t/07dblink.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 21);
   8         use_ok('DBTestHarness');
   9         use_ok('Bio::SeqIO');
  10         use_ok('Bio::DB::Persistent::BioNamespace');
  11 }
  12
  13 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  14 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  15 ok $db;
  16
  17 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank',
  18                             '-file' => test_input_file('parkin.gb'));
  19 my $seq = $seqio->next_seq();
  20 ok $seq;
  21 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  22 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  23 $pseq->store();
  24 ok $pseq->primary_key();
  25
  26 my $dbl = Bio::Annotation::DBLink->new();
  27 $dbl->database("new-db");
  28 $dbl->primary_id("primary-id-12");
  29
  30 # try/finally block
  31 eval {
  32     my $pdbl = $db->create_persistent($dbl);
  33     $pdbl->store();
  34     ok $pdbl->primary_key();
  35
  36     my $dbladp = $db->get_object_adaptor("Bio::Annotation::DBLink");
  37     my $fromdb = $dbladp->find_by_primary_key($pdbl->primary_key());
  38     ok $fromdb;
  39     is ($fromdb->primary_key, $pdbl->primary_key);
  40     is ($fromdb->database, $dbl->database);
  41     is ($fromdb->primary_id, $dbl->primary_id);
  42
  43     ok $dbladp->add_association(-objs => [$pseq, $pdbl]);
  44
  45     my $dbseq = $pseq->adaptor()->find_by_primary_key($pseq->primary_key());
  46     ok $dbseq;
  47     my @mydbls = grep {
  48         $_->database() eq "new-db";
  49     } $dbseq->annotation->get_Annotations("dblink");
  50     is (scalar(@mydbls), 1);
  51     is ($mydbls[0]->primary_id, $dbl->primary_id);
  52     is ($mydbls[0]->primary_key, $pdbl->primary_key);
  53
  54     is ($fromdb->remove(), 1);
  55 };
  56
  57 print STDERR $@ if $@;
  58
  59 # delete seq
  60 is ($pseq->remove(), 1);
  61 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  62 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  63 ok $ns->primary_key();
  64 is ($ns->remove(), 1);
  65