org-tutorials/multitarget-tables.org

   1 #+TITLE: Using Org-Mode Table Formatting Functions
   2 #+AUTHOR: Jason Riedy
   3 #+EMAIL: jason@acm.org
   4 #+LANGUAGE: en
   5 #+TEXT: *Abstract:* Org-mode's ability to slice one table into many
   6 #+TEXT: separately formatted destinations helps keep documentation
   7 #+TEXT: and data in sync.  We provide an example using both the
   8 #+TEXT: multiple-target facilities and formatting with functions.
   9 #+TEXT: Side-effects in the functions gather header data necessary
  10 #+TEXT: for generating flexible SQL insertion statements.
  11 #+OPTIONS:    H:3 num:nil toc:t \n:nil @:t ::t |:t ^:t -:t f:t *:t TeX:t LaTeX:t skip:nil d:(HIDE) tags:not-in-toc
  12 #+STARTUP:    align fold nodlcheck hidestars oddeven lognotestate
  13 #+SEQ_TODO:   TODO(t) INPROGRESS(i) WAITING(w@) | DONE(d) CANCELED(c@)
  14 #+TAGS:       Write(w) Update(u) Fix(f) Check(c)
  15 #+PRIORITIES: A C B
  16 #+CATEGORY:   worg-tutorial
  17
  18 [[file:../index.org][{Back to Worg's index}]]
  19
  20 * Introduction
  21
  22 In large-scale data analysis, one often associates integers with
  23 parameter name rather than strings.  The performance and storage
  24 difference is significant for multi-gigabyte data sets.  But integers
  25 are not at all convenient or descriptive.  Systems like [[http://www.r-project.org][R]] provide a
  26 =factor= data type that translates the stored integers into user-level
  27 strings.  Emulating that construct in SQL is handy for data transfer
  28 with [[http://www.sqlite.org][SQLite]] or out-of-core analysis in R using a [[http://cran.r-project.org/web/packages/SQLiteDF/index.html][SQL back-end]].  That
  29 leaves the problem of maintaining a registry of integer level codes,
  30 string names, and documentation.
  31
  32 [[http://orgmode.org][Org-mode]] provide a fast, light-weight table mechanism that can be sent
  33 in email, bundled with code, or embedded in documentation.  The tables
  34 can be transformed and placed elsewhere.  It sounds like a perfect
  35 registry, generating documentation and code from one data table.
  36 Similar techniques could be used in a multi-lingual document to store
  37 many translations in one table and send them to sections in specific
  38 languages.
  39
  40 We start with a simple table:
  41
  42 #+ORGTBL: SEND exdoc orgtbl-to-orgtbl :skipcols (2) :fmt (1 "=%s=") :hfmt (1 "%s")
  43 #+ORGTBL: SEND exsql orgtbl-to-sqlinsert :sqlname "extbl" :fmt (2 "%s") :tstart "#+BEGIN_EXAMPLE\nBEGIN TRANSACTION;" :tend "COMMIT;\n#+END_EXAMPLE"
  44 | Name  | Level | Description     |
  45 |-------+-------+-----------------|
  46 | normx |     1 | norm(x, \infty) |
  47 | normb |     2 | norm(b, \infty) |
  48 | normA |     3 | norm(A, \infty) |
  49
  50 That one source table contains the documentation in the first and third
  51 column:
  52
  53 #+BEGIN RECEIVE ORGTBL exdoc
  54 | Name    | Description     |
  55 |---------+-----------------|
  56 | =normx= | norm(x, \infty) |
  57 | =normb= | norm(b, \infty) |
  58 | =normA= | norm(A, \infty) |
  59 #+END RECEIVE ORGTBL exdoc
  60
  61 The first two columns of the source table provide the data we must
  62 transfer the SQL.  The third column can be used to embed some
  63 documentation into the table itself after the string is sanitized for
  64 SQL.  The remaining necessary information, the SQL destination table
  65 name, can be provided as a parameter to =#+ORGTBL: SEND=, producing the
  66 following code chunk:
  67
  68 #+BEGIN RECEIVE ORGTBL exsql
  69 #+BEGIN_SRC sql
  70 BEGIN TRANSACTION;
  71 INSERT INTO extbl( Name, Level, Description ) VALUES ( 'normx' , 1 , 'norm(x, infty)' );
  72 INSERT INTO extbl( Name, Level, Description ) VALUES ( 'normb' , 2 , 'norm(b, infty)' );
  73 INSERT INTO extbl( Name, Level, Description ) VALUES ( 'normA' , 3 , 'norm(A, infty)' );
  74 COMMIT;
  75 #+END_SRC
  76 #+END RECEIVE ORGTBL exsql
  77
  78 We will explain the parameters used to produce both outputs.  The SQL
  79 insertion statements use functions as formatting parameters, some of
  80 which are called purely for the side-effect of gathering the header
  81 fields.  The SQL-generating code is distributed with org-mode in
  82 =contrib/lisp/orgtbl-sqlinsert.el=.
  83
  84 * Specifying multiple destinations for a single table
  85
  86 Sending one table to multiple destinations is straight-forward.  Add one
  87 =SEND= directive for each destination.  For example, the first table has
  88 the following two directives prepended, with parameters described later:
  89
  90 : #+ORGTBL: SEND exdoc orgtbl-to-orgtbl ...
  91 : #+ORGTBL: SEND exsql orgtbl-to-sqlinsert ...
  92
  93 The documentation removes the second column and adds fiddly formatting
  94 parameters with
  95
  96 : :skipcols (2) :fmt (1 "=%s=") :hfmt (1 "%s")
  97
  98 The SQL-generating line gathers the destination table name and passes
  99 integers through unchanged with the parameters
 100
 101 : :sqlname "extbl" :fmt (2 "%s")
 102
 103 The SQL table name defaults to the name of the target, =exsql= in this
 104 case.  And the default formatting used for other columns is
 105 =orgtbl-sql-strip-and-quote=.  That routine only removes potentially
 106 non-portable constructs; it is not designed to prevent insertion
 107 attacks.
 108
 109 We could apply =orgtbl-sql-strip-and-quote= to the first column of the
 110 documentation table to ensure the strings match exactly, but it easier
 111 to use simple, non-mangled strings as names.
 112
 113 By default, a block of insertions is wrapped in =BEGIN TRANSACTION= and
 114 =COMMIT= statements.  These can be supressed by setting =:tstart= and
 115 =:tend= to =nil=.  The example used in this document uses a
 116 "double-embedding" trick to wrap the statement in an org-mode code
 117 block:
 118
 119 : :tstart "#+BEGIN_EXAMPLE\nBEGIN TRANSACTION;"
 120 : :tend "COMMIT;\n#+END_EXAMPLE"
 121
 122 Similar wrapping can embed the SQL statements into literate programs.
 123 There is built-in support for [[http://www.eecs.harvard.edu/nr/noweb/][Noweb]] with the =:nowebname= parameter.
 124 Setting =:nowebname= to a string wraps the insertions in a Noweb code
 125 chunk named with the string.
 126
 127 * Formatting with functions for side effects and display
 128
 129 The =orgtbl-to-sqlinsert= routine calls =orgtbl-to-generic= for all the
 130 generic table parsing.  The parameters provide an example of using
 131 functions for gathering data as well as formatting.  Emacs Lisp's
 132 dynamic binding allows manipulating any symbols in the current
 133 environment, so the formatting functions do not need to pass parameters
 134 through the outer functions.
 135
 136 The default =:tstart= parameter is one example used strictly for
 137 formatting.  After the =:nowebname= parameter is decoded and bound to
 138 =nowebname=, it can be checked within a thunk to produce the starting
 139 string:
 140
 141 : :tstart (lambda () (concat (if nowebname
 142 :                                (format "<<%s>>= \n" nowebname)
 143 :                              "")
 144 :                            "BEGIN TRANSACTION;"))
 145
 146 The functions need not be pure.  The header formatting gathers the
 147 first header line into the variable =hdrlist= with
 148 : :hfmt (lambda (f) (progn (if firstheader (push f hdrlist)) ""))
 149 Then each line is preceded with a function that uses =hdrlist= to ensure
 150 data values are associated with named columns rather than just
 151 positions.
 152
 153 : :lstart (lambda () (concat "INSERT INTO "
 154 :                            sqlname "( "
 155 :                            (mapconcat 'identity (reverse hdrlist)
 156 :                                       ", ")
 157 :                            " )" (if breakvals "\n" " ")
 158 :                                     "VALUES ( "))
 159
 160 Note that =orgtbl-to-sqlinsert= takes advantage of org-mode's applying
 161 the formatting to each cell /before/ checking for a line-formatting
 162 function.  The header line itself and sectioning line are suppressed
 163 with the settings
 164
 165 : :hlfmt (lambda (lst) (setq firstheader nil))
 166 : :hline nil
 167 : :remove-nil-lines t
 168
 169 Similar techniques could be used to generate a table's SQL definition
 170 from the second header line.
 171
 172 * Current limitations
 173
 174 One current limitation is that all the tables are in the same Emacs
 175 buffer and hence the same text file.  A literate programming mechanism
 176 like [[http://www.eecs.harvard.edu/nr/noweb/][Noweb]] can separate the chunks.
 177
 178 Also, the tables must be sent manually.  Writing a function that scans
 179 an entire buffer for all =SEND= and =RECEIVE= pairs is feasible, as is
 180 using [[http://www.gnu.org/software/emacs/elisp/html_node/Overlays.html][overlays]] to manage automatic updates.
 181