t/RepeatMasker.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 6;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::RepeatMasker;
  17 use Bio::SeqIO;
  18
  19 END {
  20     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  21         skip("RepeatMasker program not found. Skipping. (Be sure you have the phrap package )",1);
  22     }
  23 }
  24
  25
  26 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile("t","data","repeatmasker.fa.out");
  27 my $parser = Bio::Tools::RepeatMasker->new(-file => $inputfilename);
  28 my @rpt;
  29 while (my $rpt = $parser->next_result){
  30     push @rpt, $rpt;
  31 }
  32 ok ($rpt[0]->feature1->start, 1337);
  33 ok ($rpt[0]->feature1->end, 1407);
  34 ok ($rpt[0]->feature1->strand, 1);
  35 ok ($rpt[0]->feature1->primary_tag, "Simple_repeat");
  36 ok ($rpt[0]->feature1->source_tag, "RepeatMasker");
  37 ok ($rpt[0]->feature2->seq_id, "(TTAGGG)n");
  38
  39
  40
  41
  42
  43