t/06comment.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 14);
   8
   9         use_ok('DBTestHarness');
  10         use_ok('Bio::SeqIO');
  11         use_ok('Bio::Annotation::Comment');
  12 }
  13
  14 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  15 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  16 ok $db;
  17
  18 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'genbank',
  19                             '-file' => test_input_file('parkin.gb'));
  20 my $seq = $seqio->next_seq();
  21 ok $seq;
  22 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  23 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  24 # store seq
  25 $pseq->create();
  26 ok $pseq->primary_key();
  27
  28 $adp = $db->get_object_adaptor("Bio::Annotation::Comment");
  29 ok $adp;
  30
  31 # start try/finally
  32 eval {
  33     my $comment = Bio::Annotation::Comment->new();
  34     $comment->text("Some text");
  35
  36     my $pcomment = $adp->create_persistent($comment);
  37     $pcomment->rank(10);
  38     $pcomment->create(-fkobjs => [$pseq]);
  39     ok $pcomment->primary_key();
  40
  41     my $dbcomment = $adp->find_by_primary_key($pcomment->primary_key());
  42
  43     ok $dbcomment;
  44
  45     is ($dbcomment->text, $comment->text);
  46 };
  47
  48 print STDERR $@ if $@;
  49
  50 # delete seq
  51 is ($pseq->remove(), 1);
  52 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  53 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  54 ok $ns->primary_key();
  55 is ($ns->remove(), 1);