t/09fuzzy2.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 23);
   8 # -----------------------------------------------
   9 # REQUIREMENTS TESTED: (not yet!)
  10 # unknown start/end (eg like we find in SP)
  11 # must be handled gracefully
  12 # cjm@fruitfly.org
  13 # -----------------------------------------------
  14         use_ok('DBTestHarness');
  15         use_ok('Bio::SeqIO');
  16 }
  17
  18 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  19 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  20 ok $db;
  21
  22 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'embl',
  23                             '-file' => test_input_file('AB030700.embl'));
  24 my $seq = $seqio->next_seq();
  25 ok $seq;
  26 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  27 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  28 $pseq->create();
  29 ok $pseq->primary_key();
  30
  31 my $seqadp = $db->get_object_adaptor($seq);
  32 ok $seqadp;
  33
  34 eval {
  35     my $sequk = Bio::Seq::RichSeq->new(-accession_number => "AB030700",
  36                                        -version   => 1,
  37                                        -namespace => "mytestnamespace");
  38     $dbseq = $seqadp->find_by_unique_key($sequk);
  39     ok $dbseq;
  40
  41     is ($dbseq->display_id, $seq->display_id);
  42     is ($dbseq->accession, $seq->accession);
  43     is ($dbseq->subseq(3,10), $seq->subseq(3,10) );
  44     is ($dbseq->subseq(1,15), $seq->subseq(1,15) );
  45     is ($dbseq->length, $seq->length);
  46     is ($dbseq->seq, $seq->seq);
  47     is ($dbseq->desc, $seq->desc);
  48
  49     @dblinks = sort {
  50         $a->primary_id cmp $b->primary_id
  51         } $dbseq->annotation->get_Annotations('dblink');
  52     @stdlinks = sort {
  53         $a->primary_id cmp $b->primary_id
  54         } $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
  55
  56     ok (scalar(@dblinks));
  57     is (scalar(@dblinks), scalar(@stdlinks));
  58
  59     for(my $i = 0; $i < @dblinks; $i++) {
  60         is($dblinks[$i]->database, $stdlinks[$i]->database);
  61         is($dblinks[$i]->primary_id, $stdlinks[$i]->primary_id);
  62         TODO: {
  63                 local $TODO = 'optional_id() for dblinks is not working yet';
  64                 is($dblinks[$i]->optional_id, $stdlinks[$i]->optional_id);
  65         }
  66     }
  67 };
  68
  69 print STDERR $@ if $@;
  70
  71 # delete seq
  72 is ($pseq->remove(), 1);
  73 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
  74 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
  75 ok $ns->primary_key();
  76 is ($ns->remove(), 1);
  77