t/04swiss.t

   1 # -*-Perl-*-
   2 # $Id$
   3
   4 BEGIN {
   5     use lib 't';
   6     use Bio::Root::Test;
   7     test_begin(-tests => 55);
   8         use_ok('DBTestHarness');
   9         use_ok('Bio::SeqIO');
  10         use_ok('Bio::Seq::SeqFactory');
  11 }
  12
  13 $biosql = DBTestHarness->new("biosql");
  14 $db = $biosql->get_DBAdaptor();
  15 ok $db;
  16
  17 my $seqio = Bio::SeqIO->new('-format' => 'swiss',
  18                             '-file' => test_input_file('swiss.dat'));
  19 my $seq = $seqio->next_seq();
  20 ok $seq;
  21
  22 my $pseq = $db->create_persistent($seq);
  23 ok $pseq;
  24 isa_ok $pseq, "Bio::DB::PersistentObjectI";
  25 isa_ok $pseq, "Bio::SeqI";
  26
  27 $pseq->namespace("mytestnamespace");
  28 $pseq->create();
  29 my $dbid = $pseq->primary_key();
  30 ok $dbid;
  31
  32 my $adp = $db->get_object_adaptor($seq);
  33 ok $adp;
  34 isa_ok $adp, "Bio::DB::PersistenceAdaptorI";
  35
  36 my $seqfact = Bio::Seq::SeqFactory->new(-type => "Bio::Seq::RichSeq");
  37 ok $seqfact;
  38 isa_ok $seqfact, "Bio::Factory::ObjectFactoryI";
  39
  40 # try/finally
  41 eval {
  42     $dbseq = $adp->find_by_primary_key($dbid, $seqfact);
  43     ok $dbseq;
  44
  45     is ($dbseq->display_id, $seq->display_id);
  46     like ($dbseq->primary_id, qr/=HASH/);
  47     like ($seq->primary_id, qr/=HASH/);
  48     is ($dbseq->accession_number, $seq->accession_number);
  49     is ($dbseq->species->binomial, $seq->species->binomial);
  50     is ($dbseq->subseq(3,10), $seq->subseq(3,10) );
  51     is ($dbseq->seq, $seq->seq);
  52     is ($dbseq->length, $seq->length);
  53     is ($dbseq->length, length($dbseq->seq));
  54
  55     is ($dbseq->desc, $seq->desc);
  56
  57     my @dbarr = $dbseq->annotation->get_Annotations('dblink');
  58     my @arr = $seq->annotation->get_Annotations('dblink');
  59     is (scalar(@dbarr), scalar(@arr));
  60
  61     @dbarr = sort { $a->primary_id cmp $b->primary_id } @dbarr;
  62     @arr = sort { $a->primary_id cmp $b->primary_id } @arr;
  63     is ( $dbarr[0]->primary_id, $arr[0]->primary_id);
  64
  65     @dbarr = $dbseq->annotation->get_Annotations('reference');
  66     @arr = $seq->annotation->get_Annotations('reference');
  67     is (scalar(@dbarr), scalar(@arr));
  68
  69     @dbarr = sort { $a->primary_id cmp $b->primary_id } @dbarr;
  70     @arr = sort { $a->primary_id cmp $b->primary_id } @arr;
  71     is ( $dbarr[0]->primary_id, $arr[0]->primary_id);
  72     is (scalar(grep { $_->start() && $_->end(); } @dbarr),
  73         scalar(grep { $_->start() && $_->end(); } @arr));
  74
  75     foreach (@dbarr) {
  76         my $ref = shift(@arr);
  77         is ($_->authors, $ref->authors);
  78         is ($_->title, $ref->title);
  79         is ($_->location, $ref->location);
  80         is ($_->medline, $ref->medline);
  81     }
  82
  83     @dbarr = $dbseq->annotation->get_Annotations('gene_name');
  84     @arr = $seq->annotation->get_Annotations('gene_name');
  85     ok (scalar(@dbarr));
  86     is (scalar(@dbarr), scalar(@arr));
  87     @dbarr = sort { $a->value() cmp $b->value() } @dbarr;
  88     @arr = sort { $a->value() cmp $b->value() } @arr;
  89     for(my $i = 0; $i < @dbarr; $i++) {
  90         is ($dbarr[$i]->value(), $arr[$i]->value());
  91     }
  92
  93     @dbarr = $dbseq->top_SeqFeatures();
  94     @arr = $seq->top_SeqFeatures();
  95     is (scalar(@dbarr), scalar(@arr));
  96     @dbarr = sort { $a->primary_tag() cmp $b->primary_tag() } @dbarr;
  97     @arr = sort { $a->primary_tag() cmp $b->primary_tag() } @arr;
  98     for(my $i = 0; $i < @dbarr; $i++) {
  99         is ($dbarr[$i]->primary_tag(), $arr[$i]->primary_tag());
 100     }
 101
 102 };
 103
 104 print STDERR $@ if $@;
 105
 106 # delete seq
 107 is ($pseq->remove(), 1);
 108 my $ns = Bio::DB::Persistent::BioNamespace->new(-identifiable => $pseq);
 109 ok $ns = $db->get_object_adaptor($ns)->find_by_unique_key($ns);
 110 ok $ns->primary_key();
 111 is ($ns->remove(), 1);