t/12ontology.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 740);
   8         use_ok('DBTestHarness');
   9         use_ok('Bio::OntologyIO');
  10 }
  11
  12 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  13 ok $biosql;
  14
  15 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  16 ok $db;
  17
  18 my $ontio = Bio::OntologyIO->new(-file => test_input_file('sofa.ontology'),
  19                                  -format => 'soflat');
  20 ok ($ontio);
  21 my $ont = $ontio->next_ontology();
  22 ok ($ont);
  23 $ont->name("My Test Ontology"); # avoid clashes
  24
  25 # insert by inserting all relationships (there are no isolated terms in SOFA)
  26 foreach my $rel ($ont->get_relationships()) {
  27     # change ID prefix to avoid clashes
  28     foreach my $term_meth ("subject_term","object_term") {
  29         my $id = $rel->$term_meth->identifier();
  30         next if $id =~ /^MYTO/;
  31         $rel->$term_meth->identifier("MYTO:".substr($id,3)) if $id;
  32     }
  33     # make persistent and insert
  34     my $prel = $db->create_persistent($rel);
  35     ok ($prel->create());
  36     ok ($prel->primary_key());
  37 }
  38
  39 # now get the ontology back from the database
  40 my $dbont = Bio::Ontology::Ontology->new(-name => "My Test Ontology");
  41 $dbont = $db->get_object_adaptor($dbont)->find_by_unique_key($dbont);
  42 ok ($dbont);
  43 ok ($dbont->primary_key());
  44
  45 # set up the query to get all relationships
  46 my $queryrels =
  47     Bio::DB::Query::BioQuery->new(
  48        -datacollections => ["Bio::Ontology::OntologyI=>Bio::Ontology::RelationshipI"],
  49        -where => ["Bio::Ontology::OntologyI::primary_key = ".
  50                   $dbont->primary_key()
  51                   ]
  52                                   );
  53 my $reladp = $db->get_object_adaptor("Bio::Ontology::RelationshipI");
  54 my $qres = $reladp->find_by_query($queryrels);
  55 while(my $rel = $qres->next_object()) {
  56     is ($rel->ontology->name, "My Test Ontology");
  57     $dbont->add_term($rel->subject_term);
  58     $dbont->add_term($rel->object_term);
  59     #$dbont->add_term($rel->predicate_term);
  60     $dbont->add_relationship($rel);
  61 }
  62
  63 # now query the ontology
  64 my ($term) = $dbont->find_terms(-identifier => "MYTO:0000233");
  65 ok ($term);
  66 is ($term->identifier, "MYTO:0000233");
  67 is ($term->name, "processed_transcript");
  68 @rels = $dbont->get_relationships($term);
  69 is (scalar(@rels), 5);
  70 @relset = grep { $_->predicate_term->name eq "IS_A"; } @rels;
  71 is (scalar(@relset), 3);
  72 @relset = grep { $_->object_term->identifier eq "MYTO:0000233"; } @rels;
  73 is (scalar(@relset), 4);
  74
  75 # check for correct storage and retrieval of synonyms and dbxrefs
  76 ($term) = $dbont->find_terms(-identifier => "MYTO:0000203");
  77 ok ($term);
  78 is ($term->name, "untranslated_region");
  79 my @syns = $term->get_synonyms();
  80 is (scalar(@syns), 1);
  81 is ($syns[0], "UTR");
  82 # modify, update, and re-retrieve to check with multiple synonyms, and with
  83 # dbxrefs (this version of SOFA doesn't come with any dbxrefs)
  84 $term->add_synonym("junk DNA");
  85 $term->add_dbxref(-dbxrefs => [Bio::Annotation::DBLink->new(-database   => "MYDB",
  86                                                -primary_id => "yaddayadda")]);
  87 ok ($term->store());
  88 $term = $term->adaptor->find_by_primary_key($term->primary_key);
  89 ok ($term);
  90 # now test
  91 @syns = $term->get_synonyms();
  92 is (scalar(@syns), 2);
  93 is (scalar(grep { $_ eq "junk DNA"; } @syns), 1);
  94 is (scalar($term->get_dbxrefs()), 1);
  95
  96 #
  97 # test the transitive closure computations
  98 #
  99 my $ontadp = $db->get_object_adaptor("Bio::Ontology::OntologyI");
 100 my $ontname = "My BioSQL Predicate Ontology";
 101 my $id_pred = Bio::Ontology::Term->new(-name => "identity",
 102                                        -ontology => $ontname);
 103 my $superpred = Bio::Ontology::Term->new(-name => "PART_OF",
 104                                          -ontology => $ontname);
 105 my $subcl_pred = Bio::Ontology::Term->new(-name => "implies",
 106                                           -ontology => $ontname);
 107
 108 ok ($ontadp->compute_transitive_closure($ont,
 109                                         -truncate => 1,
 110                                         -predicate_superclass => $superpred,
 111                                         -subclass_predicate   => $subcl_pred,
 112                                         -identity_predicate   => $id_pred));
 113 #
 114 # now query and test the results
 115 # set up the query to get all relationships
 116 $query = Bio::DB::Query::BioQuery->new(
 117                -datacollections => ["Bio::Ontology::OntologyI=>Bio::Ontology::PathI o",
 118                                     "Bio::Ontology::TermI=>Bio::Ontology::PathI tsubj::subject",
 119                                     "Bio::Ontology::TermI=>Bio::Ontology::PathI tobj::object",
 120                          ],
 121                -where => ["o.name = 'My Test Ontology'",
 122                           "tobj.name = 'gene'",
 123                           "tsubj.name = 'exon'"]
 124                                        );
 125 my $pathadp = $db->get_object_adaptor("Bio::Ontology::PathI");
 126 $qres = $pathadp->find_by_query($query);
 127 my $n = 0;
 128 while(my $path = $qres->next_object()) {
 129     is ($path->ontology->name, "My Test Ontology");
 130     is ($path->subject_term->name, "exon");
 131     is ($path->object_term->name, "gene");
 132     is ($path->predicate_term->name, "PART_OF");
 133     $n++;
 134 }
 135 is ($n, 1);
 136
 137 # test for distance zero paths
 138 $query = Bio::DB::Query::BioQuery->new(
 139                -datacollections => [
 140                     "Bio::Ontology::OntologyI=>Bio::Ontology::PathI o",
 141                     "Bio::Ontology::TermI=>Bio::Ontology::PathI tpred::predicate",
 142                          ],
 143                -where => ["o.name = 'My Test Ontology'",
 144                           "tpred.name = 'identity'"]
 145                                        );
 146 $qres = $pathadp->find_by_query($query);
 147 $n = 0;
 148 while(my $path = $qres->next_object()) {
 149     is ($path->ontology->name, "My Test Ontology");
 150     is ($path->subject_term->name, $path->object_term->name);
 151     is ($path->predicate_term->name, "identity");
 152     is ($path->predicate_term->ontology->name, "My BioSQL Predicate Ontology");
 153     is ($path->distance, 0);
 154     $n++ if $path->subject_term->identifier; # don't count hard-coded but
 155                                              # unused relationship types
 156 }
 157 is ($n, 86);
 158
 159 #
 160 # test removal of relationships
 161 #
 162 $ont = Bio::Ontology::Ontology->new(-name => "My Test Ontology");
 163 ok ($reladp->remove_all_relationships($ont));
 164
 165 # try to find any relationships
 166 $reladp = $db->get_object_adaptor("Bio::Ontology::RelationshipI");
 167 $qres = $reladp->find_by_query($queryrels);
 168 ok ($qres);
 169 $n = 0;
 170 while ($qres->next_object()) {
 171     $n++;
 172 }
 173 is ($n, 0);
 174
 175 # there should still be terms though
 176 my $dbterm = Bio::Ontology::Term->new(-identifier => "MYTO:0000233");
 177 $dbterm = $db->get_object_adaptor($dbterm)->find_by_unique_key($dbterm);
 178 ok ($dbterm);
 179 ok ($dbterm->primary_key);
 180 ok ($dbterm->ontology);
 181 is ($dbterm->ontology->name, "My Test Ontology");
 182 is ($dbterm->identifier, "MYTO:0000233");
 183 ($term) = $dbont->find_terms(-identifier => "MYTO:0000233");
 184 ok ($term);
 185 is ($dbterm->name, $term->name);
 186 is (scalar($dbterm->get_synonyms()), scalar($term->get_synonyms()));
 187