t/SeqUtils.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##$Id$
   4
   5 use strict;
   6
   7 BEGIN {
   8     # to handle systems with no installed Test module
   9     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  10     # as a fallback
  11     eval { require Test; };
  12     if( $@ ) {
  13         use lib 't';
  14     }
  15     use Test;
  16     plan tests => 18;
  17 }
  18
  19 use Bio::PrimarySeq;
  20 use Bio::SeqUtils;
  21 ok 1;
  22
  23 my ($seq, $util, $ascii, $ascii_aa, $ascii3);
  24
  25 #                     !    !
  26 $ascii =    'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ';
  27 $ascii_aa = 'ABCDEFGHIXKLMNXPQRSTUVWXYZ';
  28
  29 $ascii3 =
  30     'AlaAsxCysAspGluPheGlyHisIleXaaLysLeuMetAsnXaaProGlnArgSerThrSelValTrpXaaTyrGlx';
  31
  32 $seq = Bio::PrimarySeq->new('-seq'=> $ascii,
  33                                '-alphabet'=>'protein',
  34                                '-id'=>'test');
  35
  36 # one letter amino acid code to three letter code
  37 ok $util = new Bio::SeqUtils;
  38 ok $util->seq3($seq), $ascii3;
  39
  40 #using anonymous hash
  41 ok (Bio::SeqUtils->seq3($seq), $ascii3);
  42 ok (Bio::SeqUtils->seq3($seq, undef, ','),
  43     'Ala,Asx,Cys,Asp,Glu,Phe,Gly,His,Ile,Xaa,Lys,'.
  44     'Leu,Met,Asn,Xaa,Pro,Gln,Arg,Ser,Thr,Sel,Val,Trp,Xaa,Tyr,Glx');
  45
  46 $seq->seq('asd-KJJK-');
  47 ok (Bio::SeqUtils->seq3($seq, '-', ':'),
  48     'Ala:Ser:Asp:Ter:Lys:Xaa:Xaa:Lys:Ter');
  49
  50 # three letter amino acid code to one letter code
  51 ok (Bio::SeqUtils->seq3in($seq, 'AlaPYHCysAspGlu')),
  52 ok  $seq->seq, 'AXCDE';
  53 ok (Bio::SeqUtils->seq3in($seq, $ascii3)->seq, $ascii_aa);
  54 #ok ();
  55
  56 #
  57 # Tests for multiframe translations
  58 #
  59
  60 $seq = Bio::PrimarySeq->new('-seq'=> 'agctgctgatcggattgtgatggctggatggcttgggatgctgg',
  61                             '-alphabet'=>'dna',
  62                             '-id'=>'test2');
  63
  64 my @a = $util->translate_3frames($seq);
  65 ok scalar @a, 3;
  66 #foreach $a (@a) {
  67 #    print 'ID: ', $a->id, ' ', $a->seq, "\n";
  68 #}
  69
  70 @a = $util->translate_6frames($seq);
  71 ok scalar @a, 6;
  72 #foreach $a (@a) {
  73 #    print 'ID: ', $a->id, ' ', $a->seq, "\n";
  74 #}
  75
  76 #
  77 # test for valid AA return
  78 #
  79
  80 my @valid_aa = sort Bio::SeqUtils->valid_aa;
  81 ok(@valid_aa, 25);
  82 ok ($valid_aa[1], 'A');
  83
  84 @valid_aa = sort Bio::SeqUtils->valid_aa(1);
  85 ok(@valid_aa, 25);
  86 ok ($valid_aa[1], 'Arg');
  87
  88 my %valid_aa = Bio::SeqUtils->valid_aa(2);
  89 ok keys %valid_aa, 50;
  90 ok($valid_aa{'C'}, 'Cys');
  91 ok( $valid_aa{'Cys'}, 'C');
  92