t/Index.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 use strict;
   5 BEGIN {
   6     eval { require Test; };
   7     use vars qw($NUMTESTS);
   8     $NUMTESTS = 32;
   9     if( $@ ) {
  10         use lib 't';
  11     }
  12     use Test;
  13     plan tests => $NUMTESTS;
  14 }
  15
  16 use Bio::Root::IO;
  17 use Bio::Index::Fasta;
  18 use Bio::Index::SwissPfam;
  19 use Bio::Index::EMBL;
  20 use Bio::Index::GenBank;
  21 use Bio::Index::Swissprot;
  22 use Bio::DB::InMemoryCache;
  23 use Bio::DB::GenPept;
  24 use Bio::DB::GenBank;
  25
  26 eval { require Bio::DB::FileCache };
  27
  28
  29 use vars qw ($dir);
  30
  31 ($Bio::Root::IO::FILESPECLOADED && File::Spec->can('cwd') && ($dir = File::Spec->cwd) ) ||
  32     ($dir = `pwd`) || ($dir = '.');
  33
  34 END {
  35     foreach ( $Test::ntest..$NUMTESTS) {
  36         skip('Bio::DB::FileCache not loaded because one or more of Storable, DB_File or File::Temp not installed',1);
  37     }
  38
  39     foreach my $root ( qw( Wibbl Wibbl2 Wibbl3 Wibbl4 Wibbl5
  40                            ) ) {
  41         if( -e "$root" ) { unlink $root;}
  42         if( -e "$root.pag") { unlink "$root.pag";}
  43         if( -e "$root.dir") { unlink "$root.dir";}
  44    }
  45  }
  46
  47 chomp( $dir );
  48 {
  49     my $ind = Bio::Index::Fasta->new(-filename => 'Wibbl',
  50                                      -write_flag => 1,
  51                                      -verbose => 0);
  52     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","multifa.seq"));
  53     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","seqs.fas"));
  54     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","multi_1.fa"));
  55 }
  56
  57 ok ( -e "Wibbl" || -e "Wibbl.pag" );
  58
  59 {
  60     my %t_seq = (
  61         HSEARLOBE               => 321,
  62         HSMETOO                 => 134,
  63         MMWHISK                 => 62,
  64         'gi|238775|bbs|65126'   => 70,
  65     );
  66
  67     my $ind = Bio::Index::Abstract->new(-FILENAME => 'Wibbl');
  68
  69     my $ok_3 = 1;
  70     while (my($name, $length) = each %t_seq) {
  71         my $seq = $ind->fetch($name);
  72         if( defined($seq) and $seq->isa('Bio::SeqI') ) {
  73             my $r_length = $seq->length;
  74             unless ($r_length == $length) {
  75                 warn "$name - retrieved length '$r_length' doesn't match known length '$length'\n";
  76                 $ok_3 = 0;
  77             }
  78         } else {
  79             warn "Didn't get sequence '$name' from index\n";
  80             $ok_3 = 0;
  81         }
  82     }
  83     ok $ok_3;
  84
  85     my $stream = $ind->get_PrimarySeq_stream();
  86     my $ok_4 = 1;
  87     while( my $seq2 = $stream->next_seq ) {
  88         unless ($seq2->isa('Bio::PrimarySeqI')) {
  89             $ok_4 = 0;
  90             last; # no point continuing...
  91         }
  92     }
  93     ok $ok_4;
  94 }
  95
  96 {
  97     my $ind = Bio::Index::SwissPfam->new(-filename=>'Wibbl2',
  98                                          -write_flag=>1);
  99     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","swisspfam.data"));
 100     ok ( -e "Wibbl2" || -e "Wibbl2.pag" );
 101 }
 102
 103 {
 104     my $ind = Bio::Index::EMBL->new(-filename=>'Wibbl3',
 105                                     -write_flag=>1);
 106     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","test.embl"));
 107     ok ( -e "Wibbl3" || -e "Wibbl3.pag" );
 108     ok $ind->fetch('AL031232')->length, 4870;
 109 }
 110
 111 {
 112     my $ind = Bio::Index::Swissprot->new(-filename=>'Wibbl4',
 113                                     -write_flag=>1);
 114     $ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","roa1.swiss"));
 115     ok ( -e "Wibbl4" || -e "Wibbl4.pag" );
 116     ok ($ind->fetch('P09651')->display_id(), 'ROA1_HUMAN');
 117 }
 118
 119 my $gb_ind;
 120 {
 121     $gb_ind = Bio::Index::GenBank->new(-filename=>'Wibbl5',
 122                                        -write_flag=>1,
 123                                        -verbose => 0);
 124     $gb_ind->make_index(Bio::Root::IO->catfile($dir,"t","data","roa1.genbank"));
 125     ok ( -e "Wibbl5" || -e "Wibbl5.pag" );
 126     my $seq =$gb_ind->fetch('AI129902');
 127     ok ($seq->length, 37);
 128     ok ($seq->species->binomial, 'Homo sapiens');
 129 }
 130
 131 my $cache = Bio::DB::InMemoryCache->new( -seqdb => $gb_ind );
 132
 133 ok ( $cache->get_Seq_by_id('AI129902') );
 134
 135 if (Bio::DB::FileCache->can('new')) {
 136
 137     $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 138                                      -keep  => 1,
 139                                      -file  => 'filecache.idx');
 140     my $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 141     ok ( $seq);
 142     ok ( $seq->length, 37);
 143     ok ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 144
 145     my ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 146     ok ( ($f1->each_tag_value('sex'))[0], 'female');
 147     ok ( ($f1->each_tag_value('lab_host'))[0], 'DH10B');
 148     my $species = $seq->species;
 149     ok( $species );
 150     ok( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 151     ok( $species->species(), 'sapiens');
 152     ok( $species->genus(), 'Homo');
 153     ok ($species->common_name(), 'human');
 154
 155     $cache = undef;
 156     $cache = Bio::DB::FileCache->new(-seqdb => $gb_ind,
 157                                      -keep  => 0,
 158                                      -file  => 'filecache.idx');
 159     $seq = $cache->get_Seq_by_id('AI129902');
 160     ok ( $seq);
 161     ok ( $seq->length, 37);
 162     ok ( lc($seq->seq()), 'ctccgcgccaactccccccaccccccccccacacccc');
 163
 164     ( $f1 ) = $seq->get_SeqFeatures();
 165     ok ( ($f1->each_tag_value('sex'))[0], 'female');
 166     ok ( ($f1->each_tag_value('lab_host'))[0], 'DH10B');
 167     $species = $seq->species;
 168     ok( $species );
 169     ok( $species->binomial, 'Homo sapiens');
 170     ok( $species->species(), 'sapiens');
 171     ok( $species->genus(), 'Homo');
 172     ok ($species->common_name(), 'human');
 173 } else {
 174   skip('Bio::DB::FileCache not loaded because one or more of Storable, DB_File or File::Temp not installed',1);
 175 }