docs/source/docs/randsample.md

   1 # randsample
   2
   3 ## Overview
   4 The `randsample` command is part of the MACS3 suite of tools and is
   5 used to randomly sample a certain number or percentage of tags from
   6 alignment files. This can be useful in ChIP-Seq analysis when a
   7 subset of the data is required for downstream analysis.
   8
   9 ## Detailed Description
  10
  11 The `randsample` command takes in one or multiple input alignment
  12 files and produces an output file with the randomly sampled tags. It
  13 will randomly sample the tags, according to setting for percentage or
  14 for total number of tags to be kept.
  15
  16 When `-p 100` is used, which means we want to keep all reads, the
  17 `randsample` command can be used to convert any format MACS3 supported
  18 to BED (or BEDPE if the input is BAMPE format) format. It can generate
  19 the same result as `filterdup --keep-dup all` to convert other formats
  20 into BED/BEDPE format.
  21
  22 Please note that, when writing BED format output for single-end
  23 dataset, MACS3 assume all the reads having the same length either from
  24 `-s` setting or from auto-detection.
  25
  26 ## Command Line Options
  27
  28 Here is a brief overview of the `randsample` options:
  29
  30 - `-i` or `--ifile`: Alignment file. If multiple files are given as
  31   '-t A B C', then they will all be read and combined. REQUIRED.
  32 - `-p` or `--percentage`: Percentage of tags you want to keep. Input
  33   80.0 for 80%. This option can't be used at the same time with
  34   -n/--num. If the setting is 100, it will keep all the reads and
  35   convert any format that MACS3 supports into BED or BEDPE (if input
  36   is BAMPE) format. REQUIRED
  37 - `-n` or `--number`: Number of tags you want to keep. Input 8000000
  38   or 8e+6 for 8 million. This option can't be used at the same time
  39   with -p/--percent. Note that the number of tags in the output is
  40   approximate as the number specified here. REQUIRED
  41 - `--seed`: Set the random seed while downsampling data. Must be a
  42   non-negative integer in order to be effective. If you want more
  43   reproducible results, please specify a random seed and record
  44   it. DEFAULT: not set
  45 - `-o` or `--ofile`: Output BED file name. If not specified, will
  46   write to standard output. Note, if the input format is BAMPE or
  47   BEDPE, the output will be in BEDPE format. DEFAULT: stdout
  48 - `--outdir`: If specified, all output files will be written to that
  49   directory. Default: the current working directory
  50 - `-s` or `--tsize`: Tag size. This will override the auto-detected
  51   tag size. DEFAULT: Not set
  52 - `-f` or `--format`: Format of the tag file.
  53   - `AUTO`: MACS3 will pick a format from "AUTO", "BED", "ELAND",
  54     "ELANDMULTI", "ELANDEXPORT", "SAM", "BAM", "BOWTIE", "BAMPE", and
  55     "BEDPE". Please check the definition in the README file if you
  56     choose ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE or
  57     BAMPE/BEDPE. DEFAULT: "AUTO"
  58 - `--buffer-size`: Buffer size for incrementally increasing the
  59   internal array size to store read alignment information. In most
  60   cases, you don't have to change this parameter. However, if there
  61   are a large number of chromosomes/contigs/scaffolds in your
  62   alignment, it's recommended to specify a smaller buffer size in
  63   order to decrease memory usage (but it will take longer time to read
  64   alignment files). Minimum memory requested for reading an alignment
  65   file is about # of CHROMOSOME * BUFFER_SIZE * 8 Bytes. DEFAULT:
  66   100000
  67 - `--verbose`: Set the verbose level. 0: only show critical messages,
  68   1: show additional warning messages, 2: show process information, 3:
  69   show debug messages. If you want to know where the duplicate reads
  70   are, use 3. DEFAULT: 2
  71
  72
  73 ## Example Usage
  74
  75 Here is an example of how to use the `randsample` command:
  76
  77 ```bash
  78 macs3 randsample -i treatment.bam -o sampled.bed -f BAM -p 10
  79 ```
  80
  81 In this example, the program will randomly sample 10 percent of total
  82 tags from the `treatment.bam` file and write the result to
  83 `sampled.bed`.
  84