.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml

   1 # This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
   2 # For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
   3
   4 name: MACS3 CI non x64
   5
   6 on:
   7   push:
   8     paths-ignore:
   9       - 'docs/**'
  10       - '**.md'
  11       - '.github/workflows/**'
  12       - '!.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml'
  13   pull_request:
  14     paths-ignore:
  15       - 'docs/**'
  16       - '**.md'
  17       - '.github/workflows/**'
  18       - '!.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml'
  19
  20 jobs:
  21   build_job:
  22     runs-on: ubuntu-22.04
  23     name: Build on ${{ matrix.arch }} with Python 3.10
  24     strategy:
  25       matrix:
  26         include:
  27           - arch: aarch64
  28
  29     steps:
  30       - name: Checkout MACS
  31         uses: actions/checkout@v4
  32         with:
  33           submodules: 'true'
  34
  35       - name: Set up arch and run
  36         uses: uraimo/run-on-arch-action@v2
  37         id: build
  38         with:
  39           arch: ${{ matrix.arch }}
  40           distro: ubuntu22.04
  41
  42           githubToken: ${{ github.token }}
  43
  44           # The shell to run commands with in the container
  45           shell: /bin/bash
  46
  47           # Create an artifacts directory
  48           setup: |
  49             chmod a+rw ${PWD}
  50
  51           # Mount the current working directory (with checked-out codes) as /MACS3 in the container
  52           dockerRunArgs: |
  53             -v "${PWD}:/MACS3"
  54
  55           # Create an artifacts directory on runner
  56
  57           # Install some dependencies in the container. This speeds up builds if
  58           # you are also using githubToken. Any dependencies installed here will
  59           # be part of the container image that gets cached, so subsequent
  60           # builds don't have to re-install them. The image layer is cached
  61           # publicly in your project's package repository, so it is vital that
  62           # no secrets are present in the container state or logs.
  63           install: |
  64             # install dependencies
  65             apt-get update -qq -y
  66             # We install the dependencies for compiling and installing
  67             # the python libraries that MACS3 depends on.
  68             apt-get install -yq apt-utils bc libblas3 liblapack3 libblas-dev liblapack-dev libopenblas-dev pkg-config python3 python3-pip python3-venv python3-wheel meson ninja-build cmake procps zlib1g zlib1g-dev gfortran
  69           run: |
  70             echo `uname -a`
  71             cd ~
  72
  73             # let's create virtualenv
  74             python3 -m venv macsenv
  75
  76             # activate macsenv
  77             source macsenv/bin/activate
  78
  79             # cd to source code directory
  80             cd /MACS3
  81
  82             # pip will be upgraded
  83             python3 -m pip install --upgrade pip
  84
  85             # install dependencies
  86             if [ -f requirements.txt ]; then
  87                 python3 -m pip install -r requirements.txt;
  88             fi
  89
  90             # install MACS3
  91             python3 -m pip install .
  92
  93             # output versions of installed libraries
  94             python3 -m pip freeze
  95
  96             # run test
  97             pytest --runxfail && cd test && ./cmdlinetest macs3
  98
  99       - name: Archive cmdlinetest results
 100         if: always()
 101         uses: actions/upload-artifact@v4
 102         with:
 103           name: cmdlinetest-hmmratac-results-${{ matrix.arch }}
 104           path: temp/macs3_run_hmmratac/