t/16obda.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 use vars qw($old_obda_path);
   5
   6 BEGIN {
   7     use lib 't';
   8     use Bio::Root::Test;
   9     test_begin(-tests => 16);
  10
  11         $old_obda_path = $ENV{OBDA_SEARCH_PATH}
  12            if defined $ENV{OBDA_SEARCH_PATH};
  13         $ENV{OBDA_SEARCH_PATH} = 't/data/';
  14
  15         use_ok('DBTestHarness');
  16         use_ok('Bio::SeqIO');
  17         use_ok('Bio::DB::Persistent::BioNamespace');
  18         use_ok('Bio::DB::Registry');
  19 }
  20
  21 my $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  22 my $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  23 ok $db;
  24
  25 my $registry_file = test_input_file("seqdatabase.ini");
  26 my $obda_name = "mytestbiosql";
  27 # create a temporary seqdatabase.ini file specific for this test database
  28 write_registry($registry_file);
  29
  30 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank',
  31                             '-file' => test_input_file('parkin.gb'));
  32 my $seq = $seqio->next_seq();
  33 ok $seq;
  34 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  35 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  36 $pseq->store(); # this will raise warnings if there are duplicates
  37 ok $pseq->primary_key();
  38 $pseq->commit;
  39
  40 # try/finally block
  41 eval {
  42         my $registry = Bio::DB::Registry->new;
  43         ok $registry;
  44         my $biodb = $registry->get_database($obda_name);
  45         ok $biodb;
  46         my $seq = $biodb->get_Seq_by_acc('AB019558');
  47         is $seq->primary_id, 5456929;
  48         $seq = $biodb->get_Seq_by_id(5456929);
  49         is $seq->accession, "AB019558";
  50         $seq = $biodb->get_Seq_by_version('AB019558.1');
  51         is $seq->primary_id, 5456929;
  52 };
  53
  54 print STDERR $@ if $@;
  55
  56 # delete seq
  57 is ($pseq->remove(), 1);
  58 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  59 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  60 ok $ns->primary_key();
  61 is ($ns->remove(), 1);
  62 $ns->commit;
  63
  64 END {
  65         unlink $registry_file if (-e $registry_file);
  66         $ENV{OBDA_SEARCH_PATH} = $old_obda_path if defined $old_obda_path;
  67 }
  68
  69 sub write_registry {
  70         my $file = shift;
  71         my $c = $db->dbcontext;
  72         my ($host,$port,$dbname,$pass,$user,$driver) =
  73          ($c->host||'',$c->port||'',$c->dbname||'',$c->password||'',$c->username||'',$c->driver||'');
  74
  75         open my $F,">$file";
  76         print $F <<OBDA;
  77 VERSION=1.00
  78
  79 [$obda_name]
  80 protocol=biosql
  81 location=$host:$port
  82 dbname=$dbname
  83 passwd=$pass
  84 user=$user
  85 driver=$driver
  86 OBDA
  87     close $F;
  88 }