t/Biblio.t

   1 # This is -*-Perl-*- code
   2 ## Bioperl Test Harness Script for Modules
   3 ##
   4 # $Id$
   5
   6 # Before `make install' is performed this script should be runnable with
   7 # `make test'. After `make install' it should work as `perl Biblio.t'
   8
   9 use strict;
  10 use vars qw($NUMTESTS);
  11
  12 my $error;
  13
  14 BEGIN {
  15     # to handle systems with no installed Test module
  16     # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)
  17     # as a fallback
  18     eval { require Test; };
  19     $error = 0;
  20     if( $@ ) {
  21         use lib 't';
  22     }
  23     use Test;
  24     plan tests => 24;
  25 }
  26
  27 my $testnum;
  28 my $verbose = 0;
  29
  30 ## End of black magic.
  31 ##
  32 ## Insert additional test code below but remember to change
  33 ## the print "1..x\n" in the BEGIN block to reflect the
  34 ## total number of tests that will be run.
  35
  36 my $serror = 0; my $serror2 = 0;
  37 my $ferror = 0; my $ferror2 = 0;
  38 my $xerror = 0;
  39
  40 my $format = ($ENV{'TEST_DETAILS'} ? '%-25s' : '');
  41
  42 unless (eval "require SOAP::Lite; 1;") {
  43     print STDERR "SOAP::Lite not installed. Skipping some tests.\n";
  44     $serror = 1;
  45 }
  46
  47 unless (eval "require IO::String; 1;") {
  48     print STDERR "IO::String not installed. Skipping some tests.\n";
  49     $serror2 = 1;
  50 }
  51
  52 unless (eval "require XML::Parser; 1;") {
  53     print STDERR "XML::Parser not installed. Skipping some tests.\n";
  54     $xerror = 1;
  55 }
  56
  57 use Bio::Root::IO;
  58 my $testfile = Bio::Root::IO->catfile ('t','data','stress_test_medline.xml');
  59 unless (-e $testfile) {
  60     print STDERR "Cannot find testing data '$testfile'. Skipping some tests.\n";
  61     $ferror = 1;
  62 }
  63 my $testfile2 = Bio::Root::IO->catfile ('t','data','stress_test_pubmed.xml');
  64 unless (-e $testfile2) {
  65     print STDERR "Cannot find testing data '$testfile2'. Skipping some tests.\n";
  66     $ferror2 = 1;
  67 }
  68
  69
  70 # check 'use ...'
  71 eval { require Bio::Biblio };
  72 print sprintf ($format, 'use Bio::Biblio'); ok (%Bio::Biblio::);
  73 print $@ if $@;
  74
  75 # check 'new...'
  76 my $biblio;
  77 eval { $biblio = new Bio::Biblio (-location => 'http://localhost:4567'); };
  78 print sprintf ($format, "new Bio::Biblio "); skip ($serror, defined $biblio);
  79 #print $@ if $@;
  80
  81
  82 # check 'use ...IO...'
  83 eval { require Bio::Biblio::IO };
  84 print sprintf ($format, "use Bio::Biblio::IO "); ok (%Bio::Biblio::IO::);
  85
  86 my $io;
  87
  88 # check MEDLINE XML parser
  89 print sprintf ($format, "new Bio::Biblio::IO (1)");
  90 skip ($ferror || $xerror,
  91       defined (eval { $io = new Bio::Biblio::IO ('-format' => 'medlinexml',
  92                                                  '-file'   => $testfile,
  93                                                  '-result' => 'raw') }));
  94 print $@ if $@;
  95
  96 print "Reading and parsing MEDLINE XML file...\n";
  97 print sprintf ($format, "    citation 1 "); skip ($ferror || $xerror, eval { $io->next_bibref->{'medlineID'} }, 'Text1');
  98 print sprintf ($format, "    citation 2 "); skip ($ferror || $xerror, eval { $io->next_bibref->{'medlineID'} }, 'Text248');
  99 print sprintf ($format, "    citation 3 "); skip ($ferror || $xerror, eval { $io->next_bibref->{'medlineID'} }, 'Text495');
 100
 101 print "Getting citations using callback...\n";
 102 my (@ids) = ('Text1', 'Text248', 'Text495');
 103 my $callback_used = 'no';
 104 if ($ferror || $xerror) {
 105     foreach my $i (1..3) {
 106         print sprintf ($format, "    citation $i "); skip (1,1);
 107     }
 108 } else {
 109     $io = new Bio::Biblio::IO ('-format'   => 'medlinexml',
 110                                '-file'     => $testfile,
 111 #                              '-result'   => 'medline2ref',  # this is default
 112                                '-callback' => \&callback);
 113 }
 114 print sprintf ($format, "    calling callback "); skip ($ferror || $xerror, $callback_used, 'yes');
 115
 116 sub callback {
 117     my $citation = shift;
 118     $callback_used = 'yes';
 119     print sprintf ($format, '    citation ' . (@ids+0) . ' '); skip ($ferror, $citation->{'_identifier'}, shift @ids);
 120 }
 121
 122 print "Reading and parsing XML string...\n";
 123 if ($xerror) {
 124     print sprintf ($format, "    citation 1 "); skip (1, 1);
 125     print sprintf ($format, "    citation 2 "); skip (1, 1);
 126 } else {
 127     $io = new Bio::Biblio::IO ('-format'   => 'medlinexml',
 128                                '-data'     => <<XMLDATA,
 129 <MedlineCitationSet>
 130 <MedlineCitation>
 131 <MedlineID>12345678</MedlineID>
 132 <Article><Journal></Journal></Article>
 133 </MedlineCitation>
 134 <MedlineCitation>
 135 <MedlineID>abcdefgh</MedlineID>
 136 <Article><Journal></Journal></Article>
 137 </MedlineCitation>
 138 </MedlineCitationSet>
 139 XMLDATA
 140                                '-result'   => 'medline2ref',
 141                                );
 142     print sprintf ($format, "    citation 1 "); ok ($io->next_bibref->{'_identifier'}, '12345678');
 143     print sprintf ($format, "    citation 2 "); ok ($io->next_bibref->{'_identifier'}, 'abcdefgh');
 144 }
 145
 146 print "Reading and parsing XML string handle...\n";
 147 #use IO::String;
 148 if ($xerror || $serror2) {
 149     print sprintf ($format, "    citation 1 "); skip (1,1);
 150     print sprintf ($format, "    citation 2 "); skip (1,1);
 151 } else {
 152     my $data = <<XMLDATA;
 153 <MedlineCitationSet>
 154 <MedlineCitation>
 155 <MedlineID>87654321</MedlineID>
 156 <Article><Journal></Journal></Article>
 157 </MedlineCitation>
 158 <MedlineCitation>
 159 <MedlineID>hgfedcba</MedlineID>
 160 <Article><Journal></Journal></Article>
 161 </MedlineCitation>
 162 </MedlineCitationSet>
 163 XMLDATA
 164
 165     $io = new Bio::Biblio::IO ('-format' => 'medlinexml',
 166                                '-fh'     => IO::String->new ($data),
 167                                );
 168     print sprintf ($format, "    citation 1 "); ok (eval { $io->next_bibref->identifier }, '87654321');
 169     print sprintf ($format, "    citation 2 "); ok (eval { $io->next_bibref->identifier }, 'hgfedcba');
 170 }
 171
 172 # check PUBMED XML parser
 173 print sprintf ($format, "new Bio::Biblio::IO (2)");
 174 skip ($ferror2 || $xerror,
 175       defined (eval { $io = new Bio::Biblio::IO ('-format' => 'pubmedxml',
 176                                                  '-file'   => $testfile2,
 177                                                  '-result' => 'pubmed2ref') }));
 178 print "Reading and parsing PUBMED XML file...\n";
 179 if ($xerror) {
 180     foreach my $i (1..4) {
 181         print sprintf ($format, "    citation $i "); skip (1,"Can't read citation from PUBMED XML");
 182     }
 183 } else {
 184     print sprintf ($format, "    citation 1 "); skip ($ferror2, eval { $io->next_bibref->identifier }, '11223344');
 185     print sprintf ($format, "    citation 2 "); skip ($ferror2, eval { $io->next_bibref->identifier }, '21583752');
 186     print sprintf ($format, "    citation 3 "); skip ($ferror2, eval { $io->next_bibref->identifier }, '21465135');
 187     print sprintf ($format, "    citation 4 "); skip ($ferror2, eval { $io->next_bibref->identifier }, '21138228');
 188 }
 189
 190 # test for FH
 191 my $fh;
 192 my @expvals = qw(11223344 21583752 21465135 21138228);
 193 print "Testing FH\n";
 194 eval {
 195     $fh = Bio::Biblio::IO->newFh('-format' => 'pubmedxml',
 196                                   '-file'   => $testfile2,
 197                                   '-result' => 'pubmed2ref');
 198     while(<$fh>) {
 199         ok($_->identifier,shift @expvals);
 200     }
 201 };
 202 if( $@) {
 203     foreach ( 1..4 ) { skip(1,"unable to use pubmedxml"); }
 204 }
 205 __END__