t/OMIMentry.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4
   5 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   6 # `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'
   7
   8 use strict;
   9 BEGIN {
  10     # to handle systems with no installed Test module
  11     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  12     # as a fallback
  13     eval { require Test; };
  14     if( $@ ) {
  15         use lib 't';
  16     }
  17     use Test;
  18     plan tests => 145;
  19 }
  20
  21 use Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry;
  22 use Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry;
  23 use Bio::Species;
  24 use Bio::Annotation::Reference;
  25 use Bio::Map::CytoPosition;
  26 use Bio::Phenotype::Correlate;
  27 use Bio::Phenotype::Measure;
  28 use Bio::Annotation::DBLink;
  29
  30
  31 my $obj = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry->new();
  32
  33 ok( $obj->isa( "Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry" ) );
  34
  35 ok( $obj->to_string() );
  36
  37 ok( $obj->MIM_number( "100050" ) );
  38 ok( $obj->MIM_number(), "100050" );
  39
  40 ok( $obj->title( "AARSKOG SYNDROME" ) );
  41 ok( $obj->title(), "AARSKOG SYNDROME" );
  42
  43
  44 ok( $obj->more_than_two_genes( 1 ) );
  45 ok( $obj->more_than_two_genes(), 1 );
  46
  47 ok( $obj->is_separate( 1 ) );
  48 ok( $obj->is_separate(), 1 );
  49
  50 ok( $obj->alternative_titles_and_symbols( "AORTIC ANEURYSM, ABDOMINAL" ) );
  51 ok( $obj->alternative_titles_and_symbols(), "AORTIC ANEURYSM, ABDOMINAL" );
  52
  53 ok( $obj->mapping_method( "PCR of somatic cell hybrid DNA" ) );
  54 ok( $obj->mapping_method(), "PCR of somatic cell hybrid DNA" );
  55
  56 ok( $obj->gene_status( "I" ) );
  57 ok( $obj->gene_status(), "I" );
  58
  59
  60 ok( $obj->clinical_symptoms( "Patients with ..." ) );
  61 ok( $obj->clinical_symptoms(), "Patients with ..." );
  62
  63
  64 ok( $obj->created( "Victor A. McKusick: 6/4/1986" ) );
  65 ok( $obj->created(), "Victor A. McKusick: 6/4/1986" );
  66
  67 ok( $obj->contributors( "Kelly A. Przylepa - revised: 03/18/2002" ) );
  68 ok( $obj->contributors(), "Kelly A. Przylepa - revised: 03/18/2002" );
  69
  70 ok( $obj->edited( "alopez: 06/03/1997" ) );
  71 ok( $obj->edited(), "alopez: 06/03/1997" );
  72
  73
  74 my $mm = Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry->new();
  75
  76 ok( $obj->miniMIM( $mm ) );
  77 ok( $obj->miniMIM(), $mm );
  78
  79
  80
  81 my $av1 = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant->new();
  82 my $av2 = Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant->new();
  83
  84 ok( $av1->description( "dedxsc" ) );
  85
  86 ok( $obj->each_AllelicVariant(), 0 );
  87
  88 ok( $obj->add_AllelicVariants( ( $av1, $av2 ) ) );
  89 ok( $obj->each_AllelicVariant(), 2 );
  90 my @avs = $obj->each_AllelicVariant();
  91 ok( $avs[ 0 ], $av1 );
  92 ok( $avs[ 1 ], $av2 );
  93 ok( $avs[ 0 ]->description, "dedxsc" );
  94 ok( $obj->each_AllelicVariant(), 2 );
  95
  96 my @avs2 = $obj->remove_AllelicVariants();
  97 ok( $avs2[ 0 ], $av1 );
  98 ok( $avs2[ 1 ], $av2 );
  99
 100 ok( $obj->each_AllelicVariant(), 0 );
 101 ok( $obj->remove_AllelicVariants(), 0 );
 102
 103
 104
 105
 106
 107
 108 ok( $obj->name( "r1" ) );
 109 ok( $obj->name(), "r1" );
 110
 111 ok( $obj->description( "This is ..." ) );
 112 ok( $obj->description(), "This is ..." );
 113
 114 my $mouse = Bio::Species->new();
 115 $mouse->classification( qw( musculus Mus ) );
 116 ok( $obj->species( $mouse ) );
 117 ok( $obj->species()->binomial(), "Mus musculus" );
 118
 119 ok( $obj->comment( "putative" ) );
 120 ok( $obj->comment(), "putative" );
 121
 122
 123
 124 ok( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
 125
 126 ok( $obj->add_gene_symbols( ( "A", "B" ) ) );
 127 ok( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
 128 my @gs = $obj->each_gene_symbol();
 129 ok( $gs[ 0 ], "A" );
 130 ok( $gs[ 1 ], "B" );
 131 ok( $obj->each_gene_symbol(), 2 );
 132
 133 my @gs2 = $obj->remove_gene_symbols();
 134 ok( $gs2[ 0 ], "A" );
 135 ok( $gs2[ 1 ], "B" );
 136
 137 ok( $obj->each_gene_symbol(), 0 );
 138 ok( $obj->remove_gene_symbols(), 0 );
 139
 140
 141
 142 my $v1 = Bio::Variation::VariantI->new();
 143 my $v2 = Bio::Variation::VariantI->new();
 144
 145 $v1->length( "123" );
 146
 147 ok( $obj->each_Variant(), 0 );
 148
 149 ok( $obj->add_Variants( ( $v1, $v2 ) ) );
 150 ok( $obj->each_Variant(), 2 );
 151 my @vs = $obj->each_Variant();
 152 ok( $vs[ 0 ], $v1 );
 153 ok( $vs[ 1 ], $v2 );
 154 ok( $vs[ 0 ]->length(), "123" );
 155 ok( $obj->each_Variant(), 2 );
 156
 157 my @vs2 = $obj->remove_Variants();
 158 ok( $vs2[ 0 ], $v1 );
 159 ok( $vs2[ 1 ], $v2 );
 160
 161 ok( $obj->each_Variant(), 0 );
 162 ok( $obj->remove_Variants(), 0 );
 163
 164
 165
 166
 167 my $r1 = Bio::Annotation::Reference->new();
 168 my $r2 = Bio::Annotation::Reference->new();
 169
 170 $r1->title( "title" );
 171
 172 ok( $obj->each_Reference(), 0 );
 173
 174 ok( $obj->add_References( ( $r1, $r2 ) ) );
 175 ok( $obj->each_Reference(), 2 );
 176 my @rs = $obj->each_Reference();
 177 ok( $rs[ 0 ], $r1 );
 178 ok( $rs[ 1 ], $r2 );
 179 ok( $rs[ 0 ]->title(), "title" );
 180 ok( $obj->each_Reference(), 2 );
 181
 182 my @rs2 = $obj->remove_References();
 183 ok( $rs2[ 0 ], $r1 );
 184 ok( $rs2[ 1 ], $r2 );
 185
 186 ok( $obj->each_Reference(), 0 );
 187 ok( $obj->remove_References(), 0 );
 188
 189
 190
 191
 192 my $c1 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 193 my $c2 = Bio::Map::CytoPosition->new();
 194
 195 $c1->chr( "12" );
 196
 197 ok( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 198
 199 ok( $obj->add_CytoPositions( ( $c1, $c2 ) ) );
 200 ok( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 201 my @cs = $obj->each_CytoPosition();
 202 ok( $cs[ 0 ], $c1 );
 203 ok( $cs[ 1 ], $c2 );
 204 ok( $cs[ 0 ]->chr(), "12" );
 205 ok( $obj->each_CytoPosition(), 2 );
 206
 207 my @cs2 = $obj->remove_CytoPositions();
 208 ok( $cs2[ 0 ], $c1 );
 209 ok( $cs2[ 1 ], $c2 );
 210
 211 ok( $obj->each_CytoPosition(), 0 );
 212 ok( $obj->remove_CytoPositions(), 0 );
 213
 214
 215
 216
 217 my $co1 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 218 my $co2 = Bio::Phenotype::Correlate->new();
 219
 220 ok( $co1->name( "name" ) );
 221
 222 ok( $obj->each_Correlate(), 0 );
 223
 224 ok( $obj->add_Correlates( ( $co1, $co2 ) ) );
 225 ok( $obj->each_Correlate(), 2 );
 226 my @cos = $obj->each_Correlate();
 227 ok( $cos[ 0 ], $co1 );
 228 ok( $cos[ 1 ], $co2 );
 229 ok( $cos[ 0 ]->name, "name" );
 230 ok( $obj->each_Correlate(), 2 );
 231
 232 my @cos2 = $obj->remove_Correlates();
 233 ok( $cos2[ 0 ], $co1 );
 234 ok( $cos2[ 1 ], $co2 );
 235
 236 ok( $obj->each_Correlate(), 0 );
 237 ok( $obj->remove_Correlates(), 0 );
 238
 239
 240
 241
 242 my $m1 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 243 my $m2 = Bio::Phenotype::Measure->new();
 244
 245 ok( $m1->description( "desc" ) );
 246
 247 ok( $obj->each_Measure(), 0 );
 248
 249 ok( $obj->add_Measures( ( $m1, $m2 ) ) );
 250 ok( $obj->each_Measure(), 2 );
 251 my @ms = $obj->each_Measure();
 252 ok( $ms[ 0 ], $m1 );
 253 ok( $ms[ 1 ], $m2 );
 254 ok( $ms[ 0 ]->description, "desc" );
 255 ok( $obj->each_Measure(), 2 );
 256
 257 my @ms2 = $obj->remove_Measures();
 258 ok( $ms2[ 0 ], $m1 );
 259 ok( $ms2[ 1 ], $m2 );
 260
 261 ok( $obj->each_Measure(), 0 );
 262 ok( $obj->remove_Measures(), 0 );
 263
 264
 265
 266 ok( $obj->each_keyword(), 0 );
 267
 268 ok( $obj->add_keywords( ( "A", "B" ) ) );
 269 ok( $obj->each_keyword(), 2 );
 270 my @ks = $obj->each_keyword();
 271 ok( $ks[ 0 ], "A" );
 272 ok( $ks[ 1 ], "B" );
 273 ok( $obj->each_keyword(), 2 );
 274
 275 my @ks2 = $obj->remove_keywords();
 276 ok( $ks2[ 0 ], "A" );
 277 ok( $ks2[ 1 ], "B" );
 278
 279 ok( $obj->each_keyword(), 0 );
 280 ok( $obj->remove_keywords(), 0 );
 281
 282
 283
 284 my $l1 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 285 my $l2 = Bio::Annotation::DBLink->new();
 286
 287 ok( $l1->comment( "comment" ) );
 288
 289 ok( $obj->each_DBLink(), 0 );
 290
 291 ok( $obj->add_DBLinks( ( $l1, $l2 ) ) );
 292 ok( $obj->each_DBLink(), 2 );
 293 my @ls = $obj->each_DBLink();
 294 ok( $ls[ 0 ], $l1 );
 295 ok( $ls[ 1 ], $l2 );
 296 ok( $ls[ 0 ]->comment(), "comment" );
 297 ok( $obj->each_DBLink(), 2 );
 298
 299 my @ls2 = $obj->remove_DBLinks();
 300 ok( $ls2[ 0 ], $l1 );
 301 ok( $ls2[ 1 ], $l2 );
 302
 303 ok( $obj->each_DBLink(), 0 );
 304 ok( $obj->remove_DBLinks(), 0 );
 305
 306
 307
 308 ok( $obj->each_Genotype(), 0 );
 309
 310 ok( $obj->add_Genotypes( ( "A", "B" ) ) );
 311 ok( $obj->each_Genotype(), 2 );
 312 my @gts = $obj->each_Genotype();
 313 ok( $gts[ 0 ], "A" );
 314 ok( $gts[ 1 ], "B" );
 315 ok( $obj->each_Genotype(), 2 );
 316
 317 my @gts2 = $obj->remove_Genotypes();
 318 ok( $gts2[ 0 ], "A" );
 319 ok( $gts2[ 1 ], "B" );
 320
 321 ok( $obj->each_Genotype(), 0 );
 322 ok( $obj->remove_Genotypes(), 0 );
 323
 324
 325
 326
 327