sql/4_1_1-to-4_1_2_upgrade.sql

   1 --  Comment Meta Language Constructs:
   2 --
   3 --  #IfNotTable
   4 --    argument: table_name
   5 --    behavior: if the table_name does not exist,  the block will be executed
   6
   7 --  #IfTable
   8 --    argument: table_name
   9 --    behavior: if the table_name does exist, the block will be executed
  10
  11 --  #IfMissingColumn
  12 --    arguments: table_name colname
  13 --    behavior:  if the table exists but the column does not,  the block will be executed
  14
  15 --  #IfNotColumnType
  16 --    arguments: table_name colname value
  17 --    behavior:  If the table table_name does not have a column colname with a data type equal to value, then the block will be executed
  18
  19 --  #IfNotRow
  20 --    arguments: table_name colname value
  21 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value, the block will be executed.
  22
  23 --  #IfNotRow2D
  24 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  25 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  26
  27 --  #IfNotRow3D
  28 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  29 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3, the block will be executed.
  30
  31 --  #IfNotRow4D
  32 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3 colname4 value4
  33 --    behavior:  If the table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2 AND colname3 = value3 AND colname4 = value4, the block will be executed.
  34
  35 --  #IfNotRow2Dx2
  36 --    desc:      This is a very specialized function to allow adding items to the list_options table to avoid both redundant option_id and title in each element.
  37 --    arguments: table_name colname value colname2 value2 colname3 value3
  38 --    behavior:  The block will be executed if both statements below are true:
  39 --               1) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname2 = value2.
  40 --               2) The table table_name does not have a row where colname = value AND colname3 = value3.
  41
  42 --  #IfRow2D
  43 --    arguments: table_name colname value colname2 value2
  44 --    behavior:  If the table table_name does have a row where colname = value AND colname2 = value2, the block will be executed.
  45
  46 --  #IfIndex
  47 --    desc:      This function is most often used for dropping of indexes/keys.
  48 --    arguments: table_name colname
  49 --    behavior:  If the table and index exist the relevant statements are executed, otherwise not.
  50
  51 --  #IfNotIndex
  52 --    desc:      This function will allow adding of indexes/keys.
  53 --    arguments: table_name colname
  54 --    behavior:  If the index does not exist, it will be created
  55
  56 --  #IfNotMigrateClickOptions
  57 --    Custom function for the importing of the Clickoptions settings (if exist) from the codebase into the database
  58
  59 --  #EndIf
  60 --    all blocks are terminated with a #EndIf statement.
  61
  62 #IfNotTable report_results
  63 CREATE TABLE `report_results` (
  64   `report_id` bigint(20) NOT NULL,
  65   `field_id` varchar(31) NOT NULL default '',
  66   `field_value` text,
  67   PRIMARY KEY (`report_id`,`field_id`)
  68 ) ENGINE=MyISAM;
  69 #EndIf
  70
  71 #IfMissingColumn version v_acl
  72 ALTER TABLE `version` ADD COLUMN `v_acl` int(11) NOT NULL DEFAULT 0;
  73 #EndIf
  74
  75 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_moved
  76 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_moved` tinyint(4) NOT NULL DEFAULT '0';
  77 #EndIf
  78
  79 #IfMissingColumn documents_legal_detail dld_patient_comments
  80 ALTER TABLE `documents_legal_detail` ADD COLUMN `dld_patient_comments` text COMMENT 'Patient comments stored here';
  81 #EndIf
  82
  83 #IfMissingColumn documents_legal_master dlm_upload_type
  84 ALTER TABLE `documents_legal_master` ADD COLUMN `dlm_upload_type` tinyint(4) DEFAULT '0' COMMENT '0-Provider Uploaded,1-Patient Uploaded';
  85 #EndIf
  86
  87 #IfMissingColumn list_options codes
  88 ALTER TABLE `list_options` ADD COLUMN `codes` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '';
  89 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:449868002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='1' AND title='Current every day smoker';
  90 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:428041000124106' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='2' AND title='Current some day smoker';
  91 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:8517006' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='3' AND title='Former smoker';
  92 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266919005' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='4' AND title='Never smoker';
  93 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:77176002' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='5' AND title='Smoker, current status unknown';
  94 UPDATE list_options SET `codes`='SNOMED-CT:266927001' WHERE list_id='smoking_status' AND option_id='9' AND title='Unknown if ever smoked';
  95 #EndIf
  96
  97 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 15 title Heavy tobacco smoker
  98 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '15', 'Heavy tobacco smoker', 70, 0, "SNOMED-CT:428071000124103");
  99 #EndIf
 100
 101 #IfNotRow2Dx2 list_options list_id smoking_status option_id 16 title Light tobacco smoker
 102 INSERT INTO list_options ( list_id, option_id, title, seq, is_default, codes ) VALUES ('smoking_status', '16', 'Light tobacco smoker', 80, 0, "SNOMED-CT:428061000124105");
 103 #EndIf
 104
 105 #IfMissingColumn code_types ct_term
 106 ALTER TABLE `code_types` ADD COLUMN ct_term tinyint(1) NOT NULL default 0 COMMENT '1 if this is a clinical term';
 107 #EndIf
 108
 109 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-CT
 110 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 111 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 112   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 113   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 114 ) ENGINE=MyISAM ;
 115 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 116 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-CT' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, '', 0, 0, 1, 0, 0, 'SNOMED Clinical Term', 7, 0, 0, 1);
 117 DROP TABLE `temp_table_one`;
 118 #EndIf
 119
 120 #IfNotColumnType codes code varchar(25)
 121 ALTER TABLE `codes` CHANGE `code` `code` varchar(25) NOT NULL default '';
 122 #EndIf
 123
 124 #IfNotColumnType billing code varchar(20)
 125 ALTER TABLE `billing` CHANGE `code` `code` varchar(20) default NULL;
 126 #EndIf
 127
 128 #IfNotColumnType ar_activity code varchar(20)
 129 ALTER TABLE `ar_activity` CHANGE `code` `code` varchar(20) NOT NULL COMMENT 'empty means claim level';
 130 #EndIf
 131
 132 #IfNotTable procedure_questions
 133 CREATE TABLE `procedure_questions` (
 134   `lab_id`              bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'references users.id to identify the lab',
 135   `procedure_code`      varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'references procedure_type.procedure_code to identify this order type',
 136   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'code identifying this question',
 137   `seq`                 int(11)      NOT NULL default 0   COMMENT 'sequence number for ordering',
 138   `question_text`       varchar(255) NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'descriptive text for question_code',
 139   `required`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT '1 = required, 0 = not',
 140   `maxsize`             int          NOT NULL DEFAULT 0   COMMENT 'maximum length if text input field',
 141   `fldtype`             char(1)      NOT NULL DEFAULT 'T' COMMENT 'Text, Number, Select, Multiselect, Date, Gestational-age',
 142   `options`             text         NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'choices for fldtype S and T',
 143   `activity`            tinyint(1)   NOT NULL DEFAULT 1   COMMENT '1 = active, 0 = inactive',
 144   PRIMARY KEY (`lab_id`, `procedure_code`, `question_code`)
 145 ) ENGINE=MyISAM;
 146 #EndIf
 147
 148 #IfMissingColumn procedure_type activity
 149 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `activity` tinyint(1) NOT NULL default 1;
 150 #EndIf
 151
 152 #IfMissingColumn procedure_type notes
 153 ALTER TABLE `procedure_type` ADD COLUMN `notes` varchar(255) NOT NULL default '';
 154 #EndIf
 155
 156 #IfNotTable procedure_answers
 157 CREATE TABLE `procedure_answers` (
 158   `procedure_order_id`  bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_order.procedure_order_id',
 159   `procedure_order_seq` int(11)      NOT NULL DEFAULT 1  COMMENT 'references procedure_order_code.seq',
 160   `question_code`       varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'references procedure_questions.question_code',
 161   `answer_seq`          int(11)      NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple-choice questions',
 162   `answer`              varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'answer data',
 163   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`, `question_code`, `answer_seq`)
 164 ) ENGINE=MyISAM;
 165 #EndIf
 166
 167 #IfNotTable procedure_providers
 168 CREATE TABLE `procedure_providers` (
 169   `ppid`         bigint(20)   NOT NULL auto_increment,
 170   `name`         varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 171   `npi`          varchar(15)  NOT NULL DEFAULT '',
 172   `protocol`     varchar(15)  NOT NULL DEFAULT 'DL',
 173   `login`        varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 174   `password`     varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 175   `orders_path`  varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 176   `results_path` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '',
 177   `notes`        text         NOT NULL DEFAULT '',
 178   PRIMARY KEY (`ppid`)
 179 ) ENGINE=MyISAM;
 180 #EndIf
 181
 182 #IfNotTable procedure_order_code
 183 CREATE TABLE `procedure_order_code` (
 184   `procedure_order_id`  bigint(20)  NOT NULL,
 185   `procedure_order_seq` int(11)     NOT NULL AUTO_INCREMENT COMMENT 'supports multiple tests per order',
 186   `procedure_type_id`   bigint(20)  NOT NULL                COMMENT 'references procedure_type.procedure_type_id',
 187   `procedure_code`      varchar(31) NOT NULL DEFAULT ''     COMMENT 'copy of procedure_type.procedure_code',
 188   PRIMARY KEY (`procedure_order_id`, `procedure_order_seq`)
 189 ) ENGINE=MyISAM;
 190 INSERT INTO procedure_order_code
 191   SELECT po.procedure_order_id, 1, po.procedure_type_id, pt.procedure_code
 192   FROM procedure_order AS po
 193   LEFT JOIN procedure_type AS pt ON pt.procedure_type_id = po.procedure_type_id;
 194 ALTER TABLE `procedure_order`
 195   DROP COLUMN `procedure_type_id`;
 196 #EndIf
 197
 198 #IfMissingColumn procedure_order lab_id
 199 ALTER TABLE `procedure_order`
 200   ADD COLUMN `lab_id`            bigint(20)   NOT NULL DEFAULT 0  COMMENT 'references procedure_providers.ppid',
 201   ADD COLUMN `specimen_type`     varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Type list',
 202   ADD COLUMN `specimen_location` varchar(31)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from the Specimen_Location list',
 203   ADD COLUMN `specimen_volume`   varchar(30)  NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'from a text input field';
 204 UPDATE procedure_order AS po, procedure_order_code AS pc, procedure_type AS pt
 205   SET po.lab_id = pt.lab_id WHERE
 206   po.lab_id = 0 AND
 207   pc.procedure_order_id = po.procedure_order_id AND
 208   pt.procedure_type_id = pc.procedure_type_id AND
 209   pt.lab_id != 0;
 210 #EndIf
 211
 212 #IfMissingColumn procedure_report procedure_order_seq
 213 ALTER TABLE procedure_report
 214   ADD COLUMN `procedure_order_seq` int(11) NOT NULL DEFAULT 1 COMMENT 'references procedure_order_code.procedure_order_seq';
 215 #EndIf
 216
 217 #IfMissingColumn procedure_order diagnoses
 218 ALTER TABLE `procedure_order`
 219   ADD COLUMN `diagnoses` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'diagnoses and maybe other coding (e.g. ICD9:111.11)';
 220 #EndIf
 221
 222 #IfMissingColumn procedure_providers remote_host
 223 ALTER TABLE `procedure_providers`
 224   ADD COLUMN `remote_host` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'IP or hostname of remote server',
 225   ADD COLUMN `send_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending application ID (MSH-3.1)',
 226   ADD COLUMN `send_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Sending facility ID (MSH-4.1)',
 227   ADD COLUMN `recv_app_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving application ID (MSH-5.1)',
 228   ADD COLUMN `recv_fac_id` varchar(255)  NOT NULL DEFAULT ''  COMMENT 'Receiving facility ID (MSH-6.1)',
 229   ADD COLUMN `DorP`        char(1)       NOT NULL DEFAULT 'D' COMMENT 'Debugging or Production (MSH-11)';
 230 #EndIf
 231
 232 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_source
 233 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 234   ADD COLUMN `procedure_source` char(1) NOT NULL DEFAULT '1' COMMENT '1=original order, 2=added after order sent';
 235 #EndIf
 236
 237 #IfMissingColumn procedure_result result_code
 238 ALTER TABLE `procedure_result`
 239   ADD COLUMN `result_data_type` char(1) NOT NULL DEFAULT 'S' COMMENT
 240   'N=Numeric, S=String, F=Formatted, E=External, L=Long text as first line of comments',
 241   ADD COLUMN `result_code` varchar(31) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 242   'LOINC code, might match a procedure_type.procedure_code',
 243   ADD COLUMN `result_text` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 244   'Description of result_code';
 245 # This severs the link between procedure_result and procedure_type:
 246 UPDATE procedure_result AS ps, procedure_type AS pt
 247   SET ps.result_code = pt.procedure_code, ps.result_text = pt.description
 248   WHERE pt.procedure_type_id = ps.procedure_type_id;
 249 ALTER TABLE `procedure_result` DROP COLUMN procedure_type_id;
 250 #EndIf
 251
 252 #IfMissingColumn procedure_questions tips
 253 ALTER TABLE `procedure_questions`
 254   ADD COLUMN `tips` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Additional instructions for answering the question';
 255 #EndIf
 256
 257 #IfMissingColumn procedure_order_code procedure_name
 258 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 259   ADD COLUMN `procedure_name` varchar(255) NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 260   'Descriptive name of procedure_code';
 261 # This severs the link between procedure_order_code and procedure_type:
 262 UPDATE procedure_order_code AS pc, procedure_order AS po, procedure_type AS pt
 263   SET pc.procedure_name = pt.name
 264   WHERE po.procedure_order_id = pc.procedure_order_id AND
 265   pt.lab_id = po.lab_id AND
 266   pt.procedure_code = pc.procedure_code;
 267 ALTER TABLE `procedure_order_code` DROP COLUMN procedure_type_id;
 268 #EndIf
 269
 270 #IfMissingColumn procedure_report report_notes
 271 ALTER TABLE procedure_report
 272   ADD COLUMN `report_notes` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT 'Notes from the lab';
 273 #EndIf
 274
 275 #IfNotRow code_types ct_key SNOMED-PR
 276 DROP TABLE IF EXISTS `temp_table_one`;
 277 CREATE TABLE `temp_table_one` (
 278   `id` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 279   `seq` int(11) NOT NULL DEFAULT '0'
 280 ) ENGINE=MyISAM ;
 281 INSERT INTO `temp_table_one` (`id`, `seq`) VALUES ( IF( ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_id`) FROM `code_types`) + 1), 100 ) , IF( ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`)>=100), ((SELECT MAX(`ct_seq`) FROM `code_types`) + 1), 100 )  );
 282 INSERT INTO code_types (ct_key, ct_id, ct_seq, ct_mod, ct_just, ct_fee, ct_rel, ct_nofs, ct_diag, ct_active, ct_label, ct_external, ct_claim, ct_proc, ct_term ) VALUES ('SNOMED-PR' , (SELECT MAX(`id`) FROM `temp_table_one`), (SELECT MAX(`seq`) FROM `temp_table_one`), 0, 'SNOMED', 1, 0, 0, 0, 0, 'SNOMED Procedure', 9, 1, 1, 0);
 283 DROP TABLE `temp_table_one`;
 284 #EndIf
 285
 286 #IfNotTable background_services
 287 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `background_services` (
 288   `name` varchar(31) NOT NULL,
 289   `title` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name for reports',
 290   `active` tinyint(1) NOT NULL default '0',
 291   `running` tinyint(1) NOT NULL default '-1',
 292   `next_run` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 293   `execute_interval` int(11) NOT NULL default '0' COMMENT 'minimum number of minutes between function calls,0=manual mode',
 294   `function` varchar(127) NOT NULL COMMENT 'name of background service function',
 295   `require_once` varchar(255) default NULL COMMENT 'include file (if necessary)',
 296   `sort_order` int(11) NOT NULL default '100' COMMENT 'lower numbers will be run first',
 297   PRIMARY KEY  (`name`)
 298 ) ENGINE=MyISAM;
 299 #EndIf
 300
 301 #IfNotRow background_services name phimail
 302 INSERT INTO `background_services` (`name`, `title`, `execute_interval`, `function`, `require_once`, `sort_order`) VALUES
 303 ('phimail', 'phiMail Direct Messaging Service', 5, 'phimail_check', '/library/direct_message_check.inc', 100);
 304 #EndIf
 305
 306 #IfNotRow users username phimail-service
 307 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 308   VALUES ('phimail-service','NoLogin','phiMail Gateway',0,0);
 309 #EndIf
 310
 311 #IfNotRow users username portal-user
 312 INSERT INTO `users` (username,password,lname,authorized,active)
 313   VALUES ('portal-user','NoLogin','Patient Portal User',0,0);
 314 #EndIf
 315
 316 #IfNotTable direct_message_log
 317 CREATE TABLE IF NOT EXISTS `direct_message_log` (
 318   `id` bigint(20) NOT NULL auto_increment,
 319   `msg_type` char(1) NOT NULL COMMENT 'S=sent,R=received',
 320   `msg_id` varchar(127) NOT NULL,
 321   `sender` varchar(255) NOT NULL,
 322   `recipient` varchar(255) NOT NULL,
 323   `create_ts` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP,
 324   `status` char(1) NOT NULL COMMENT 'Q=queued,D=dispatched,R=received,F=failed',
 325   `status_info` varchar(511) default NULL,
 326   `status_ts` timestamp NULL default NULL,
 327   `patient_id` bigint(20) default NULL,
 328   `user_id` bigint(20) default NULL,
 329   PRIMARY KEY  (`id`),
 330   KEY `msg_id` (`msg_id`),
 331   KEY `patient_id` (`patient_id`)
 332 ) ENGINE=MyISAM;
 333 #EndIf
 334
 335 #IfMissingColumn procedure_order_code diagnoses
 336 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 337   ADD COLUMN `diagnoses` text NOT NULL DEFAULT '' COMMENT
 338   'diagnoses and maybe other coding (e.g. ICD9:111.11)';
 339 UPDATE procedure_order_code AS pc, procedure_order AS po
 340   SET pc.diagnoses = po.diagnoses
 341   WHERE po.procedure_order_id = pc.procedure_order_id;
 342 #EndIf
 343
 344 # At this point this obsolete column will always exist, because it was created
 345 # and then moved to another table during this release cycle.
 346 ALTER TABLE `procedure_order` DROP COLUMN diagnoses;
 347
 348 #IfMissingColumn lists modifydate
 349 ALTER TABLE `lists` ADD COLUMN `modifydate` timestamp NOT NULL default CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP;
 350 #EndIf
 351
 352 #IfMissingColumn code_types ct_problem
 353 ALTER TABLE `code_types` ADD COLUMN `ct_problem` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '1 if this code type is used as a medical problem';
 354 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='ICD9';
 355 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='DSMIV';
 356 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='ICD10';
 357 UPDATE code_types SET ct_problem = 1 WHERE ct_key='SNOMED';
 358 #EndIf
 359
 360 #IfMissingColumn procedure_order date_transmitted
 361 ALTER TABLE `procedure_order`
 362   ADD COLUMN `date_transmitted` datetime DEFAULT NULL COMMENT
 363   'time of order transmission, null if unsent';
 364 UPDATE procedure_order SET date_transmitted = date_ordered WHERE
 365   date_transmitted IS NULL AND date_ordered IS NOT NULL;
 366 #EndIf
 367
 368 #IfNotRow2D list_options list_id lists option_id issue_types
 369 INSERT INTO list_options (`list_id`,`option_id`,`title`) VALUES ('lists','issue_types','Issue Types');
 370 #EndIf
 371
 372 #IfNotMigrateClickOptions
 373 #EndIf
 374
 375 #IfNotTable issue_types
 376 CREATE TABLE `issue_types` (
 377   `category` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 378   `type` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 379   `plural` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 380   `singular` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 381   `abbreviation` varchar(75) NOT NULL DEFAULT '',
 382   `style` smallint(6) NOT NULL DEFAULT '0',
 383   `force_show` smallint(6) NOT NULL DEFAULT '0',
 384   `ordering` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
 385   PRIMARY KEY (`category`,`type`)
 386 ) ENGINE=MyISAM;
 387 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','default','medical_problem','Medical Problems','Problem','P','0','1');
 388 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','default','medication','Medications','Medication','M','0','1');
 389 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','default','allergy','Allergies','Allergy','A','0','1');
 390 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','default','surgery','Surgeries','Surgery','S','0','0');
 391 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('50','default','dental','Dental Issues','Dental','D','0','0');
 392 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','athletic_team','football_injury','Football Injuries','Injury','I','2','1');
 393 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','athletic_team','medical_problem','Medical Problems','Medical','P','0','0');
 394 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','athletic_team','allergy','Allergies','Allergy','A','1','0');
 395 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','athletic_team','general','General','General','G','1','0');
 396 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('10','ippf_specific','medical_problem','Medical Problems','Problem','P','0','1');
 397 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('30','ippf_specific','medication','Medications','Medication','M','0','1');
 398 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('20','ippf_specific','allergy','Allergies','Allergy','Y','0','1');
 399 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('40','ippf_specific','surgery','Surgeries','Surgery','S','0','0');
 400 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('50','ippf_specific','ippf_gcac','Abortions','Abortion','A','3','0');
 401 INSERT INTO issue_types(`ordering`,`category`,`type`,`plural`,`singular`,`abbreviation`,`style`,`force_show`) VALUES ('60','ippf_specific','contraceptive','Contraception','Contraception','C','4','0');
 402 #EndIf
 403
 404 #IfMissingColumn issue_types active
 405 ALTER TABLE `issue_types` ADD COLUMN `active` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '1';
 406 #EndIf
 407
 408 #IfNotColumnType immunizations administered_date datetime
 409 ALTER TABLE `immunizations`
 410   MODIFY COLUMN administered_date datetime DEFAULT NULL;
 411 #EndIf
 412
 413 #IfMissingColumn immunizations amount_administered
 414 ALTER TABLE `immunizations`
 415   ADD COLUMN `amount_administered` int(11) DEFAULT NULL;
 416 #EndIf
 417
 418 #IfMissingColumn immunizations amount_administered_unit
 419 ALTER TABLE `immunizations`
 420   ADD COLUMN `amount_administered_unit` varchar(50) DEFAULT NULL;
 421 #EndIf
 422
 423 #IfMissingColumn immunizations expiration_date
 424 ALTER TABLE `immunizations`
 425   ADD COLUMN `expiration_date` date DEFAULT NULL;
 426 #EndIf
 427
 428 #IfMissingColumn immunizations route
 429 ALTER TABLE `immunizations`
 430   ADD COLUMN `route` varchar(100) DEFAULT NULL;
 431 #EndIf
 432
 433 #IfMissingColumn immunizations administration_site
 434 ALTER TABLE `immunizations`
 435   ADD COLUMN `administration_site` varchar(100) DEFAULT NULL;
 436 #EndIf
 437
 438 #IfMissingColumn immunizations added_erroneously
 439 ALTER TABLE `immunizations`
 440   ADD COLUMN `added_erroneously` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0';
 441 #EndIf
 442
 443 #IfMissingColumn documents path_depth
 444 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `path_depth` TINYINT DEFAULT '1' COMMENT 'Depth of path to use in url to find document. Not applicable for CouchDB.';
 445 #Endif
 446
 447 #IfNotTable users_secure
 448 CREATE TABLE `users_secure` (
 449   `id` bigint(20) NOT NULL,
 450   `username` varchar(255) DEFAULT NULL,
 451   `password` varchar(255),
 452   `salt` varchar(255),
 453   `last_update` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP,
 454   `password_history1` varchar(255),
 455   `salt_history1` varchar(255),
 456   `password_history2` varchar(255),
 457   `salt_history2` varchar(255),
 458   PRIMARY KEY (`id`),
 459   UNIQUE KEY `USERNAME_ID` (`id`,`username`)
 460 ) ENGINE=InnoDb;
 461 #EndIf
 462
 463 #IfMissingColumn patient_access_onsite portal_salt
 464 ALTER TABLE `patient_access_onsite` ADD COLUMN `portal_salt` VARCHAR(100) NULL;
 465 #Endif
 466
 467 #IfMissingColumn procedure_order clinical_hx
 468 ALTER TABLE `procedure_order`
 469   ADD COLUMN `clinical_hx` varchar(255) DEFAULT '' COMMENT
 470   'clinical history text that may be relevant to the order';
 471 #EndIf
 472
 473 #IfMissingColumn procedure_order_code do_not_send
 474 ALTER TABLE `procedure_order_code`
 475   ADD COLUMN `do_not_send` tinyint(1) NOT NULL DEFAULT '0' COMMENT '0 = normal, 1 = do not transmit to lab';
 476 #EndIf
 477
 478 #IfNotTable misc_address_book
 479 CREATE TABLE `misc_address_book` (
 480   `id` bigint(20) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
 481   `fname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 482   `mname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 483   `lname` varchar(255) DEFAULT NULL,
 484   `street` varchar(60) DEFAULT NULL,
 485   `city` varchar(30) DEFAULT NULL,
 486   `state` varchar(30) DEFAULT NULL,
 487   `zip` varchar(20) DEFAULT NULL,
 488   `phone` varchar(30) DEFAULT NULL,
 489   PRIMARY KEY (`id`)
 490 ) ENGINE=InnoDB;
 491 #EndIf
 492
 493 #IfMissingColumn documents imported
 494 ALTER TABLE `documents` ADD COLUMN `imported` TINYINT DEFAULT 0 NULL COMMENT 'Parsing status for CCR/CCD/CCDA importing';
 495 #EndIf
 496
 497