README

   1 RANGI
   2 =====
   3
   4 RANGI finds colored motifs in list-colored graphs.  You'll need a POSIX
   5 environment to compile this program.  To compile it, simply run make.
   6 rangi is the main program:
   7
   8   $ make
   9     # compiles rangi, conv, and genrq
  10   $ ./rangi -h
  11     # shows available options
  12   $ ./rangi <test.dot
  13     # finds motifs of the largest size in test.dot
  14   $ ./rangi -s 10 <test.dot
  15     # finds motifs of size 10 in the graph specified in test.dot
  16   $ ./rangi -s 10+ <test.dot
  17     # finds largest motifs in test.dot starting from size 10
  18   $ ./rangi -s 10- <test.dot
  19     # finds largest motifs in test.dot that have at most 10 vertices
  20   $ ./rangi -s 10 -n 4 <test.dot
  21     # finds motifs of size 10 using 4 threads
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  23 Input graphs can be in two formats: either the graphviz graph format, with
  24 Betzler et al.'s extensions, like test0.dot, or our custom graph format,
  25 as explained in the comments of readgraph() in rangi.c, like test1.rangi.
  26
  27 For generating a graph from the data sets included in
  28 http://www.cs.tau.ac.il/~bnet/torque.html, download the archives
  29 for any of the three mentioned species.  Then invoke:
  30
  31   $ ./conv -h
  32     # shows available options
  33   $ unzip DM_predef_torque.zip
  34     # unzip any of the three datasets
  35   $ ./conv -g -q query_interactions PROT1 PROT2 ... <input_network >graph.dot
  36     # generate list-colored graph with the given queries in graphviz format
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  38 The -q option of conv expects the query interaction file, which lists the
  39 BLAST score of each protein in the query with the proteins in the input
  40 network (we have obtained these from Betzler et al.).  After options,
  41 the name of the proteins in the query should be provided.
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  43 The graphs we generated using conv for testing rangi can be obtained from:
  44 http://ce.sharif.edu/~gholamirudi/rangi.graphs.tar.gz
  45
  46 The genrq program generates random queries from a network.  These queries
  47 can be passed to conv program to create an input graph with random
  48 queries from the same network.  Note that conv removes the vertices in
  49 the query from the network before generating the input graph, if queries
  50 are selected from the same network and no -q option is provided.
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  52   $ ./genrq -h
  53     # shows available options
  54   $ ./genrq -n 10 -s 11 <network
  55     # generates 10 queries of size 11 from the given network