tophat/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Thiago Yukio Kikuchi Oliveira <stratust@gmail.com>
   2
   3 pkgname=tophat
   4 pkgver=1.4.0
   5 pkgrel=1
   6 pkgdesc="TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads."
   7 arch=("x86_64")
   8 url="http://tophat.cbcb.umd.edu"
   9 license=('Artistic')
  10 depends=('python2' 'samtools' 'bowtie' 'perl')
  11 source=(http://tophat.cbcb.umd.edu/downloads/$pkgname-$pkgver.tar.gz)
  12 md5sums=('65d437628e8caa1df6804fd2a8cfbeaf')
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  14 build() {
  15   cd $srcdir/$pkgname-$pkgver
  16
  17   # Tophat use python2 but archlinux uses python3 as default python
  18   perl -i -pne '$_ =~ s/python/python2/ if $_ =~ /^#!\/usr/' src/tophat
  19   perl -i -pne '$_ =~ s/python/python2/ if $_ =~ /^#!\/usr/' src/bed_to_juncs
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  21
  22   ./configure --prefix="$pkgdir/usr"
  23   make
  24   make install
  25
  26 }