Makefile.PL

   1 ## --Makefile.PL for Bioperl core module distribution--##
   2 ## ----------------------------------------------------##
   3 ## $Id$
   4 ##----------------------------------------------------
   5
   6 # This still works, but has been superceded by Build.PL
   7 # Please use Build.PL in preference
   8
   9 warn <<'WARN';
  10 !--
  11   Bioperl is transitioning from Makefile.PL-based installations to Build.PL
  12
  13   This Makefile.PL should still work fine, but please try Build.PL instead,
  14   especially if you run into any non-test-related problems:
  15
  16   perl Build.PL
  17   ./Build test
  18   ./Build install
  19
  20   If you're seeing this message whilst installing with CPAN, consider
  21   stopping this installation and changing your CPAN configuration before
  22   trying to install again:
  23
  24   cpan>install CPAN
  25   cpan>reload CPAN
  26   cpan>install Module::Build
  27   cpan>o conf prefer_installer MB
  28   cpan>o conf commit
  29   cpan>q
  30
  31   Otherwise, if you would like to install the optional dependencies,
  32   install Bundle::BioPerl v2.1.8 or greater
  33
  34 --!
  35
  36 WARN
  37
  38 for (1..5) {
  39   local $| = 1;
  40   print ". ";
  41   sleep(1);
  42 }
  43 print "\n";
  44
  45
  46 #
  47 # Start with object preamble and setup of variables that might need changing
  48 # in the future
  49 #
  50
  51 require 5.006_001;
  52 use strict;
  53 use warnings;
  54 use File::Spec::Functions;
  55 use ExtUtils::MakeMaker;
  56 use Cwd;
  57
  58 my $VERSION = 1.005002_100;
  59 $VERSION = eval $VERSION;
  60
  61 # All Bioperl dependencies on external modules are defined here
  62 # (these are mostly considered optional)
  63 my %packages = (
  64  'DBI'                                                          => '0.0/Database Access/basic functionality/Everything',
  65  'Bio::Root::Version'   => '1.005002/Bioperl/basic functionality/Everything',
  66 );
  67
  68 # We don't want CPAN, Bundle::BioPerl et al. to know about these for various
  69 # reasons (eg. because they would cause a circular dependency), so will exclude
  70 # them from PREREQ_PM later on
  71 my %exclude_from_prereqs = (
  72
  73 );
  74
  75 # These are really required and deserve a clearer warning
  76 my %required = (
  77         'Bio::Root::Version' => 1,
  78         'DBI' => 1
  79 );
  80
  81
  82 #
  83 # Main code
  84 #
  85
  86 # generate string for makefile that allows show_tests and make test_<testname>
  87 # to work
  88 opendir(DIR,"t") || die "No test directory. Cannot continue.";
  89 my @files = readdir(DIR);
  90 shift @files;
  91 shift @files;
  92 my ($tline, $tset);
  93 foreach my $file (@files) {
  94   $file =~ /(\w+)\.t/ || next;
  95   $file = $1;
  96   my $path = catfile('t', $file);
  97   my $line = "test_$file :: pure_all\n\tPERL_DL_NONLAZY=1 \$(FULLPERL) -I\$(INST_ARCHLIB) -I\$(INST_LIB) -I\$(PERL_ARCHLIB) -I\$(PERL_LIB) -e \'use Test::Harness qw(&runtests \$\$verbose); \$\$verbose=\$(TEST_VERBOSE); runtests \@ARGV;\' $path.t\n";
  98   $tline .= $line;
  99   $tset  .= " $file \\\n";
 100 }
 101 $tline = "show_tests :\n\t\@echo \'type make test_<subtest> to run\'\n\t\@echo '$tset'\n$tline\n";
 102 print STDERR "Generated sub tests. go make show_tests to see available subtests\n";
 103
 104 # we may end up creating extra files we would want to clean later; note them here
 105 my @should_be_cleaned;
 106
 107 # ask questions about optional stuff to install/test
 108
 109
 110 # notify about optional modules that haven't been installed, and generate hash
 111 # for prereqs needed later in WriteMakefile
 112 my %prereq;
 113 my $error = 0;
 114 print "\n*** Optional dependencies section ***\n";
 115 while (my ($name, $value) = each %packages) {
 116   my ($ver, $desc, $expl, $module) = split( /\// , $value);
 117         no strict 'refs';
 118   if (! eval "require $name;" || (${$name.'::VERSION'} || 0) < $ver) {
 119     my @modules = split(',', $module);
 120     my $modules = join("\n * ", @modules);
 121     print "External Module '$name' >= $ver ($desc) is not installed on this computer.\n The following Bioperl-run modules need it for $expl:\n * $modules\n";
 122     $error = 1;
 123
 124     if (exists $exclude_from_prereqs{$name}) {
 125       print "Additionally, it will not be considered a pre-requisite\n(and therefore will not be automatically installed by CPAN) because:\n $exclude_from_prereqs{$name}.\n\n";
 126     }
 127                 elsif (exists $required{$name}) {
 128                         print "Additionally, it is absolutely required and therefore most if not all tests will fail!\n\n";
 129                 }
 130     else {
 131       print "\n";
 132     }
 133   }
 134
 135   unless (exists $exclude_from_prereqs{$name}) {
 136     $prereq{$name} = $ver;
 137   }
 138 }
 139 if ($error == 1) {
 140   print <<QQ_ERROR_QQ;
 141 Information:
 142
 143   Some perl modules are missing, listed above and below. The only
 144   functionality that will be affected is described above;
 145   the rest of bioperl will work fine without them.
 146
 147   The installation of these external packages is very simple. You
 148   can read more about bioperl external dependencies in the INSTALL
 149   file or at:
 150
 151   http://bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl
 152
 153   Enjoy the rest of bioperl, which you can use after going 'make install'
 154
 155 QQ_ERROR_QQ
 156 }
 157 else {
 158         print "All dependencies are installed\n\n";
 159 }
 160 print "NB: BioSQL also needs to be installed for this package to work; see the INSTALL file\n\n";
 161
 162 # write the makefile
 163 WriteMakefile(
 164   NAME         => 'Bio',
 165   DISTNAME     => 'bioperl-db',
 166   VERSION      => $VERSION,
 167   dist         => { COMPRESS     => 'gzip -9f',
 168                     SUFFIX       => '.gz',
 169                     DIST_DEFAULT => 'all tardist'
 170                   },
 171   'AUTHOR'     => 'Bioperl Team (bioperl-l@bioperl.org)',
 172   'ABSTRACT'   => 'bioperl-db - package for biological databases',
 173   # clean() is overridden and also gets rid of @should_be_cleaned
 174   realclean    => { FILES => join(' ', @should_be_cleaned) },
 175   PREREQ_PM    => \%prereq,
 176   # Once 'nmake ppd' has been issued, the PPD needs to be modified for use with PPM4
 177   # In addition, non-critical prereq's should be moved to a Bundle::BioPerl PPD
 178   # A bit of a pain, but better to have all the prereq's in the same place initially
 179   # TODO I'll (Nathan Haigh) added updated details to the wiki for doing this
 180 );
 181
 182 exit;
 183
 184
 185 #
 186 # subroutines
 187 #
 188
 189
 190 #
 191 # override MakeMaker methods
 192 #
 193
 194 sub MY::postamble {
 195   $tline;
 196 }
 197
 198 package MY;
 199
 200 sub MY::clean {
 201   return shift->SUPER::clean(@_) . <<END;
 202 \t-rm -rf @should_be_cleaned
 203 END
 204 }