  42 ok($ann->as_text, "Value: D.HOUSSET,A.WLODAWER,F.TAO,J.FUCHS,C.WOODWARD              ");
  43
  44 my $pseq = $struc->seqres;
  45 ok($pseq->subseq(1,20), "RPDFCLEPPYTGPCKARIIR");
  46