t/Map.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ## $Id$
   4 #
   5
   6 use strict;
   7
   8 BEGIN {
   9     use vars qw($DEBUG);
  10     $DEBUG = $ENV{'BIOPERLDEBUG'};
  11     # to handle systems with no installed Test module
  12     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  13     # as a fallback
  14     eval { require Test; };
  15     if( $@ ) {
  16         use lib 't';
  17     }
  18     use Test;
  19     plan tests => 48;
  20 }
  21
  22 END {
  23 }
  24
  25 #
  26 # Let's test first the map class : Bio::Map::SimpleMap
  27 #
  28 use Data::Dumper;
  29 use Bio::Map::SimpleMap;
  30 ok 1;
  31
  32 ok my $map = new Bio::Map::SimpleMap(-name  => 'my');
  33 ok $map->type('cyto');
  34 ok $map->type, 'cyto';
  35 ok $map->units, '';
  36 ok $map->length, 0, "Length is ". $map->length;
  37 ok $map->name, 'my';
  38 ok $map->species('human'), 'human';
  39 ok $map->species, 'human';
  40 ok $map->unique_id, '1';
  41
  42
  43 #
  44 # Secondly, create Markers for the Map
  45 #
  46
  47 use Bio::Map::Marker;
  48 ok 1;
  49
  50 #
  51 # Four ways of adding a position:
  52 #
  53 # 1. position gets a map object and a value as arguments
  54
  55 ok my $marker1 = new Bio::Map::Marker();
  56 ok $marker1->name('gene1'), 'Unnamed marker' ;
  57 ok $marker1->name(), 'gene1';
  58
  59 ok $marker1->position($map, 100);
  60 ok $marker1->position->value, 100;
  61 ok $marker1->map, $map;
  62
  63
  64 #
  65 # Now that we have a Marker, let's
  66 #    make sure the basic Position class works
  67 #
  68
  69 use Bio::Map::Position;
  70 ok 1;
  71 ok my $pos = new Bio::Map::Position();
  72 ok $pos->map($map);
  73 ok $pos->map(), $map;
  74 ok $pos->marker($marker1);
  75 ok $pos->marker(), $marker1;
  76
  77 ok $pos->value('999');
  78 ok $pos->value(), '999';
  79 ok $pos->numeric, 999;
  80
  81 # ... and then continue testing the Marker
  82
  83 # 2. position is set in the constructor
  84 ok my $marker2 = new Bio::Map::Marker(-name => 'gene2',
  85                                       -position => [$map, 200]
  86                                       );
  87 ok ( $marker2->map, $map);
  88 ok ($marker2->position->value, 200);
  89
  90 # 3. marker is first added into map,
  91 #    then marker knows the the position belongs to
  92 ok my $marker3 = new Bio::Map::Marker(-name => 'gene3');
  93 ok $map->add_element($marker3);
  94 ok $marker3->map, $map;
  95 ok $marker3->position(300);
  96 ok $marker3->position->value, 300;
  97 ok my $position = $marker3->position($map);
  98
  99 # 4. A Position is explicitely created
 100 ok my $cpos = new Bio::Map::Position(-map => $map,
 101                                      -value => 500);
 102 ok $marker3->position($cpos);
 103 my $cpos2 = $marker3->position($cpos);
 104 ok $cpos2 eq $cpos;
 105 ok $marker3->position->value, 500;
 106
 107
 108 #
 109 # Next, what do markers know about Maps?
 110 #
 111
 112 ok (scalar ($marker3->known_maps), 1);
 113 ok $marker3->in_map(1);
 114 ok ! $marker3->in_map(2);
 115
 116
 117
 118 #
 119 # Lastly, let's test the comparison methods
 120 #
 121
 122 ok $marker1->equals($marker1);
 123 ok ! $marker1->equals($marker3);
 124 ok $marker1->less_than($marker3);
 125 ok ! $marker1->greater_than($marker3);
 126 ok ! $marker3->less_than($marker1);
 127 ok $marker3->greater_than($marker1);
 128