shared/r.rb

   1 class R < Formula
   2   desc "Software environment for statistical computing"
   3   homepage "https://www.r-project.org/"
   4   url "https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.3.tar.gz"
   5   sha256 "2bfa37b7bd709f003d6b8a172ddfb6d03ddd2d672d6096439523039f7a8e678c"
   6   #revision 2
   7
   8   depends_on "pkg-config" => :build
   9   depends_on "gcc" # for gfortran
  10   depends_on "gettext"
  11   depends_on "jpeg"
  12   depends_on "libpng"
  13   depends_on "pcre"
  14   depends_on "readline"
  15   depends_on "xz"
  16   depends_on "cairo"
  17   depends_on :java => :optional
  18
  19   unless OS.mac?
  20     depends_on "openblas"
  21     #depends_on "cairo"
  22     depends_on "curl"
  23     depends_on "linuxbrew/xorg/xorg"
  24   else
  25     depends_on "openblas" => :optional
  26   end
  27
  28   # needed to preserve executable permissions on files without shebangs
  29   skip_clean "lib/R/bin"
  30
  31   resource "gss" do
  32     url "https://cloud.r-project.org/src/contrib/gss_2.1-9.tar.gz", :using => :nounzip
  33     mirror "https://mirror.las.iastate.edu/CRAN/src/contrib/gss_2.1-9.tar.gz"
  34     sha256 "2961fe61c1d3bb3fe7b8e1070d6fb1dfc5d71e0c6e8a6b7c46ff6b42867c4cf3"
  35   end
  36
  37   def install
  38     # Fix dyld: lazy symbol binding failed: Symbol not found: _clock_gettime
  39     if MacOS.version == "10.11" && MacOS::Xcode.installed? &&
  40        MacOS::Xcode.version >= "8.0"
  41       ENV["ac_cv_have_decl_clock_gettime"] = "no"
  42     end
  43
  44     args = [
  45       "--prefix=#{prefix}",
  46       "--enable-memory-profiling",
  47       "--with-lapack",
  48       "--enable-R-shlib",
  49       #"--disable-java",
  50       #"--with-blas=-L#{Formula["openblas"].opt_lib} -lopenblas",
  51       "--with-cairo",
  52     ]
  53
  54     # don't remember Homebrew's sed shim
  55     args << "SED=/usr/bin/sed" if File.exist?("/usr/bin/sed")
  56
  57     unless OS.mac?
  58       args << "--libdir=#{lib}" # avoid using lib64 on CentOS
  59       #args << "--with-cairo"
  60
  61       # If LDFLAGS contains any -L options, configure sets LD_LIBRARY_PATH to
  62       # search those directories. Remove -LHOMEBREW_PREFIX/lib from LDFLAGS.
  63       ENV.remove "LDFLAGS", "-L#{HOMEBREW_PREFIX}/lib"
  64
  65       args << "--with-blas=-L#{Formula["openblas"].opt_lib} -lopenblas"
  66       #ENV.append "LDFLAGS", "-L#{Formula["openblas"].opt_lib}"
  67     else
  68       #args << "--with-cairo"
  69       # https://github.com/Homebrew/homebrew-core/pull/24094/commits/22d0eeaae2f05c1a6b671728d88572b0fe8aa5ae
  70       # Fix cairo detection with Quartz-only cairo
  71       inreplace ["configure", "m4/cairo.m4"], "cairo-xlib.h", "cairo.h"
  72
  73       #args << "--without-cairo"
  74       args << "--without-x"
  75       args << "--with-aqua"
  76
  77       if build.with? "openblas"
  78         args << "--with-blas=-L#{Formula["openblas"].opt_lib} -lopenblas"
  79       else
  80         args << "--with-blas=-framework Accelerate"
  81         ENV.append_to_cflags "-D__ACCELERATE__" if ENV.compiler != :clang
  82       end
  83     end
  84
  85     if build.with? "java"
  86       args << "--enable-java"
  87     else
  88       args << "--disable-java"
  89     end
  90
  91     # Help CRAN packages find gettext and readline
  92     ["gettext", "readline"].each do |f|
  93       ENV.append "CPPFLAGS", "-I#{Formula[f].opt_include}"
  94       ENV.append "LDFLAGS", "-L#{Formula[f].opt_lib}"
  95     end
  96
  97     system "./configure", *args
  98     system "make"
  99     ENV.deparallelize do
 100       system "make", "install"
 101     end
 102
 103     cd "src/nmath/standalone" do
 104       system "make"
 105       ENV.deparallelize do
 106         system "make", "install"
 107       end
 108     end
 109
 110     r_home = lib/"R"
 111
 112     # make Homebrew packages discoverable for R CMD INSTALL
 113     inreplace r_home/"etc/Makeconf" do |s|
 114       s.gsub!(/^CPPFLAGS =.*/, "\\0 -I#{HOMEBREW_PREFIX}/include")
 115       s.gsub!(/^LDFLAGS =.*/, "\\0 -L#{HOMEBREW_PREFIX}/lib")
 116       s.gsub!(/.LDFLAGS =.*/, "\\0 $(LDFLAGS)")
 117     end
 118
 119     include.install_symlink Dir[r_home/"include/*"]
 120     lib.install_symlink Dir[r_home/"lib/*"]
 121
 122     # avoid triggering mandatory rebuilds of r when gcc is upgraded
 123     inreplace lib/"R/etc/Makeconf",
 124       Formula["gcc"].prefix.realpath,
 125       Formula["gcc"].opt_prefix,
 126       OS.mac?
 127   end
 128
 129   def post_install
 130     short_version =
 131       `#{bin}/Rscript -e 'cat(as.character(getRversion()[1,1:2]))'`.strip
 132     site_library = HOMEBREW_PREFIX/"lib/R/#{short_version}/site-library"
 133     site_library.mkpath
 134     ln_s site_library, lib/"R/site-library"
 135   end
 136
 137   test do
 138     dylib_ext = OS.mac? ? ".dylib" : ".so"
 139     assert_equal "[1] 2", shell_output("#{bin}/Rscript -e 'print(1+1)'").chomp
 140     assert_equal dylib_ext, shell_output("#{bin}/R CMD config DYLIB_EXT").chomp
 141
 142     testpath.install resource("gss")
 143     system bin/"R", "CMD", "INSTALL", "--library=.", Dir["gss*"].first
 144     assert_predicate testpath/"gss/libs/gss.so", :exist?,
 145                      "Failed to install gss package"
 146   end
 147 end