bioperl/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Thomas Dziedzic < gostrc at gmail >
   2 # Contributor: Abhishek Dasgupta <abhidg@gmail.com>
   3 # Contributor: damir <damir@archlinux.org>
   4
   5 pkgname=bioperl
   6 pkgver=1.6.1
   7 pkgrel=2
   8 pkgdesc='Perl modules for bioinformatics applications.'
   9 arch=('any')
  10 license=('GPL' 'PerlArtistic')
  11 url='http://www.bioperl.org'
  12 depends=('perl-io-string')
  13 makedepends=('perl-data-stag')
  14 options=('!emptydirs')
  15 source=("http://www.bioperl.org/DIST/BioPerl-${pkgver}.tar.gz")
  16 md5sums=('aa88f122c10714fd27beea4b70b659ad')
  17
  18 build() {
  19   cd BioPerl-${pkgver}
  20
  21   # install module in vendor directories.
  22   perl Build.PL < /dev/null # non-interactive, uses defaults
  23
  24   ./Build
  25 }
  26
  27 package() {
  28   cd BioPerl-${pkgver}
  29
  30   ./Build install \
  31     --install_base /usr \
  32     --install_path lib=/usr/share/perl5/vendor_perl \
  33     --install_path bindoc=/usr/share/man/man1 \
  34     --install_path libdoc=/usr/share/man/man3 \
  35     --destdir ${pkgdir}
  36
  37   # remove .pl extensions from binaries
  38   cd ${pkgdir}/usr/bin
  39   for b in * ; do
  40     mv ${b} $(basename $b .pl)
  41
  42     if [ -e ${pkgdir}/usr/share/man/man1/${b}.1p ] ; then
  43       mv ${pkgdir}/usr/share/man/man1/${b}.1p ${pkgdir}/usr/share/man/man1/$(basename ${b} .pl).1p
  44     fi
  45   done
  46
  47   # remove perllocal.pod and .packlist
  48   find ${pkgdir} -name perllocal.pod -delete
  49   find ${pkgdir} -name .packlist -delete
  50 }