t/FootPrinter.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3
   4
   5 use strict;
   6 BEGIN {
   7     eval { require Test; };
   8     if( $@ ) {
   9         use lib 't';
  10     }
  11     use Test;
  12     use vars qw($NTESTS);
  13     $NTESTS = 20;
  14     plan tests => $NTESTS;
  15 }
  16 use Bio::Tools::FootPrinter;
  17 use Bio::SeqIO;
  18
  19 END {
  20     for ( $Test::ntest..$NTESTS ) {
  21         skip("FootPrinter parserr failed.",1);
  22     }
  23 }
  24
  25
  26 my $inputfilename= Bio::Root::IO->catfile("t","data","footprinter.out");
  27 my $parser = Bio::Tools::FootPrinter->new(-file => $inputfilename);
  28 my @sub;
  29 while (my $feat = $parser->next_feature){
  30     foreach my $sub ($feat->sub_SeqFeature){
  31       push @sub,$sub;
  32     }
  33 }
  34 ok $sub[0]->seq_id, 'TETRAODON';
  35 ok $sub[0]->start,352;
  36 ok $sub[0]->end,362;
  37 ok $sub[0]->seq->seq,'tacaggatgca';
  38 ok $sub[1]->seq_id, 'TETRAODON';
  39 ok $sub[1]->start,363;
  40 ok $sub[1]->end,373;
  41 ok $sub[1]->seq->seq,'ccatatttgga';
  42
  43 ok $sub[2]->seq_id, 'CHICKEN';
  44 ok $sub[2]->start,363;
  45 ok $sub[2]->end,373;
  46 ok $sub[2]->seq->seq,'cacaggatgta';
  47
  48 ok $sub[3]->seq_id, 'CHICKEN';
  49 ok $sub[3]->start,376;
  50 ok $sub[3]->end,386;
  51 ok $sub[3]->seq->seq,'ccatataagga';
  52
  53 ok $sub[4]->seq_id, 'MOUSE';
  54 ok $sub[4]->start,234;
  55 ok $sub[4]->end,243;
  56 ok $sub[4]->seq->seq,'cacaggatgt';
  57
  58
  59
  60
  61
  62
  63
  64
  65
  66
  67
  68
  69