primer3/ntdpal.1

   1 .\"     Title: NTDPAL
   2 .\"    Author:
   3 .\" Generator: DocBook XSL Stylesheets v1.73.2 <http://docbook.sf.net/>
   4 .\"      Date: 02/22/2008
   5 .\"    Manual: Primer3 User Manuals
   6 .\"    Source: ntdpal 1.1.3
   7 .\"
   8 .TH "NTDPAL" "1" "02/22/2008" "ntdpal 1.1.3" "Primer3 User Manuals"
   9 .\" disable hyphenation
  10 .nh
  11 .\" disable justification (adjust text to left margin only)
  12 .ad l
  13 .SH "NAME"
  14 ntdpal - Provides Primer3's alignment functionality
  15 .SH "SYNOPSIS"
  16 .HP 7
  17 \fBntdpal\fR [\-g\ \fIgval\fR] [\-l\ \fIlval\fR] [\-m\ \fImval\fR] [\-f1,\ f2,\ f3] [\-p] [\-s] [\-e] {\fIseq1\fR} {\fIseq2\fR} {\fImode\fR}
  18 .SH "DESCRIPTION"
  19 .PP
  20 Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) is a stand\-alone program that provides Primer3\'s alignment functionality (local, a\.k\.a\. Smith\-Waterman, global, a\.k\.a\. Needleman\-Wunsch, plus "half global")\.
  21 .SH "OPTIONS"
  22 .PP
  23 \fB\-g\fR \fIgval\fR
  24 .RS 4
  25 \fIgval\fR
  26 is a (positive) float (\.01 precision) specifying penaltiy for creating a gap respectively (the penalties are subtracted from the output score)
  27 .RE
  28 .PP
  29 \fB\-l\fR \fIval\fR
  30 .RS 4
  31 \fIlval\fR
  32 is a (positive) float (\.01 precision) specifying penaltiy for lengthening a gap respectively (the penalties are subtracted from the output score)
  33 .RE
  34 .PP
  35 \fB\-a\fR
  36 .RS 4
  37 Causes the scoring matrix to be modified by dpal_set_ambiguity_codes\.
  38 .RE
  39 .PP
  40 \fB\-e\fR
  41 .RS 4
  42 Causes the end postion of the alignment in both sequences to be printed\. Do not confuse with the \'e\'
  43 \fImode\fR\.
  44 .RE
  45 .PP
  46 \fB\-f1, \-f2, \-f3\fR
  47 .RS 4
  48 Force specific implementations\. \-f2 forces use an implementation that might provide more informative error messages, possibly at the expense of some speed\.
  49 .RE
  50 .PP
  51 \fB\-h\fR
  52 .RS 4
  53 Use a different scoring matrix: G and C matches = 3, A and T = 2, and mismatches = \-0\.5\. (The default scoring matrix assigns 1 to a match, and \-1 to a mismatch\.)
  54 .RE
  55 .PP
  56 \fB\-p\fR
  57 .RS 4
  58 Causes the alignment to be displayed on stderr\.
  59 .RE
  60 .PP
  61 \fB\-s\fR
  62 .RS 4
  63 causes
  64 \fIonly\fR
  65 the score to printed\.
  66 .RE
  67 .PP
  68 \fB\-m\fR \fImval\fR
  69 .RS 4
  70 is the maximum allowed gap (default is 3)\.
  71 .RE
  72 .PP
  73 \fIseq1\fR and \fIseq2\fR
  74 .RS 4
  75 are the sequences to be aligned\.
  76 .RE
  77 .PP
  78 \fImode\fR
  79 .RS 4
  80 is one of
  81 \fIg\fR,
  82 \fIG\fR,
  83 \fIl\fR, or
  84 \fIL\fR
  85 specifying a global, global end\-anchored, local, or local end\-achored alignment respectively\. For backward compatibility
  86 \fIe\fR
  87 is equivalent to
  88 \fIG\fR\.
  89 .RE
  90 .SH "REFERENCE"
  91 .PP
  92 Please cite Rozen, S\., Skaletsky, H\. "Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers\." In S\. Krawetz and S\. Misener, eds\. Bioinformatics Methods and Protocols in the series Methods in Molecular Biology\. Humana Press, Totowa, NJ, 2000, pages 365\-386\.
  93 .SH "SEE ALSO"
  94 .PP
  95
  96 \fBprimer3_core\fR(1)
  97 \fBoligotm\fR(1)
  98 .SH "COPYRIGHT"
  99 Copyright \(co 1996,1997,1998,1999,2000,2001,2004,2006,2007,2008 Whitehead Institute for Biomedical Research, Steve Rozen (http://jura.wi.mit.edu/rozen), Helen Skaletsky
 100 .br
 101 .PP
 102 All rights reserved\. On Debian\-based systems, please consult
 103 \fI/usr/share/doc/primer3/copyright\fR
 104 to read the licence of ntdpal\.
 105 .PP
 106 This manual page was written by Charles Plessy
 107 <charles\-debian\-nospam@plessy\.org>
 108 for the
 109 Debian(TM)
 110 system (but may be used by others)\. Permission is granted to copy, distribute and/or modify this document under the same terms as oligotm itself\.
 111
 112 .sp