t/10ensembl.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 18);
   8
   9         use_ok('DBTestHarness');
  10         use_ok('Bio::DB::BioSQL::DBAdaptor');
  11         use_ok('Bio::SeqIO');
  12 }
  13 #END { unlink( 't/ensembl_test.gb') }
  14
  15 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  16 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  17 ok $db;
  18
  19 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank',
  20                             '-file' => test_input_file('AP000868.gb'));
  21 my $seq = $seqio->next_seq();
  22 ok $seq;
  23
  24 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  25 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  26 $pseq->store();
  27 ok $pseq->primary_key();
  28
  29 my $seqadp = $db->get_object_adaptor($seq);
  30
  31 # try/finally block
  32 eval {
  33     $dbseq = $seqadp->find_by_primary_key($pseq->primary_key());
  34     ok $dbseq;
  35
  36     is ($dbseq->display_id, $seq->display_id);
  37     is ($dbseq->accession, $seq->accession);
  38     is ($dbseq->subseq(3,10), $seq->subseq(3,10) );
  39     is ($dbseq->subseq(1,15), $seq->subseq(1,15) );
  40     is ($dbseq->length, $seq->length);
  41     is ($dbseq->seq, $seq->seq);
  42
  43     is ($dbseq->desc, $seq->desc);
  44
  45 #$out = Bio::SeqIO->new('-file' => '>t/ensembl_test.gb' ,
  46 #                      '-format' => 'GenBank');
  47 #$out->write_seq($dbseq);
  48 };
  49
  50 print STDERR $@ if $@;
  51
  52 # delete seq
  53 is ($pseq->remove(), 1);
  54 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  55 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  56 ok $ns->primary_key();
  57 is ($ns->remove(), 1);
  58
  59