paml/PKGBUILD

   1 # Maintainer: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   2 # Contributor: Mick Elliot <micke at sfu dot ca>
   3
   4 pkgname=paml
   5 pkgver=4.4c
   6 pkgrel=1
   7 pkgdesc="Phylogenetic analysis by maximum likelihood"
   8 arch=(i686 x86_64)
   9 provides=('paml')
  10 url="http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html"
  11 license=('custom')
  12 depends=('glibc')
  13 source=(http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/${pkgname}${pkgver}.tar.gz LICENSE)
  14 md5sums=('0ab0b722bc28c15b22554ec68576b09f' '5781a26c392bb3908b9d5d1313687d4e')
  15
  16 build() {
  17    cd $srcdir
  18    cd paml44/src
  19
  20   if [ "${CARCH}" = "i686" ]; then
  21     make DESTDIR=$pkgdir -f Makefile CFLAGS=" -march=i686 -mtune=generic -O2 -pipe" || return 1
  22   else
  23     make DESTDIR=$pkgdir -f Makefile CFLAGS=" -march=x86-64 -mtune=generic -O2 -pipe" || return 1
  24   fi
  25
  26   install -D -m755 baseml $startdir/pkg/usr/bin/baseml
  27   install -D -m755 basemlg $startdir/pkg/usr/bin/basemlg
  28   install -D -m755 chi2 $startdir/pkg/usr/bin/chi2
  29   install -D -m755 codeml $startdir/pkg/usr/bin/codeml
  30   install -D -m755 evolver $startdir/pkg/usr/bin/evolver
  31   install -D -m755 mcmctree $startdir/pkg/usr/bin/mcmctree
  32   install -D -m755 pamp $startdir/pkg/usr/bin/pamp
  33   install -D -m755 yn00 $startdir/pkg/usr/bin/yn00
  34
  35   cd ../doc
  36   install -D -m644 MCMCtreeDoc.pdf $startdir/pkg/usr/share/doc/paml/MCMCtreeDoc.pdf
  37   install -D -m644 pamlDOC.pdf $startdir/pkg/usr/share/doc/paml/pamlDOC.pdf
  38   install -D -m644 pamlFAQs.pdf $startdir/pkg/usr/share/doc/paml/pamlFAQs.pdf
  39   install -D -m644 pamlHistory.txt $startdir/pkg/usr/share/doc/paml/pamlHistory.txt
  40
  41   install -D -m644 ../../LICENSE $startdir/pkg/usr/share/licenses/paml/LICENSE
  42 }
  43
  44