t/Range.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18     plan tests => 32;
  19 }
  20
  21 use Bio::Range;
  22
  23 ok(1);
  24
  25 my $range = Bio::Range->new(-start=>10,
  26                             -end=>20,
  27                             -strand=>1);
  28 ok(defined $range);
  29 ok( $range->strand, 1);
  30
  31 my $range2 = Bio::Range->new(-start=>15,
  32                              -end=>25,
  33                              -strand=>1);
  34
  35 ok(defined $range2);
  36 ok($range2->strand, 1);
  37
  38 my $r = Bio::Range->new();
  39 ok($r->strand(0), 0);
  40 ok($r->start(27), 27);
  41 ok($r->end(28), 28);
  42
  43 ok(! defined $r->intersection($range2));
  44
  45 $r = $range->union($range2);
  46 ok($r->start, 10);
  47 ok($r->end, 25);
  48
  49 $r = $range->intersection($range2);
  50 ok($r->start, 15);
  51 ok($r->end, 20);
  52
  53 ok !($range->contains($range2));
  54 ok !($range2->contains($range));
  55 ok ($range->overlaps($range2));
  56 ok ($range2->overlaps($range));
  57
  58
  59
  60 # testing strand
  61
  62
  63 my $range3 = Bio::Range->new(-start=>15,
  64                              -end=>25,
  65                              -strand=>1);
  66
  67 my $range4 = Bio::Range->new(-start=>15,
  68                               -end=>25,
  69                               -strand=>-1);
  70
  71 my $range5 = Bio::Range->new(-start=>15,
  72                              -end=>25,
  73                              -strand=>0);
  74
  75 ok $range3->_ignore($range4);   # 1 & -1
  76 ok $range3->_weak($range3);     # 1 & 1 true
  77 ok $range3->_weak($range5);     # 1 & 0 true
  78 ok ! ($range3->_weak($range4)); # 1 & -1 false
  79 ok $range3->_strong($range3);     # 1 & 1 true
  80 ok ! ($range3->_strong($range5));     # 1 & 0 false
  81 ok ! ($range3->_strong($range4)); # 1 & -1 false
  82
  83
  84 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
  85 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
  86 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
  87 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
  88
  89 $range3->strand(0);
  90 ok  ( $range3->overlaps($range4,'weak'));
  91 ok  ( $range4->overlaps($range3,'weak'));
  92 ok ! ( $range3->overlaps($range4,'strong'));
  93 ok ! ( $range4->overlaps($range3,'strong'));
  94