t/08genbank.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib qw(. t);
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 21);
   8
   9         use_ok('DBTestHarness');
  10         use_ok('Bio::SeqIO');
  11         use_ok('Bio::DB::Persistent::BioNamespace');
  12 }
  13
  14 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  15 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  16 ok $db;
  17
  18 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank',
  19                             '-file' => test_input_file('parkin.gb'));
  20 my $seq = $seqio->next_seq();
  21 ok $seq;
  22 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  23 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  24 $pseq->store();
  25 ok $pseq->primary_key();
  26
  27 my $adp = $db->get_object_adaptor($seq);
  28 ok $adp;
  29
  30 my $seqfact = Bio::Seq::SeqFactory->new(-type => "Bio::Seq::RichSeq");
  31 ok $seqfact;
  32
  33 # try/finally block
  34 eval {
  35     my $dbseq = $adp->find_by_primary_key($pseq->primary_key, $seqfact);
  36     ok $dbseq;
  37
  38     is ($dbseq->display_id, $seq->display_id);
  39     is ($dbseq->accession_number, $seq->accession_number);
  40     is ($dbseq->namespace, $seq->namespace);
  41         is ($dbseq->version, $seq->version);
  42     is ($dbseq->seq_version, 1);
  43     is ($dbseq->seq_version, $seq->seq_version);
  44     is ($dbseq->version, 1);
  45     is ($dbseq->version, $seq->version);
  46 };
  47
  48 print STDERR $@ if $@;
  49
  50 # delete seq
  51 is ($pseq->remove(), 1);
  52 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  53 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  54 ok $ns->primary_key();
  55 is ($ns->remove(), 1);