primer3/oligotm.1

   1 .\"     Title: OLIGOTM
   2 .\"    Author:
   3 .\" Generator: DocBook XSL Stylesheets v1.73.2 <http://docbook.sf.net/>
   4 .\"      Date: 02/22/2008
   5 .\"    Manual: Primer3 User Manuals
   6 .\"    Source: oligotm 1.1.3
   7 .\"
   8 .TH "OLIGOTM" "1" "02/22/2008" "oligotm 1.1.3" "Primer3 User Manuals"
   9 .\" disable hyphenation
  10 .nh
  11 .\" disable justification (adjust text to left margin only)
  12 .ad l
  13 .SH "NAME"
  14 oligotm - Prints oligo's melting temperature on stdout
  15 .SH "SYNOPSIS"
  16 .HP 8
  17 \fBoligotm\fR [OPTIONS] {oligo}
  18 .PP
  19 where oligo is a DNA sequence of between 2 and 36 bases
  20 .SH "DESCRIPTION"
  21 .PP
  22
  23 \fBoligotm\fR
  24 prints the melting temperature of a given desoxyribooligonucleotide on the standard output\. It is part of the oligotm library\.
  25 .SH "OPTIONS"
  26 .PP
  27 \fB\-mv\fR \fImonovalent_conc\fR
  28 .RS 4
  29 Concentration of monovalent cations in mM, by default 50\ mM\.
  30 .RE
  31 .PP
  32 \fB\-dv\fR \fIdivalent_conc\fR
  33 .RS 4
  34 Concentration of divalent cations in mM, by default 0\ mM\.
  35 .RE
  36 .PP
  37 \fB\-n\fR \fIdNTP_conc\fR
  38 .RS 4
  39 Concentration of deoxynycleotide triphosphate in mM, by default 0\ mM\.
  40 .RE
  41 .PP
  42 \fB\-d\fR \fIdna_conc\fR
  43 .RS 4
  44 Concentration of DNA strands in nM, by default 50\ nM\.
  45 .RE
  46 .PP
  47 \fB\-tp\fR \fI[0|1]\fR
  48 .RS 4
  49 Specifies the table of thermodynamic parameters and the method of melting temperature calculation:
  50 .sp
  51 .RS 4
  52 \h'-04'\(bu\h'+03'\fI0\fR
  53 Breslauer et al\., 1986 and Rychlik et al\., 1990 (used by primer3 up to and including release 1\.1\.0)\. This is the default, but
  54 \fInot\fR
  55 the recommended value\.
  56 .RE
  57 .sp
  58 .RS 4
  59 \h'-04'\(bu\h'+03'\fI1\fR
  60 Use nearest neighbor parameter from SantaLucia 1998\.
  61 \fIThis is the recommended value\fR\.
  62 .RE
  63 .RE
  64 .PP
  65 \fB\-sc\fR \fI[0\.\.2]\fR
  66 .RS 4
  67 Specifies salt correction formula for the melting temperature calculation:
  68 .sp
  69 .RS 4
  70 \h'-04'\(bu\h'+03'\fI0\fR
  71 Schildkraut and Lifson 1965, used by primer3 up to and including release 1\.1\.0\. This is the default, but
  72 \fInot\fR
  73 the recommended value\.
  74 .RE
  75 .sp
  76 .RS 4
  77 \h'-04'\(bu\h'+03'\fI1\fR
  78 SantaLucia 1998\.
  79 \fIThis is the recommended value\fR\.
  80 .RE
  81 .sp
  82 .RS 4
  83 \h'-04'\(bu\h'+03'\fI1\fR
  84 Owczarzy et al\., 2004\.
  85 .RE
  86 .RE
  87 .PP
  88 \fB\-i\fR
  89 .RS 4
  90 prints references to publications which were used for thermodynamic calculations\.
  91 .RE
  92 .SH "REFERENCE"
  93 .PP
  94 Please cite Rozen, S\., Skaletsky, H\. "Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers\." In S\. Krawetz and S\. Misener, eds\. Bioinformatics Methods and Protocols in the series Methods in Molecular Biology\. Humana Press, Totowa, NJ, 2000, pages 365\-386\.
  95 .SH "SEE ALSO"
  96 .PP
  97
  98 \fBprimer3_core\fR(1)
  99 \fBntdpal\fR(1)
 100 .SH "COPYRIGHT"
 101 Copyright \(co 1996,1997,1998,1999,2000,2001,2004,2006,2007,2008 Whitehead Institute for Biomedical Research, Steve Rozen (http://jura.wi.mit.edu/rozen), Helen Skaletsky
 102 .br
 103 .PP
 104 All rights reserved\. On Debian\-based systems, please consult
 105 \fI/usr/share/doc/primer3/copyright\fR
 106 to read the licence of oligotm\.
 107 .PP
 108 This manual page was written by Charles Plessy
 109 <charles\-debian\-nospam@plessy\.org>
 110 for the
 111 Debian(TM)
 112 system (but may be used by others)\. Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the same terms as oligotm itself\.
 113
 114 .sp